小泉對朝短短一天的“破冰之旅”，取得了舉世矚目的重要成果。雙方在兩個最關鍵的問題上取得了突破：一是處理日本侵朝曆史問題，日方首次正式承認過去給朝鮮人民帶來了巨大損害和痛苦的曆史事實，並對此表示深刻的反省和真誠的道歉。日方的道歉滿足了朝方對清算曆史問題的基本要求。在此前提下，朝方放棄了要求日本進行國家級賠償，同意以經濟援助和經濟合作方式處理曆史問題；二是日本失蹤人員問題。朝鮮國家最高領導人公開承認，朝鮮方麵已經確認這種令人遺憾的事件是在朝日關係處於不正常關係下發生的，朝鮮方麵在關於日本國民的生命與安全的一些還未解決的問題上將采取措施確保不再發生這種問題。宣言中雙方還就安全保障問題等達成了約定。此外，朝鮮方麵還在世界普遍關注的東亞安全問題上作出了讓步，承諾將凍結導彈發射的時限繼續延長到2003年以後，並表示願同有關國家就朝鮮半島核問題進行對話。這是首次日朝首腦會談，並發表了《朝日平壤宣言》，可以說，小泉首相的這次訪朝取得了巨大的成功，具有曆史性的意義。
在小泉訪問平壤之前，曾有報道說“15號台風”給朝鮮農業造成嚴重危害，糧食緊張，外界猜測小泉可能會做出什麼表示，但小泉卻沒有帶去任何糧食援助。在首腦會談結束後，小泉甚至沒有舉行答謝宴會，就踏上了回國的飛機。一位記者稱，雖然兩手空空，但小泉來到平壤，這本身就是最大的禮物。日本內閣官房長官福田稱：“小泉此行不是友好訪問，是為談判而去的。”
然而，8人死亡的消息傳到日本，日本就炸開鍋了。
9月17日下午3點，東京大雨滂沱。被綁架的受害者家屬被以福田康夫官房長官的名義，召集到坐落在東京港區的外務省飯倉公館，說是遭綁架的11人有了消息，要向各位家屬個別交待。11個家屬先後來到飯倉公館後，被告知在會客廳等待。寬廣的會客廳，一般是用來與外國首腦會談用的，中間放了一台大屏幕電視機。或許會有幸存者的消息吧，一個家屬滿懷期望地打開了電視機，NHK正好在播報新聞：“有9人生存。”家屬中嗡地響了一聲，生存的都是誰呢？誰知不到2分鍾，電視台對剛才播報的消息進行更正說，“不是9人，而是數人。”
家屬一個一個被叫到隔壁房間，外務省副大臣植竹繁雄在隔壁的房間裏等著。橫田滋夫婦進來後，植竹副大臣沉默了好一會兒才開口說：“非常遺憾，你女兒已經死亡了。”“什麼時候死的？”橫田滋問道。“不清楚。”但是，在朝鮮政府交給在平壤的日本政府代表團的名單上，已經寫明了橫田惠的“死亡日期”。被告知死亡的家屬，一個個悄無聲息地走出來，而相反是被通知親人還活著的家屬，在聽到消息後放聲痛哭。
朝鮮外交部發言人17日表示，朝鮮政府將保證健在的被綁架者與家屬、親戚及日本政府負責人會麵，如果本人願意，朝鮮有意讓本人回到日本。
9月18日，14名被朝鮮綁架的日本人中8人已去世的消息傳來，導致日本國內輿論迅速惡化，日本政府決定進一步推進幸存者回國和死亡者確認工作。
訪朝回來後的第一天，原本安排小泉首相與“家屬會”成員見麵，介紹情況的。但是，小泉臨時變卦，拒絕與他們會麵。安倍晉三聽說後，立即表示他要來與家屬見麵，隨即趕到受害者家屬聚集的會場，一進門就深深地給在場的家屬鞠了一個躬，表示謝罪。這一動作通過電波傳到了日本千家萬戶，給日本國民留下了很深的印象。隨後他說：“北朝鮮方麵說8人死亡，那隻是他們一麵之辭。我根本不相信金正日的話。今後，我們還是要在這些人還活著這一前提下，繼續與北朝鮮交涉。”同時還介紹了有關會談的一些細節情況。當“家屬會”成員們知道日本政府有意將名單卡了下來後，一時間輿論嘩然，大有興師問罪之勢。“家屬會”成員立即舉行記者會見，公開昨天外務省通知他們的內容，同時猛烈攻擊外務省，指責政府的做法缺乏誠意、沒有人性。到9月19日傍晚，小泉政府迫不得已才將朝鮮方麵的名單公開。
死亡名單公布推遲了兩天，被綁架的受害人家屬是在小泉訪朝兩天後才得到了親人的確切消息。名單被捅出來後，9月19日晚，陪同小泉一起出席日朝首腦會議的安倍晉三官房副長官立刻召開記者會，刻意表現自己，為自己進行洗刷。當有人問他為什麼看到這樣的名單不指出問題時，他不得不辯解說：“這份名單是在小泉和金正日總書記會晤之前的碰頭會上才得到的，朝鮮政府把一份朝文的‘失蹤日本人’名單交給了田中均。於是小泉和金正日總書記一邊會談，一邊讓翻譯將名單譯出。小泉是在《日朝平壤宣言》簽字前看到譯文的。”言下之意是自己如果早點看到的話，事情肯定就不會是這樣的了。在場的記者若有所悟地說道：“那麼可以說是外務省官員故意向對朝鮮強硬派的安倍副長官封鎖消息啦。”安倍晉三還透露說：“由於‘失蹤人員’死因蹊蹺，而且名單上漏洞百出，除了姓名、生日和死亡時間外，對死因毫無記載。所以日本外務省認為這是‘一份非正式文件’，主張不發表，小泉純一郎首相也表示讚同。這完全是官僚主義作風。”名為批判外務省，實際上將一盆髒水全扣在了小泉頭上。