“想做一名好醫生，不僅要認識醫藥，還應該懂得醫藥。”父親的教誨，李時珍始終銘記著。他夜以繼日地鑽研醫學技藝，恨不能驟然間成為妙手回春的杏林聖手。父親告訴他，千錘百煉才能成鋼，不經過七災八難，便難求真經。李時珍頓悟了，從此心定性安，一頭鑽入浩如煙海的醫學典籍中，一麵發奮苦讀，一麵勇於實踐對各種醫療病症的救治。
李時珍有一個外甥名叫柳喬，平素貪戀酒色，因此，他小腹經常疼痛，大小便不通暢，嚴重時坐臥都疼痛難忍，痛苦呻吟了七天七夜，經許多醫生診治也不見好轉。李時珍看過後，做出了診斷：濕熱邪氣在精道裏，阻礙了大小便。於是，他用牽牛子配楝實、茴香、穿山甲等藥，用水煎服，柳喬吃了三次就好了。
家人驚詫他診病精準，紛紛詢問詳情。他靦腆地回答說，祖父醫案上曾記載過此病，自己不過照葫蘆畫瓢而已。父親一查家書，果真如此。但李時珍用藥時創造性地增減藥劑，表現出自己的獨到見解。李言聞很高興，感歎道：“吾李家即有名醫矣！”
李時珍25歲時，即嘉靖二十一年（1542年），開始正式行醫。當時他已結婚，有了一個兒子，叫李建中。李時珍與父親共同挑起了全家的生活重擔。蘄州玄妙觀便是李言聞、李時珍經常行醫的地方。
李時珍行醫不久，蘄州一帶連年大旱，水塘幹涸，糧食歉收，同時又發生了瘟疫。按照明朝的醫事製度，明政府在各地都設有“醫藥惠民局”。而所謂的“惠民”，隻不過是統治者籠絡人心的話。當時貪賄成風，藥局的官吏營私舞弊，賤買貴賣，以假充真，實際上窮苦百姓很少能沾到什麼“惠”。
在貧病交加、走投無路的情況下，許多百姓來找李家父子求醫。不論是鄉鄰還是遠方來的病人，李家父子總是細心診察、用藥，絲毫不馬虎敷衍。
李氏父子堪稱醫德高尚，對於貧困百姓，他們總是盡全力診治而不收一文錢。李時珍的父親雖頗具醫名，但生活十分儉樸，住著普通的庭院，穿著大布寬衣，吃著粗茶淡飯。有錢的富豪請他看病，排筵設席，山珍海味交錯於前，美女俊仆排列在後，他卻正襟危坐，不為所動，精心地為病人診病。
父親的這些優秀品質，在李時珍身上得以繼承和發揚。李時珍不貪圖享受，言行舉止和他的父親頗為相似。蘄州人稱他們為“大小二李”，並稱讚他們：“千裏就藥於門，立活不取值。”
在治病救人的過程中，李時珍取得了行醫診病的寶貴經驗。
瘟疫的流行使很多人倒下了，李時珍這個時候忙裏忙外，哪家出現緊急情況，他背起藥包就奔向哪家。有個新來人家的孩子病了，臉色發黃，腫腫脹脹的，一副無精打采的樣子，叫人看了很難受。李時珍心想，從外表看上去，這孩子是得了“小兒積食病”。可是他太忙了，看在眼裏，記在心上，就是抽不出空來給那孩子治一治。他心裏盤算著，有空一定要給那位小患者調理調理，免得他再受罪。
有一天，當他又看到那個患積食病的孩子時，大吃一驚，因為那孩子臉色紅潤，浮腫消失，歡蹦亂跳的，看上去已恢複了健康。
是誰給他看的病呢？吃的是什麼藥呢？怎麼會康複得這麼快？效果怎麼會這麼好呢？
李時珍帶著這些疑問，去了那個孩子的家，向孩子的家長了解孩子的病史、病況、治療過程，得出結論：孩子確實是患有小兒積食症。孩子的爸爸說家裏貧窮，請不起郎中，也買不起藥，沒給孩子治病。
沒請郎中，沒吃藥，那病怎麼會好呢？李時珍難以解釋。他又仔細詢問那個孩子。
“你想一想，這些天除了吃飯還吃了些什麼東西沒有？”
“對了，我到後山去過，撿了些果果吃。那果真好吃，酸酸的、甜甜的。”
說著，孩子從小籮筐裏拿出了“果果”。李時珍仔細一看，是大山楂，他確信這個孩子的病是大山楂給治好的。李時珍給孩子留下些買糕點的錢，就高高興興地走了。大山楂可以治病，而且有這麼明顯的效果，很值得重視。他翻閱了相關的書籍，見藥書上記載大山楂可“化積食”“健胃寬膈”“下氣”等，說明其療效符實。從此，因消化不良引起的積食症，他都建議人們常吃大山楂。