然而，1935年的冬天，北平時局動蕩，日軍逼近，大戰前夕的陰霾漸漸籠罩整個北京城，而政府卻無動於衷。熱血沸騰的青年學生們紛紛遊行示威，斥責政府的不作為，發起了著名的“一二·九”運動。梁思成的妹妹梁思懿也參與了這次運動，由於政府很快進行了鎮壓，她和同學們逃到梁家。一夜之間，林徽因將穿著學生裝的梁思懿裝扮為美豔的婦人，她才得機逃脫南下。
而林恒則在遊行中失蹤了一天。當林徽因找到他的時候，他窩在一個僻靜的角落中，被毒打後的身體遍體鱗傷。從此他一直沉默著，不說一句話。當他身體恢複之後，放棄了在清華的學習，轉而報考空軍學院。
時光飛逝，當林徽因輾轉到昆明之時，偶遇一群被困此處的空軍學員，而林恒跟他們恰好是同一期學員，也將撤往昆明。因此，林徽因、梁思成與這群投筆從戎的少年們建立了很深厚的感情，他們畢業之時，梁林二人作為“名譽家長”上台致辭。
在顛沛流離的年代，一切都是那麼飄忽不定。
往往，得到的越多，失去的也就越多。這群年輕人來自全國各地，很多是從淪陷區走出來的，懷著救國的夢想投筆從戎。然而，由於國民黨裝備的落伍，很多老式飛機被拿來作軍用。當這群學員紛紛走向前線之時，他們的命運注定是以悲劇收場。
由於他們的親人都在敵占區，烈士犧牲後，陣亡通知書和遺物都被送往梁家。“名譽家長”林徽因每次收到遺物都要痛哭一場。直到一日，梁思成和林徽因接到林恒犧牲的通知……梁思成去領林恒遺體的時候，從他罹難處帶回一塊飛機殘骸。從此，這個殘骸一直掛在林徽因的床頭。
三年之後，林徽因作《哭三弟恒》，寫道：
你已做到你們所能做的，別說是誰誤了你，是時代無法衡量，中國還要上前，黑夜在等天亮。弟弟，我已用這許多不美麗言語算是詩來追悼你，要相信我的心多苦，喉嚨多啞，你永不會回來了，我知道，青年的熱血做了科學的代替；中國的悲愴永沉在我的心底。
“中國還要上前，黑夜在等天亮。”
天亮，是當時中國知識分子們在等待的一切。在西南一隅，山巒疊嶂之間，趁著那渺渺微光，有人在授業傳教，有人在鑽研治學。這群手無寸鐵的知識分子隻是守在自己的位置上，做自己本來應該做的一切。他們不知道明天早上叫醒人的是雞鳴還是槍炮，隻知道今夜的微光難得，不應當被浪費。
1942年，好友費正清在重慶任職，便借機來探訪了梁林夫婦。他看到這對著名的學者夫婦生活如此窘困，卻依舊堅持不懈地工作，觸動很深。他感歎道：“依我設想，如果美國人處在此種境遇，也許早就拋棄書本，另謀門道，改善生活去了。但是這個曾經接受過高度訓練的中國知識界人士，一麵接受了原始純樸的農民生活，一麵繼續致力於他們的學術研究事業。學者所承擔的社會職責，已根深蒂固地滲透在社會結構和對個人前途的期望之中了。 ”那時候的林徽因肺病纏身，在醫療條件匱乏的李莊，她隻能靠自己熬下來。而梁思成的身體也沉屙多年，早年受傷還讓他留下了跛足的舊疾。而《中國建築史》這部巨著則集中撰寫於這段艱苦的時期。
思成那時的體重隻有四十七公斤，被頸椎灰質化病折磨得抬不起頭來；他身穿醫院特製的金剛馬甲，下巴支在一個花瓶上，為的是利用花瓶之一支點，承受頭部的重量，減輕背脊的重負，然後隨著伏案書寫再不斷調節花瓶的位置。而臥病的徽因，則坐在床上，負責對遼、宋的文獻部分執筆，並對全稿進行校閱，翻閱《二十四史》和各種資料典籍，為書稿作種種補充、修改、潤色。
——費慰梅《梁思成和林徽因》
在體力稍好的時候，林徽因撐起幹枯的軀體，坐著轎子進城，費慰梅在旁邊走著。長久的壓抑和鬱結，在此時得到釋放。
林徽因喜歡進城，不是為了城裏的繁華場景，她喜歡的是那些充滿活力的熱鬧場景。沙龍女主人失去了傾訴的朋友，她開始去茶館裏找觀察對象，看到形形色色的人物，然後把他們寫進文章裏。