各級官府對學潮的社會趨向十分畏懼，千方百計地壓製束縛，又激起更為猛烈的反抗。學生們把鬥爭鋒芒指向一切敢於阻撓破壞其正義行動的權力代表。安徽師範學堂學生因浦信路和銅官山礦權告警要求集會，與校方大起衝突，全體罷課。寧波美辦崇信書院學生在愛國行動受壓時表示：“向西人讀書猶如此，浙路若歸其掌握，其情形更何堪設想乎？諸生非敢謂熱心公益，第以全浙死生在此一舉，若聽其奴隸之，尚得自立乎？”《外人不許學生赴會奇聞》，《江浙鐵路風潮》第1期，1907年。12月19日。全體退學。1907年。雲南高等學堂學生反對清政府出賣7府礦權和滇越鐵路修築權，要求通電抗議，為電報局所阻，衝突之下，舉行罷課，並準備遊行。其他各校聞風響應。提學使急令關閉校門，隔斷學生的聯係，並拘捕、斥革各學堂學生代表20餘人，激成全城罷課大風潮。1910年。武漢陸軍特別學生張貼標語，反對日本強修安奉鐵路，被巡警逮捕數人，便全體罷課，迫使警局放人。保路運動中，湖南、四川學生舉行大規模罷課，雲南學界也罷課一天，抗議頒布鐵路國有。罷課最終導致反對清政府的統治及其基本國策，甚至成為對革命黨人的直接聲援。徐錫麟、秋瑾等人遇難後，浙江學界罷課抗議官方搜捕。殺害秋瑾的劊子手貴福及率兵圍捕大通學堂的標統李益智，運動他調後，均遭任所學生的抵製。國會請願時，天津、保定、奉天、成都等地學生紛紛罷課，並首次呼籲全國總罷課。學潮由學堂而地方而區域而全國，鬥爭對象由教職員而地方官吏兵警而國家專製政權，態勢由被動反抗到主動出擊，終於把學生推入與統治階級總決戰的陣地。
學潮促成了學生與學生、學生與教師以及學生與社會各界聯合的趨向。
學生的相互聯係，首先從學堂內部開始。從童生士子變為名副其實的學生，既體現於個體素質的改善提高，也表現於群體關係的整合重構。士人屬於分散型農業社會的產物，學生則是近代工業文明的結果，不僅個人知識結構、精神風貌明顯不同，群體集團性亦上升到政治層次。而鬥爭的洗禮，加速了轉變進程。從散處到聚居，空間距離的縮短以及與學堂當局直接對立，直觀地反複顯示出彼此利益的一致性，在此基礎上，凝聚成眾多小群體核心。許多罷課退學，即由於當局懲處學生代表所引發。這種自發圍繞核心展開的群體行動，乃是學界聯合的雛形。實踐證明，學生群在組織上“自在”還是“自為”，直接影響鬥爭的成敗。1908年。北洋法政學堂專門科學生與齋務長大起衝突，校方以學生“聚眾暴動”為名，慫恿總督派官吏軍警來堂彈壓查辦。“學生倉卒未舉定代表，不免退縮”，以致“未敢盡言”。數日後，地方官複帶警兵來堂，宣布斥革數人。這時學生已推出代表，“既積義憤，又受公論，故言語之間，不免慷慨激烈”。齋務長挾嫌報複，將學生代表連同其平日所記恨者開單呈請斥革。150餘名學生相率全體退學，迫使校方和官府讓步，《北洋法政學堂專門科學生散學大風潮紀要》，《盛京時報》1908年。1月9日。將齋務長撤差，監督記過。由於當局拒不收回開除8名代表的成命，還有30餘人繼續堅持鬥爭，“義不獨歸，情願斥退”《五省法政學堂風潮已息》，《盛京時報》1908年。1月31日。。1910年。南寧師範學堂140餘名學生退學抗議當局斥退4名代表，“謂此四人乃全體之代表，若監督革此四人，吾等全體亦當罷學”《南寧師範學堂之大風潮》，《大公報》1910年。5月16日。。南昌洪都中學堂兩名學生代表被開除時，同學也以“學生同事請求，而加罪於一二人，學生理應代訴”，與監督衝突，200餘人一律告退。《洪都中學堂學生全體公具》，《民立報》1911年。6月18、19日。聯合使學潮的自發盲動性得到抑製，那種一哄而起，又一哄而散的輕率莽撞舉動逐漸減少，目的性和攻擊力大為增強。
學生聯合還超出單一學堂向區域範圍發展。學生與地方惡勢力及官府之間的衝突，以及參與愛國民主運動，使其群體意識由空間接近的初級觀念升華為地域性中級概念，甚至國家民族的高級形態。學生們在鬥爭中主動相互聲援，一校發難，學界全體起為後盾。1905年。江蘇鬆江融齋師範學堂風潮中，外校學生紛紛投書該堂，“謂吾等各學堂之學生，聞君等起而與楊董為難，甚服諸君之勇敢。明日諸校皆停課一日，以讚成諸君辦理此事”《融齋師範學生散學情形詳記》，《時報》1905年。10月24日。。為了促進加強聯合，學生們有效地運用各種宣傳鼓動手段，揭露當局的分化陰謀，打擊動搖變節分子，維護團結。最為常見的方式是集會演說和散發傳單。前者在校內聯合階段已使用，如江西洪都中學兩名代表被革退後，其他同學“連日在堂演說，籌議抵製”《學界之淒風苦雨》，《民立報》1911年。5月26日。。1907年。京師大學堂學生反對提調借故開除同學，辱罵代表，“曆舉提調劣跡若幹條，大書於壁”，並在講堂大開會議，“到者將近三百人，座無可容”《大學堂私革學生之風潮》，《廣州總商會報》1907年。12月6日。。浙江法政學堂官班生不僅“開臨時大會，公籌抵製”監督斥革同學的命令，實行罷課，而且痛斥破壞團體，照舊上堂的少數敗類，使之“羞愧欲絕，無地自容”《法政官班生之風潮》，《盛京時報》1908年。10月10日。。在區域性聯合行動中，學生們更加主動地廣泛運用這兩種形式。1907年。南京彙文書院、1908年。安徽理化專修科、1910年。重慶體育學堂和1911年。湖南高等學堂等風潮中，學生均“遍發傳單，通告省垣各學堂”，有的“詳述始末”《重慶體育學堂之風潮》，《大公報》1910年。6月2日。“以評議其曲直”《記彙文書院全體散學事》，《大公報》1907年。7月2日。呼籲道義支持；有的“要約停課”《實業學堂因爭借銅元局為實習工場要約停課遍發傳單懇請追究詳文》，趙濱彥：《湘藩案牘鈔存》（台北，文海出版社。影印，1976年。）詳文二。“統籌對付之策”《皖省理化科因案罷學紀聞》，《盛京時報》1908年。5月23日。爭取行動響應。1907年。南昌學界代表百餘人集會聲援無辜被革的醫學堂學生，各校相繼同情罷課。有時更雙管齊下，大造聲勢。1911年。江西測繪學堂二班生退學後，“滿街布散通告書”。而全省學界“開聯合大會，為二班學生力爭恢複”《測繪學堂風潮記》，《民立報》1911年。5月20日。。同年。安慶一位學生被審判廳濫施重刑，“學界大憤，由高等學堂全體學生傳單各學堂，公舉代表會議”，相繼罷課抗議。《學堂與檢查廳衝突詳記》，《民立報》1911年。4月19日。由於聲勢浩大，引起社會各界的同情支持，地方當局不敢輕易訴諸高壓，鬥爭的獲勝率因而有所提高。