秦國自商鞅變法時的“集小都鄉邑聚為縣”，到秦統一六國之前轄境內普遍設置郡縣，地方政權中的郡、縣兩級政府以及鄉、亭兩級基層行政組織，已日趨完善。秦始皇在這一問題上的主要貢獻在於：他把郡縣作為國家地方政權惟一的存在形式，以法令的形式在他所兼並的山東六國以及新征服的廣大地區頒布施行，這標誌著郡縣製度最終取代分封製度，從而使中央集權的君主專製政體即郡縣製的專製政體得以在全中國的範圍內最終地確立起來。而秦統一前的山東六國，例如齊國，直到它滅亡之時，仍未能建立起郡縣製度。
有關秦帝國的郡縣地方政權及鄉亭基層行政組織的機構、官員設置情況是：
郡。
郡是秦帝國中央政府在地方上設置的最高行政機構，它代表國家與中央政府在地方上行使國家的職能。
郡守：郡守是一郡的最高行政長官，秩二千石，主管治民，“掌治其郡”。郡守之下設有郡丞，秩六百石。郡丞協助郡守治理全郡，並處理郡內的司法事宜，包括審判郡內重大案件。
郡尉：郡尉輔佐郡守並分管一郡的軍事，“掌佐守，典武職甲卒，秩比二千石”。郡尉之下設有丞，丞佐助郡尉，秩六百石。
監禦史：在一郡之內負責監察百姓及官吏，隸屬於中央政府的禦史大夫。
郡守、郡尉、監禦史在一郡之中代表國家在地方上行使權力，三者之間的職掌分工明確，與中央政府中丞相、太尉、禦史大夫等三公的分職主事原則是相一致的。
縣。
縣是秦帝國中央政府在地方上設置的第二級政權機關，它分別隸屬各個郡，是郡下所轄的地方行政機關。
縣令（長）：縣令（長）作為一縣之內最高行政長官，負責治理全縣，即所謂“掌治其縣”，萬戶以上的縣，其行政長官稱縣令，秩千石至六百石；萬戶以下的縣，其長官稱“縣長”，秩五百石至三百石。
縣丞：縣丞協助縣令工作並負責司法事務，對縣內一般性案件作出判決。縣丞秩四百石至二百石。
縣尉：縣尉負責全縣的軍事，秩四百石至二百石。
縣令（長）、縣丞、縣尉之下均設有“史”，分別稱作“令史”、“丞史”、“尉史”，是令、丞、尉屬下的辦事小吏。
秩四百石至二百石的官員稱為“長吏”，秩百石之下至鬥食佐史之吏稱“少吏”。
鄉。
縣以下設鄉一級的基層行政組織，其官員有三老、嗇夫、遊徼。其中：三老“掌教化”，嗇夫“職聽訟，收賦稅”；遊徼“徼循，禁盜賊”。
亭。
鄉以下設亭，亭有亭長一人，其職責是平時負責練兵，接待來往官吏，為政府輸送財物、傳遞文書等。亭長之下設“亭父”，其職責是掌開閉掃除；又設“求盜”，其職責是追捕盜賊。
郡縣兩級地方政權與鄉亭兩級基層行政組織在全中範圍的普遍設置，這在中國曆史上是一件前所未有的大事。秦帝國的國家職能由於各級地方行政機構組織的設立、各級地方官員職責分工的明確以及上下級行政機構隸屬關係的規定，得到了進一步的加強，使中央集權的君主專製國家政體在地方政權的建設上日趨完備。
秦帝國的中央政權與地方政權的具體情況已如上述。據《史記·秦始皇本紀》的記載，帝國建立伊始，在實行中央集權製的郡縣製度，還是實行西周以來的分封製度的問題上，在秦帝國的大臣中曾引發了一場爭論。
秦始皇二十六年（公元前221年），丞相王綰等人向秦始皇上言說：
“各諸侯國新近被攻破滅亡，燕、齊、楚等國地處偏遠，不設置王國，便無法鎮撫這些被征服的國家。請在燕、齊、楚等國立皇帝之子為王，望皇帝準奏，如此則天下幸甚。”
秦始皇認為，要不要設置諸侯王國，這是有關國家體製的重大問題。既然以王綰丞相為首的一班大臣上言要設置諸侯王國，秦始皇沒有對此事立即表態，而是將這一問題交付大臣們討論，“下其議於群臣”。在討論中，大臣們都認為王綰等人的意見很有道理，於國有利，即所謂“群臣皆以為便”。在這個時刻，廷尉李斯站出來力排眾議，他說：
“周文王、周武王所分封的同姓子弟很多，然而他們的後代逐漸彼此疏遠，相互攻擊，如同仇敵一般。各諸侯國之間以武力相誅伐，連周天子也不能禁止。今日四海之內，幸賴陛下的福澤得以統一，各諸侯國都成了大秦的郡縣。皇帝的諸王子以及功臣，享有賦稅收入以及重賞即可滿足。以諸侯國為郡縣，如此則容易控製，天下人對此又沒有異議，這才是使國家得以安寧的辦法，而設置諸侯王國則不利。”
秦始皇是不同意在統一天下後分封諸侯王國的。但他見王綰等人提出這一建議，而王綰本人又身為丞相，不便立即表態，而是通過交付群臣討論的方式，讓兩種不同意見充分發表並相互辯論，來進一步闡述郡縣製的優越性，駁斥實行分封的主張，在輿論上為郡縣天下鳴鑼開道。因此，秦始皇見李斯既已論證了“置諸侯不便”，便在李斯議論的基礎上，進一步明確指出：