農村金融體製改革是整個金融體製改革的一個重要組成部分。完善農村金融服務體係，對於加強農業的基礎地位，促進農村經濟發展，有十分重要的意義。1994年11月，組建了政策性的中國農業發展銀行。1996年8月，國務院發布了《關於農村金融體製改革的決定》。《決定》對農村金融體製的指導思想、改革農村信用合作社的管理體製、辦好國有商業銀行和建立農村合作銀行、增設中國農業發展銀行的分支機構和加強農產品收購資金管理、逐步建立各類農村保險機構、清理整頓農村合作基金會及農村金融體製改革的領導等做了規定。其中，農村信用社管理體製改革，是農村金融體製改革的重點。農村信用社改革的核心就是將其逐步改為由農民入股、由社員民主管理、主要為入股社員服務的合作性金融組織。改革的步驟是：農村信用社與中國農業銀行脫離行政隸屬關係，對其業務管理和金融監管分別由農村信用社縣聯社和中國人民銀行承擔，然後按合作製原則加以規範。為保證農村信用社與中國農業銀行脫離行政隸屬關係後在管理上的連續性，要首先充實加強縣聯社和中國人民銀行縣支行。
第四，農村稅費改革。
農村稅費改革是黨中央、國務院總攬經濟社會發展全局，審時度勢，作出的一項重大決策，具有重要而深遠的意義。2000年安徽全省進行農村稅費改革試點。2002年在總結安徽等地試點經驗的基礎上，按照“積極穩妥、量力而行、分步實施”的原則，進一步擴大改革試點範圍。擴大改革試點的範圍主要是農業大省和糧食主產省，約有20多個省份。試點地區農業人口達62億，約占全國農業人口3/4以上。農村稅費改革的主要內容是：取消城鄉統籌、農村教育集資等專門麵向農民征收的行政事業性收費和政府性基金、集資；取消屠宰稅；取消統一規定的勞動積累工和義務工；調整農業稅政策。通過稅費改革，農民負擔明顯減輕，初步遏製了農村亂收費、亂集資和各種攤派。另外，密切了幹群關係，加強了農村基層政權組織建設，維護了農村社會穩定。
4.農村改革的曆史新階段（2003至今）。
2003年3月15日，十屆全國人大一次會議選舉了新一屆國家領導人，胡錦濤同誌當選國家主席。同年，溫家寶同誌當選為國務院總理。新一代領導集體都非常重視農業，2004年、2005年和2006年連續三年的一號文件都是關於“三農”問題，迎來了中國農村改革的新篇章。
（1）糧食直接補貼政策。
2004年1月，針對近年來全國農民人均純收入連續增長緩慢的情況，中央下發《中共中央國務院關於促進農民增加收入若幹政策的意見》。這份“一號文件”的主旨非常突出，即促進農民增收，尤其是各項政策措施要更多地向糧食主產區和種糧農民傾斜。同年，國家從糧食風險基金中拿出100億元資金在全國範圍內推行對種糧農民的直接補貼。直補的現行方法有四種，即：按農業計稅麵積補貼，按計稅常產補貼，按糧食種植麵積補貼，同種糧農民出售的商品糧掛鉤，各省根據實際情況，采取合適的補貼方式。同時國家還把良種補貼的範圍從去年的大豆、小麥擴大到水稻、小麥、玉米和大豆，補貼規模由3億元擴大到10多億元，補貼地區由9省擴大到13個糧食主產省。為了實現農業機械化，國家還安排了4000萬元用於13個糧食主產省和陝西、新疆、重慶共16個省、市的66個產糧大縣的農民實施農機購置補貼。財政部、國家發展改革委、農業部、國家糧食局、中國農業發展銀行五部門2005年印發《關於進一步完善對種糧農民直接補貼政策的意見》。《意見》指出要進一步完善對種糧農民的直補機製，堅持糧食直補向產糧大縣、產糧大戶傾斜的原則。各省糧食直補的資金安排、籌措與撥付要保持糧食直補資金規模的相對穩定性，各省、自治區、直轄市人民政府安排的糧食直補資金不得低於2004年的直補資金額度。另外，對糧食直補資金的監管要對糧食直補資金實行專戶管理。糧食直補提高了農民種糧的積極性。糧食直補向廣大農民傳遞了“國家重視糧食生產”的政策信號。“直補效應”至少體現在三個方麵：一是糧食播種麵積增加，扭轉了近幾年糧食播種麵積下降的趨勢；二是農民對農田的投入力度加大，農民拿到補貼款後，可以及時給土地增加投資；三是農民收入大幅度增長，僅2004年和2005年糧食直補就直接增加農民收入166元，占兩年農民增收額的24%。