其實，當時的清廷腐敗昏庸，拉官纖，私賣官缺之事，屢見不鮮。清朝晚期，賣官鬻爵不僅是公開的秘密，甚至已經合法化。當時的捐納製度，實際上就是賣官，以解決朝廷財政的緊張。不過珍妃的所作所為侵犯了另一個利益集團的利益，那就是以李蓮英為中心的另一個賣官團夥。李蓮英是慈禧的親信太監，勢力很大，許多王公大臣都不敢惹他，有時還要巴結、賄賂他。可是珍妃卻不買他的賬，多次與他發生衝突。在珍妃“入行”之前，肥缺的鬻賣一直由李蓮英一手壟斷，可是珍妃的出現搶走了他的一大部分“客源”。畢竟，皇帝越來越大，管的事情越來越多，而皇上又如此寵幸珍妃，每晚常吹的枕頭風，使得珍妃的辦事效率遠大於李蓮英團夥，使他和靠他發財之人財路受阻，甚至一度出現兩方同爭一個客戶，買家討價還價之事：你要不願意我找珍妃去。李蓮英如不落井下石，則無法保證買家對他的信任，亦無法保持他的權威。
所以，趁玉銘事件，李蓮英在慈禧麵前煽風點火，終於使作為競爭對手的“珍主兒”失去了競爭力。慈禧處置珍妃也有她自己的原因：慈禧為光緒選後、妃，隻是想作為自己控製光緒的工具，慈禧將自己的侄女定為皇後就是鐵證。可是皇後與皇上十分疏遠，毫無感情可言，失去了影響皇帝的能力，偏偏珍妃又非常得光緒寵愛。慈禧或許曾想拉攏珍妃，通過她完成自己侄女完成不了的任務，所以對她表示過好感。可是珍妃又是個無拘無束的人，思想開朗，性格豪爽，敢作敢當，不但絲毫不看自己的臉色辦事，還讓自己的侄女吃盡了醋。珍妃還向光緒帝極力推薦她早年的老師——江南著名學者文廷式。文廷式乃江南才子，在光緒十六年（1890年）大考中擢居榜眼，以一等第三升侍講學士，在文化知識界頗有影響。他被提拔重用，為光緒帝的變法擴大了影響，在一定程度上給光緒帝增添了實力。更有甚者，夫妻二人還搭檔做起了買賣，珍妃收錢，皇帝封官，如此一來，皇帝的親信越來越多，難免不威脅到慈禧的統治。
光緒二十年（1894年），中日甲午戰爭爆發，文廷式和珍妃的堂兄誌銳上奏李鴻章對日態度怯懦。與此同時他們又通過珍妃影響光緒皇帝，采納主戰派意見，對日宣戰。珍妃、文廷式、誌銳的行動引起了主和派的忌恨，加之文廷式、誌銳又奏過李鴻章一本，因此李鴻章授意其心腹——禦史楊崇伊，反奏文廷式企圖支持珍妃奪嫡，取代隆裕皇後；反對慈禧聽政，支持光緒皇帝自主朝綱。這樣，慈禧恨透了文廷式、誌銳和珍妃。她本來就想廢掉珍妃，正無碴兒可找，借此機會正可解心頭之恨，在李鴻章的挑撥下，慈禧將三人分別處理：下旨以“交通宮闈，擾亂朝綱”的罪名，將文廷式革職，趕出毓慶宮，永不錄用；誌銳從禮部侍郎被貶職，出任烏裏雅蘇台（蒙古境內，距烏蘭巴托正西1800裏）參讚大臣；以賣官幹預朝政之事把二妃從貴妃降為貴人。否則以慈禧的所作所為，哪還有臉說出“從不準幹預朝政”的話來。雖然一年之後，慈禧就恢複了姐妹二人的妃子頭銜，但珍妃與慈禧的關係已經大大的惡化。