此後，“清華基金”為了避免由校長支配所帶來的誤解，實際上是交由教育部轄下一個叫“中華教育文化基金董事會”的組織代為管理的。該董事會的第一任正、副董事長為蔡元培、蔣夢麟，操作具體事務的則為胡適、任鴻雋等專家學者。以後曆屆中華教育文化基金董事會之成員組成，均大抵遵循羅家倫時期由專家學者視事的組織原則，這是清華後來能貫徹“教授治校”之理念的，一個相當重要的經濟基礎。
第三大作為，羅家倫及時為清華更新了一大批教育設施。
“清華基金”拿回清華之後，中華教育文化基金董事會的代管團隊，俱是羅家倫心意相通的同道中人。花錢已不是一個問題，問題是應該怎樣花。於是，羅家倫起草了一份《整理校務經過及計劃》的報告，提出了興建圖書館、生物館、學生宿舍和氣象台等六大基礎工程。羅家倫說：“大學裏知識的發源地，就在圖書館和實驗室裏。”為此，羅家倫做出硬性規定，以後學校的年度開支預算中，必須將圖書儀器的添置費增加到20%以上。清華圖書館的圖書結構起先是偏重於西文書冊的，不久即跨進到中西圖書並藏，後來更發展成為跟北大圖書館、國立北平圖書館鼎足而立的三大圖書館之一。國立清華大學能從羅家倫的改製至抗戰全麵爆發的短短十年間，培養出錢鍾書、費孝通、王力、季羨林、曹禺、王淦昌、錢偉長、錢三強、何澤慧、王大珩、趙九章等一大批大師級的人物，應該與羅家倫當初重視人文環境配套建設有很大的關聯。
第四大作為，是羅家倫對學術獨立理念的深化。
學術化與學術獨立化，清華受歐美學風影響，在周詒春、曹雲祥二任校長手中即已打下了一定的基礎。羅家倫到來後，使學術獨立的思想更加深入人心。這方麵的內容說起來不過是一兩句話，做起事情來就繁密而複雜了。
羅家倫剛到清華時發現一個奇怪的現象：後勤不教書的職員之經濟待遇，普遍好過一線教書育人的專家教授。羅家倫感到十分震驚。這應該是過去清華的轄治長期歸口於外交部所帶來的弊端。外交部的一批老官僚，一時失意，無其他地方可去，便紛紛看中了清華這個避風港可以養老。這些人的來頭大，在外交部的關係也還有，所以在工資與生活福利方麵也就好過在一線做實事的專家教授。人家一般的高校，校長致辭最通常的稱謂是“教職員”，可是，北平的學界嘲笑清華的結構是“職教員”。當初的清華，為貫徹教授治校的理念，曾經在校長的權力之外，設立“評議會”、“教授會”兩個教職員組織，以製衡校長的濫權。另外，還有一個“學生聯合會”的組織，惱起來的時候，同樣是校長與教授們都惹不起。民國時期的大學，學生是“皇帝”，教授是“神仙”，校長是“走狗”，校長是為教授與學生們服務的。但是，在羅家倫蒞臨清華的時期，“清華最高機關的評議會及各委員會，其中主要成員，大多為各部職員，而非各係教授”，這就極大地挫傷了廣大教授治校的積極性。
羅家倫的措施，便是想把顛倒了的本末重新扶回來。首先他精減後勤閑雜人員，將職員數由95人減至72人，一下子便砍去了23個名額。當時，清華教授的待遇，比北平的北大、燕京等各大高校都要低，羅家倫承諾經濟待遇上要向北大看齊，將正教授的薪俸上浮到了360元至500元，其他各級別教師的待遇均有一定的提高。教授們高興地說：來了羅校長，我們也可以將原先的“職教員”更正回“教職員”了。
不過，也不是所有的教授們都可以開心地笑出聲來。羅家倫說：“要大學好，必先要師資好。”又表示今後在選聘教授時，堅決“不把任何一個教授地位做人情，也決不以我自己的好惡來定去取”。所以在羅家倫手下想要拿高薪的教授們，手中沒有一點教書育人的真本事，還真的混不過去呢！因此，在羅家倫續聘的專家教授中，原有55名教授，因暮氣與惰性，被辭去37人。羅家倫從國內各大高校廣泛招攬了一批充滿朝氣的年輕人，充實教授隊伍，像當年的薩本棟、周培源、楊武之、朱自清、俞平伯、葉公超等人，都是30歲上下的青壯年。當然，對於原先清華的文化重鎮，羅家倫始終是執禮甚恭的，諸如陳寅恪、趙元任、金嶽霖、陳達這樣超一流的專家學者，羅家倫則親自登門懇請留任。
羅家倫用人一個最大的特點便是唯才是舉，沒有什麼個人的偏執心，也不理會民國學界的小團體小派別。當時，在清華執教外文係的吳宓，“五四”新文化大辯論時，吳宓曾經將羅家倫罵了一個佛祖升天！這次羅家倫來到清華做校長，吳宓心裏哪裏還能淡定，便請趙元任代為探一探羅家倫的口風。羅家倫哈哈而笑：“吳宓有什麼可慌的？當初我們爭的是文言和白話，現在他教的是英國文學，根本不是同一碼事情。”後來，吳宓果然是有驚無險，每月的薪水還提升了40元。當日的吳宓日記中暗喜：“宓之月薪，已內定增為三百四十元。宓向不持與人比較或虛空立論之態度，自家能增四十元，亦佳事也。”
但是，一些濫竽充數的洋教頭就沒有吳宓那樣的好運氣了。清華園中有一個著名的飯桶教授，是來自美國的史密斯。這人名譽上是英文、拉丁文教授，但是上課時從來沒有什麼理義闡述，他的拿手絕活便是一堂課叫這個學生讀一段課文，等到一段課文快念完了，又讓另一個學生接下去再念，如此反反複複，生命不止，念課本不止。全體學生對他厭煩死了。但是，這個人在美國公使館有人事關係，前麵的數任校長均無奈何於他。羅家倫做過革命軍中的少將，他可不能容忍這種事情，一拍桌子，立即請史密斯走人，同時被出局的外教有6人。果然，羅家倫這邊剛動了史密斯，那邊便驚動了美國公使出麵為他說情。羅家倫很客氣，說什麼“公使先生也不想讓外界誤以為，史密斯先生即代表了當前美國的學術水平”之類的話語，這令美國公使赧然，不能再說出求情的話。