2004年4月1日全區糧食市場化後，該行不斷改善金融服務，積極支持國有糧食購銷企業轉換經營機製，麵向市場搞活經營，減虧增效。一是根據企業的風險承受能力發放貸款，把企業有效資產全部抵押存量貸款；新增貸款必須有一定比例的風險保證金，方予以支持，使企業經營既有壓力又有動力。二是利用農發行的信息渠道和信息資源，及時為企業提供市場價格信息。三是統籌考慮企業的貸款資格確認，確保每個縣域都有一家購銷企業能夠獲得貸款開展收購，不留收購“空白點”。四是配合糧食、財政、物價等部門，在收購季節適時出台糧食收購指導價，支持企業托市收購，穩定市場，保護農民利益。在放開糧食市場後的2004、2005兩年，該行通過落實貸款價格支持政策，合理調控糧食收購價格，支持各類糧食收購主體入市收購，使全區農民增加現金收入近2億元。五是提前做好收購資金的預測工作，及時足額供應資金。六是通過信貸杠杆，支持購銷企業與糧油加工企業、儲備企業聯合經營，實現了優勢互補，延長了產業鏈條。
此外，該行還會同自治區財政、糧食部門加強了糧食風險基金管理。從2004年開始，該行重點配合自治區各級財政部門落實農民直補工作，在全國率先兌現了糧食生產直接補貼，加強賬戶監督和管理，以“一卡通”方式將直補資金直接補貼到農戶手中，保證了此項惠農政策的落實。截至2006年，全區直補麵積達536萬畝，涉及農戶54．3萬戶、271．5萬人，補貼總額8080萬元，平均每戶補貼148元，人均補貼38．5元。
目前，全區國有糧食購銷企業改革已進入產權製度改革攻堅階段，現已有2家企業實施了產權製度改革，徹底轉型為民營糧食購銷企業。從產權製度改革的形式來看，主要有三種：一是以公開競價拍賣方式一次性整體出售企業，將國有糧食購銷企業完全私有民營化。如賀蘭縣2006年6月對賀蘭縣糧食購銷公司以底價600萬元公開競價進行一次性整體出售，最終以658萬元的價格成交。二是拍賣部分偏遠、收購主體不明顯或虧損的庫（站）。吳忠市糧油購銷公司、平羅縣糧油購銷公司、靈武靈糧收儲公司采取這種方式，實現了減員增效。三是吸收優良資產，進行資產重組。如寧夏糧食產業集團的組建，是采取控股、參股等方式，通過市場運作，吸納了5個資產較為優良的糧食購銷公司，進行資產重組，使國有糧食企業布局結構得到調整。
在國有糧食購銷企業改製的過程中，該行對國有糧食購銷企業存量貸款均落實有效資產抵押擔保。已拍賣的縣級購銷公司或庫站，政策性掛賬貸款剝離到縣（含）以上糧食局。存量貸款本息由庫站直接承貸的已全額收回；由購銷公司承貸，但拍賣糧庫的，這部分庫站應分割承擔的曆史遺留問題和經營性虧損掛賬貸款由購銷公司承擔，拍賣收入除安置職工外，全部收回不良貸款；由購銷公司承貸，整體拍賣的，庫存糧食和保證金全額作為歸還貸款本息來源，縣政府還出具了全額歸還貸款本息的承諾書，農發行的債權債務得到了很好的落實。