在以李通玄為首的華嚴學派之外，五台山還有一個以澄觀國師為代表的華嚴學派。澄觀，俗姓夏侯，字大休，越州山陰人，是唐代著名的高僧、佛學家、華嚴四祖。《宋高僧傳》卷第5說，澄觀法師從大曆十一年至五台山，到貞元十二年受命入京翻譯40卷《華嚴》止。其間，在五台山斷斷續續住了20個春秋，著《華嚴經疏》60卷、《華嚴經隨疏演義鈔》90卷，並在大華嚴寺和太原崇福寺一再講解新疏，弘揚《華嚴》思想，開辟華嚴道場，組織華嚴隊伍，從而在五台山華嚴學的基礎上創立了具有五台山特色的華嚴宗。其理論體係是在批判繼承法藏華嚴思想的基礎上，融合三論、天台、密宗、南禪、北禪而形成的融合性相的思想體係。其特色是極力駁斥慧苑之說，捍衛和發展了法藏的真意，挽回了華嚴宗的宗風；以受三論、天台、禪宗、密宗、《起信論》等的影響，含有諸宗融合、禪教一致的宗趣。
澄觀國師學貫中西，通達儒釋，禪教兼通，融合諸宗，博學多能，著作宏富，思想深邃，尤精華嚴，一生宣講華嚴50餘遍，設無遮大會15次，教授門徒千有餘人，為人師者38人，宗密、僧睿、寶印、寂光為門下4哲，遂形成了一支龐大的華嚴隊伍，從而促進了華嚴宗的發達壯大，所以史稱他為“華嚴四祖”。
澄觀國師生曆玄、肅、代、德、順、憲、穆、敬、文宗等9朝，為代、德、順、憲、穆、敬、文宗等7帝門師，德、順、憲、穆、敬、文宗等6朝國師，獲帝敕賜“教授和尚”、“鎮國大師”、“清涼國師”、“大照國師”、“大統國師”等5個封號，擔任“天下大僧錄”和“僧統”之職，統領全國寺院、僧籍、僧官補授等事宜41年，地位顯赫，權傾一時，五台山也因此而成了中國著名的“華嚴聖地”、中國佛教的“首府”、大唐帝國的“鎮國道場”。
澄觀國師之後，他的高足宗密遵其遺誌，繼續弘揚華嚴，並開了三教融合、禪教一致的先河，且將佛教的認識論、心性論導入了中國哲學思想，大大影響了以後的陸王心學。時五台山還有釋常遇及其門人太文也弘傳華嚴。
天台宗
天台宗是隋代成立的一個大乘佛教的宗派。天台，山名，在浙江省天台縣。因隋代智顗禪師於此習靜修學，著書立說，融合三教，破斥南北，而創立了“五時八教”的判教說，確立了“定慧雙修”、“止觀並重”的修行原則，揭示了“一念三千”、“三無差別”、“性具善惡”、“無情有性”等殊勝的佛教義理，發展了僧肇的“立處即真”、慧文的“一心三觀”、“三諦圓融”、慧思的“諸法實相”等理論，從而奠定了該宗的思想理論體係，故稱智顗為天台大師，其創立的宗派為天台宗。其傳承是龍樹、慧文、慧思、智顗、灌頂、智威、慧威、玄朗、湛然。其九祖湛然說，因其是“以《法華》為宗旨，《智論》為指南，《大經》為扶疏，《大品》為觀法”的佛教宗派，所以，以經立宗，又謂法華宗。法華宗四祖智顗大師早年在天台山創立天台教觀，後於開皇十二年又至玉泉山，倡立法門，建立寺宇，演說《法華玄義》、《摩訶止觀》，因此，法華宗的祖庭一為天台山國清寺，一為玉泉山玉泉寺。所以，智顗圓寂後，該宗便以此兩大祖庭為中心弘揚發展。到唐代時，它們都與五台山佛教有了密切交往。
《清涼山誌》卷2說，五台山菩薩頂，形似印度靈鷲山。靈鷲山是佛祖演說《妙法蓮華經》之地。因此，早在六朝時僧人們就把菩薩頂看成是法華聖地，故多有僧人在此研習此經，如南台的海雲比丘及其俗家弟子高守節、總因寺妙蓮、十力寺曇義及其弟子曇訓、昭果寺明曜、木瓜寺曇韻等都是一批受持、諷誦、研習《法華經》的信眾。
入唐之後，五台山僧人在隋代實踐天台學的基礎上，又有了新的發展，湧現出了一批研習《法華》、《維摩》、《涅槃》和《大智度論》等天台教籍的高僧，形成了以佛光寺、大華嚴寺和法華寺為中心的三個天台道場。僅見於《僧傳》的天台宗高僧，佛光寺就有釋法興、釋行嚴、釋願成，法華寺有釋神英，大華嚴寺有釋誌遠、釋文鑒、釋玄亮、釋元堪、釋智頵等等。其中，誌遠和尚作《法華疏》10卷、《玄文》10卷和《止觀》10卷等，闡明了本跡二門、三周記別、開近顯遠的意義；又以五義判釋了如來一代說教，評述了境觀雙修、不定頓漸、八教粗妙、遮照平等、行解圓明、一多相即等教觀法門，從而奠定了五台山天台學的理論體係，並在大華嚴寺開講天台奧義，“闡揚獨步”，四十年如一日，培養了一支龐大的天台學僧，從而創立了五台山天台宗。其特點是，解行並重，修性三德。一念三千，包羅性相。即遮即照，破立同時。修正圓融，凡聖平等諸特色，遂成了與天台山國清寺一係、覆舟山玉泉寺一係相互媲美的中國佛教天台宗的一係。因此，時有覆舟山玉泉寺弘景和天台宗九祖湛然，至五台山參觀考察，取經學法，弘揚天台教理。這就為五台山天台宗注入了新鮮血液，也促進了它的發展。之後，能夠繼承其這一宗係的僧人，就是氣度衝邃、道風素高的誌遠和尚的高足元堪法師。元堪法師冒著生命危險在“會昌滅佛”時，秘密保存了誌遠和尚的章疏文句。宣宗恢複佛教之後，他又重葺舊居，把誌遠和尚的教部置之影堂，六時經行，積歲傳唱，久而敷揚，遂使五台山天台宗薪火相傳，代代複燃。
密宗
密宗是依理事觀行，修習三密瑜伽，以求即身成佛的一個中國佛教的大乘宗派。所謂三密瑜伽，就是行者口誦真言，手結契印，心作觀想，與本尊三密相應，合二而一，即可即身成佛，故名密宗。又因三密中，以真言咒語為重點，故又名真言宗。真言宗所崇奉的本尊是毗盧遮那佛，即大日如來。大日如來所傳的秘密教法，名曰密教。密教與顯教不完全相同。顯教是釋迦牟尼所傳教法。釋迦牟尼為應身佛，大日如來為法身佛。顯教主張公開弘法，悟道成佛。密教重視傳承、真言、密咒、修持，以期即身成佛。顯教的經典，主要是經、律、論三藏，密教的經典除此之外，還有頌、讚、法、咒、儀軌、瑜伽、印契等等。顯教有行、住、坐、臥四種威儀，密教還需“觀想”。總之，密宗是以法身說法，修行三密瑜伽和灌頂，而即身成佛為特色的一個宗派。它所尊奉的經典是《大日經》、《金剛頂經》、《蘇悉地經》和《菩提心論》、《釋摩訶衍論》等。
其中，《大日經》為本宗的理論依據，《金剛頂經》為本宗踐行的規範。《大日經》主要是講述密教的基本教義、儀軌、修法和供養的方式方法，是胎藏界的根本經典。《金剛頂經》，主要是對大日如來受用身和五佛顯五智的闡明。它以為世間一切，包括淫、怒、癡等現象，都是“即事而真”、“事事無礙”的結果，是金剛界曼荼羅的本經。這兩部經典的根本思想是即事而真、當體即道、即身成佛。密宗認為大日如來教主是宇宙之本原、諸佛菩薩之原宿，即佛格化的理性。所以，它就具有理智二德。表現其智德者謂金剛界，表現其理性者謂胎藏界。由於金剛具有無堅不摧之性，所以金剛界就具有智、果、始覺、自證等義。由於如來之理性存在於一切之中，所以由大悲哺育，就猶如胎兒在母胎中、蓮花種子在花兒中一樣，故胎藏界就具有理、因、本覺、化他等義。因此，以圖示之或設壇顯示金、胎兩界，就謂金剛界曼荼羅、胎藏界曼荼羅。可見，金、胎兩部曼荼羅是諸佛理智的體性、眾生色心之實相。它們的關係是一而二、二而一，即二而不二。