打擊肅順黨人的鬥爭正式開始。
慈禧等返京的第二天，八個讚襄政務大臣除了肅順因護送鹹豐皇帝靈柩未到京城外，其餘七人都早早來到了軍機處，著手處理政務。可沒過多久，奕就帶著聖旨來抓他們，奕還沒念完聖旨，七個大臣中的載垣和端華就高聲抗辯：“這詔令不是我們起草的，無效！”邊喊邊站了起來。奕朝載垣、端華看了一眼，慢聲慢語地說：“二位不要急躁，這裏還有一道聖旨！”說罷，不緊不慢地從懷裏又掏出一道聖旨，高聲念道：“前旨僅於解任，實不足以當罪。命恭親王奕、桂良、周祖培、文祥即行傳旨：將載垣、端華、肅順革職拿問，交宗人府會同大學士、九卿、翰詹科道嚴行議罪。欽此。”載垣和端華氣急敗壞地大叫：“我們沒有起草，這聖旨是從哪裏來的？”奕提高了嗓門，朝屋外喊道：“將此二逆拿下！”話音未落，從門外衝進來十餘名早巳整裝待命的禁衛軍。奕厲聲說道：“摘去他們的頂戴花翎，押往宗人府。”衝進來的侍衛們雷鳴般地應道：“嗻！”不由分說，衝上來把七個讚襄大臣的纓帽摘了下來，這就等於宣布他們已不再是讚襄大臣，也不再是什麼親王了，隻不過是一介平民而已。七個讚襄大臣就這樣被捆綁著押進了宗人府。
所謂“擒賊先擒王”，搞政變也是一樣，輔政八大臣已經抓起來了七位，剩下一個核心人物肅順還沒有落網。慈禧等人當然會乘勝出擊，就在當天晚上，當肅順護衛著鹹豐皇帝的靈柩走到密雲時，被從京城趕來的醇郡王奕擐、睿親王仁壽逮捕了，連夜押回京師。到京後，肅順也被關進了宗人府，肅順一見載垣、端華二人先被關了進來，不由得長長歎了一口氣說：“你們若是聽我的話，何至於有今天！”載垣、端華懊惱地說：“事情到了這個地步，還有什麼話說呀！”原來在鹹豐帝剛駕崩的時候，老謀深算的肅順曾暗中對載垣和端華說過，慈禧為人狠毒，一心想獨攬大權，如不將她幹掉，將來我們不會有好的結果。隻是當時，載垣和端華不同意肅順的想法，沒有先發製人，而後來事態的發展果然應驗了肅順的說法。到了這個時候，他們隻能悔之已晚、抱恨九泉去了。肅順集團敗就敗在他們輕看了兩宮，認為她們不過是年輕女子，有何能為？他們也輕看了奕，自認為有鹹豐皇帝的遺詔，奕又能有何為呢？
在收拾了八大臣之後，慈禧明白，控製人心、穩定大局乃是當務之急。
為此，慈禧組成了以奕等留守京師的人員為主的新政權領導班子，任命奕為議政王兼軍機大臣、宗人府宗令，奕旅為禦前人臣兼正黃旗領侍衛內大臣，同時，對其他有功人員如桂良、沈兆霖、寶望、周祖培、文祥等人也都分別給予加官晉爵。這個新班子給從前的八個讚襄政務大臣定了罪。結果，載垣、端華、肅順以大逆不道的罪名，被判處淩遲處死。慈禧以皇帝的名義分外開恩，最後令載垣、端華自盡，將肅順棄市，將景壽革職，將穆蔭革職充軍邊疆，將匡源、杜翰、焦佑瀛革職。更為絕妙的是，兩宮皇太後連下三道上諭，以宣布其不究肅順黨羽之意。其實，慈禧何嚐不想鏟除這些人？但如果一一究查，勢必弄得人人自危，不利於穩定政變後的局勢。兩宮皇太後就這樣利用政變的方式，為垂簾聽政掃平了道路。因為這場政變發生在鹹豐十一年（1861年），按幹支紀年為辛酉年，所以被稱作“辛酉政變”；又因鹹豐皇帝死後，新改年號為祺祥，所以又稱“祺祥政變”。在這次驚心動魄的政變中，慈禧太後在政治上初試鋒芒，顯露出超凡的心計與手腕，表現出了她在政治上的成熟性。