順治在參加吳良輔的剃度儀式後的當天下午就感到有些身體不適。到了第二天——正月初三，就已經出現出痘的症狀（當時人把生天花稱為出痘）。從關外來到中原的滿洲人，本來對天花病毒就缺乏免疫力，而成年人出天花往往會危及生命，因而每年的冬季及初春順治都要到南苑去避痘。但順治十七年（1660年）的冬季卻是個例外，順治不僅未去避痘，反而為了董鄂妃的葬禮弄得心力交瘁，疲憊不堪，天花病毒乘虛而入。
到了正月初六順治病危，這天淩晨麻勒吉與漢族學士王熙到皇帝病榻旁奉命撰寫遺詔。
據王熙在《自撰年譜》中所記：在寫完第一段後“遂奏明：恐聖體過勞，容臣奉過麵諭，詳細擬就進呈，遂出至乾清門下西圍屏內撰擬，凡三次進覽，三蒙欽定，日入時始完。至夜，聖駕賓天”。據清實錄記載，順治在正月初七子刻在養心殿去世，時年24歲。不難看出，順治的遺詔在他去世之前已經由本人審閱定稿，然而遺詔是在申時才公布的。
公布遺詔是在順治去世之後4個時辰（8個小時），而且遺詔已經變成了罪己詔。曾經參與撰寫遺詔的王熙在遺詔公布後，便把自己保存的所有同遺詔有關的文字記錄全部付之一炬，而且此後對所有涉及的內容守口如瓶。據孟森先生考證“其間必有太後及諸王斟酌改定之情事”，8個小時足夠修改了。
在這份罪己詔中的第十條就涉及孝獻端敬皇後董鄂氏，“端敬皇後於皇太後恪盡孝道，輔佐朕躬，內政聿修。朕仰奉慈綸，追念賢淑，喪祭典禮，過從優厚，未能以禮止情，諸事窬潰不經，朕之罪一也”。把對董鄂氏的葬禮逾度寫進罪己詔，的確反映了孝莊的強烈不滿，在她看來順治如果不如此傷感、勞神，又怎能會染上痘症並因此撒手而去。而美國人A。W。恒慕義主編的《清代名人傳略·福臨傳》中也有如下的評論：“在這份以福臨名義發布的遺詔，把福臨裝扮成因為有某些過失而下罪己詔者，例如加予寵妃的那些破例的榮譽和為她的死而舉行的奢侈的葬禮……可能是他的母親孝莊皇後希望抬高她自己的侄女或侄孫女而堅決要加進去的。”孝莊的情緒使得董鄂氏陷入深深的恐懼中，為了避免引起更多的麻煩，為了董鄂氏家族不至於受到牽連，她決定犧牲自己，以為順治殉葬來換取皇太後的寬恕，才20出頭的她從容地走了。
盡管康熙追封貞妃董鄂氏為皇考貞妃，但當兩年後順治的孝陵竣工之後，在地宮中同順治合葬的隻有孝獻端敬皇後和剛剛去世的康熙的生母孝康章皇後佟氏。至於追隨先帝而去的貞妃，則被葬在孝陵東邊妃嬪陵寢。
當康熙在三十二年（1693年）開始為嫡母孝惠營建陵寢時，便在原有妃嬪陵寢的基礎上營建孝東陵——修建地宮、地宮上的寶城、方城、明城、隆恩殿、東西配殿……而貞妃不過是葬在孝東陵的28位嬪妃中的一個。
生前並未得寵，但卻要成為堂姐的替罪羊；雖然殉葬，死後依然備受冷落；名分以及合葬地宮的哀榮都同她無緣……