曾國藩大功與國，朝廷聞訃，同治下旨輟朝三日。追贈太傅，諡文正。三月後，由其子曾紀澤扶靈回鄉，下葬於長沙，一代名臣，終沒黃土，赫赫戰功，四海威名，就如過眼煙雲而散。
征得同治首肯，和珅把本安排派往蝦夷擔任總督的王有齡改任朝鮮總督，至於蝦夷那邊就由曾國荃出任，也算了了曾國藩臨終囑托之心願。
曾國藩去後，曾國荃一連悲哭數日，閉門一月，總算收斂起了性子，變得穩重了許多。曾國荃其實自己心裏也明白，現在沒了自己大哥的照顧，要是還像以前一般衝動莽撞，很可能會給自己惹來殺身大禍。更何況，事後和珅又找曾國荃長談了一宿，對他說清利害，闡述形勢，並把蝦夷重任親手交托與他，也算盡到了最大的努力。曾國荃並不是不明白事理的人，對和珅又是一向敬重，很快就收拾起心情，起程上任去了。
曾國藩雖然死了，但他對國家作出的貢獻卻沒有白費。這些年來，整個國家都在按部就班地發展著，隨著鹹豐末年到如今，先勝英國、再敗法國、收複安安，兵平琉球、巧占蝦夷，並利用戰謀之術使得日本陷入大動亂，進而控製住有些離心的朝鮮和充滿野心勃勃的日本兩大臨國後，中國在亞洲的地位已是空前穩固，不可動搖。
陸軍、海軍不斷發展壯大，尤其是海軍在幾次戰役中獲得了寶貴的戰鬥經驗，培養出一大批合格的將官和水兵，而且隨著世界海軍中鐵甲艦的盛行，中國海軍也沒固步自封，在第一時間就向英國、德國和美國訂購了一大批火力強大的新式鐵甲艦，以更換逐漸淘汰的戰艦。
至於陸軍，經過幾年的整頓和八旗、綠營的撤消整編，實力更是上了一個台階。整個陸軍部已經取代兵部成了朝廷最重要的軍事力量之一，再加上龐大的海軍，經洋務派主動提議，同治毅然決定，自同治十五年起撤軍機處、兵部、北洋、南洋四大衙門，並參考英國的方式，再按造德國之先例，開設總參謀部為三軍最高軍事機構，下分屬陸軍、海軍兩大部門，由左宗棠和恭親王奕訢同領總參謀部，原軍機大臣和兵部官員各充總參謀部為職。同時授李鴻章為陸軍大臣，劉銘傳為海軍大臣，南洋、北洋兩大艦隊剝離出來，各由提督為帥領銜帶軍。至於同治作為帝國最高統治者的皇帝，兼任兩軍最高統帥之位，從而完成了軍事方麵全麵的轉變。
其餘各部，除了吏部、刑部、戶部不變外，再新設外交部，以取代早已經失去職權，形同虛設的禮部和理藩院，並正式歸納總理衙門屬下。至於工部被一拆為二，分設商務部、後勤部，分其職能，以便各司其職，規劃調用。除此之外，朝廷再新設學部，並在全國各地以西方模式開館授學，以開民智，爭取在十年時間逐漸淘汰已經落後的科舉舉士製度，而采用西方學校的方式取得合適人才。
接著，又借鑒前明內閣製度組成內閣，還在各部之上，皇帝之下新設首相一職。由群臣推薦，同治提名，和珅首次出任其位。不過這首相不等同以前的丞相，雖有其名卻無其職，隻不過是替皇帝打理國政的幫手，和珅德高望重，擔任此職名正言順，又能平穩過渡各部改製，取得實效。
朝廷改製，前後經曆三年，這才全部完成。至此，中國雖不是什麼英國的那種君主立憲製度，但與德國相比也相差不遠。而且通過如此改製，既加強了國家各部的工作能力，使得朝廷政令暢通，更避免各部原本職能的混亂。同時還穩固了皇權，使皇帝能更好地控製住國家政權，及時了解國情狀態，對可能發生的突發事件作出合理判斷。
另外，科舉的改革也逐漸帶來了成效，和珅對此是費盡心機，他深知科舉製度的根深蒂固，所以才上折提議用十年的時間緩緩進行，免得觸及天下讀書人產生強大的反對力量。雖然現在反對的聲音依舊不少，可因為有了充裕的過渡時間，再加上各種不同類型的衙門成立，給學子們出仕為官選擇的餘地越來越多，兩者相比，其利遠大於弊。不出幾年時間，在那些學堂畢業的學子們就成了國家的棟梁之材，隨著不斷有新鮮血液的注入，更穩固了變革的基礎，此消彼漲之下，那些原本反對派和保守派，在這種大局下幾乎沒有半點回手之力，漸漸失去了影響。
這些年的開放門戶，發展工業、商業、對外貿易等等，還給國家帶來了財政上的寬裕。如今，光是每年在海關的稅收，就足有近八千萬兩白銀之巨。比較起當年乾隆之時，現在海關一項的收入就能抵得上當年全年的總收入，何況國內還有各種商稅、農稅等，合計在一起，一舉更突破了每年一億九千萬兩之巨，其數額之龐大，實在是令人驚歎不已。