1900年。11月，杜亞泉在《亞泉雜誌·序》中批評甲午以來國論重政治輕“藝術”的偏向，認為“藝術者固握政治之樞紐矣”，“政治學中之所謂進步，皆借藝術以成之”。“設使吾國之士，皆熱心於政治之為，在下則疾聲狂呼，赤手無所展布，終老而成一不生產之人物。在朝則衝突競爭，至不可終日。果如是，亦毋寧降格以求，潛心實際，熟習技能，各服高等之職業，猶為不敗之基礎也。”《亞泉雜誌》第1期，1900年。11月29日。1902年。2月，他在潯溪公學開學式上發表演說，一方麵主張：“吾輩今日正宜摧陷廓清，盡去已敗之文明，而後可以輸新進之文明”，另一方麵又認為：“所謂新者，無非為腐者之改良，所謂腐者，又未始不可為新者之材料也。”“化腐朽為神奇，正今日以後可圖之功業。”引自高力克：《杜亞泉學術年。譜簡編》、謝俊美：《杜亞泉與〈普通學報〉》，均見許紀霖、田建業編：《一溪集》，三聯書店1999年。版，第236、249頁。
為了讓潯溪公學學生“韌性樸學，別樹一幟於政論風潮之外”，杜亞泉對於那些“高明偏宕之材，不能不以漸裁抑之”。然而，內憂外患的局勢和學界政治激進的普遍趨向，令他的苦心經營顯得不合時宜，難以收效，在外界激動之下，“一旦付之水泡”。此後他雖然並未撒手教育，也沒有不惜犧牲名譽，著書專攻擊若輩助長學生氣焰之議論的舉動，但在商務印書館尤其是主編《東方雜誌》時期，堅持折中調和，不肯偏於一端，的確實踐了諾言。所謂“固不免若輩唾罵，然數十年。後，必有思餘言者”，不僅成為事實，甚至在黃為基身上也得到印證。
鼓動風潮、不肯妥協的學生代表黃遠庸看似達到目的，但他從事件中獲得的不是勝利的喜悅，而是遺憾終身的教訓。蔡元培說：“學生黃君遠庸，為學潮主動者，其後得誌遊曆歐美，有書致其友，謂曩時年。少氣盛，不受師訓，杜師之言，皆內含至理，切中事情，當時負之，不勝追悔雲。”蔡元培：《杜亞泉傳》，高平叔編：《蔡元培全集》第7卷，第169頁。黃遠庸致友書今不見，1915年。11月10日，他在由杜亞泉主編的《東方雜誌》發表《懺悔錄》，對於當年。鼓動潯溪公學退學風潮深感懊悔：“以小故與學校尋鬧，全體罷學，以餘為代表，迄今思之，餘實此一大罪惡主動之人。罷學後，同學或赴海上而嬉，或即赴南洋公學投考。此時公學完全官辦，餘即投考之一人。昔日電賀他人之脫離專製，今乃自己脫去自由之校，而欲求入專製之校，且不可得，無主義，無理想，無節操，自餘少時蓋已然矣。”這也可以說是對杜亞泉本人公開道歉。
黃遠庸的懺悔不僅止於其親曆的學潮，他對辛亥時期的學界風潮整體乃至學潮對革命的影響也作出深刻的反省：“此時學生風氣，以罷學為一大功名，自南洋公學發起後，窮鄉僻壤，皆受影響，幾舉全國之學校而破壞之，蔓延及於海外，日本留學生之罷學者，年。必數起，最後以留學生取締風潮為歸宿。餘自南潯罷學後，深以此為大戒，故在東京，即以不肯服從取締風潮，幾被毆辱。……由今思之，革命者亦即罷學風潮之放大影片而已，綜自革命後種種政界現象，凡係革命派所主持者，無一不與取締風潮相似。革命之後，不從政治軌道為和平進行，乃一切以罷學式的革命之精神行之，至於一敗塗地，而受此後種種惡果。餘後此既悔其罷學，今日黨人，當亦自悔其革命。然餘自悔其罷學之後，過惡叢集，蓋以餘太無學力，隻有感情而無理性，故非極端走入激狂，即極端走入腐敗，穩健和平，以謀建設作人之基礎，乃非吾所能也。吾國民無此建設性，則國家已矣，吾個人無此建設性，則吾個人已矣。”黃遠庸：《懺悔錄》，《遠生遺著》卷1，第128—129頁。時間才過了一輪，杜亞泉當年。欲言又止的話，就被黃遠庸和盤托出。