嗣後湖南一軍，或得克複城池，再立功績，無論何項褒榮，何項議敘，微臣概不敢受。伏求聖上俯鑒愚忱，使居憂之人，與在任者顯示區別，不得一例希榮。是即聖朝教孝之意，而皇上所以成全微臣者更大也。倘借皇上訓誨，辦理日有起色，江麵漸次廓清，即當據實奏明回籍，補行心喪，以達人子之至情，而明微臣之初誌。庶出而討賊，入而守禮，公私兩盡，名義無虧。
對曾國藩的這份“愚誠”，鹹豐帝拿出國家政令的大帽子給曾國藩扣上。朱批說：知道了！殊不必如此固執。汝能國爾忘家，鞠躬盡瘁，正可慰汝亡親之誌；盡孝之道，莫大於是。酬庸褒績，國家政令所在，斷不能因汝請稍有參差。汝之隱衷，朕知之，天下無不知也。
武昌古稱江夏、鄂州，因其獨特的戰略位置，自古以來為兵家必爭之地。太平天國既然定都金陵，據有長江下遊，勢必力爭武昌，曾國藩對清廷忽楚忽皖的旨諭另有自己的看法，認為太平軍據有金陵、安慶、九江、武昌等沿江重要城市，其下一步軍事行動有可能南下長沙，西攻荊州、襄陽。因此，要攻打太平天國，首先須從爭奪武昌下手，隻有奪取武昌，才能水陸順流東下，進攻九江、安慶，直抵金陵。所以，湘軍在攻陷嶽州等地後，曾國藩決定全軍北上，撲犯武昌。
真是冤家路窄。武昌是太平軍攻下的第一座省城，也是湘軍收複的第一個都會。金口距武昌僅六十裏，俯瞰武昌、漢口，東有淮山，西有大、小金山，兩岸山峰對峙，扼束江流，如同鎖匙，形勢天然生成。從湖南進攻武昌，金口是兩軍必爭的戰略據點，但太平軍將領石鳳魁卻沒有派水陸重兵扼守。金口失陷後，太平軍再派兵反攻金口，結果水陸師都告失利。曾國藩乘小船赴沌口，登山望遠，武昌、漢陽太平軍營壘曆曆在目。曾國藩到金口後，與水陸師將領製定進攻武昌的作戰計劃，羅澤南將前幾天根據實地考察繪好的地圖從袖中抽出，鋪在木桌上，說：“紫坊出武昌有二道：一洪山大路，一沿江出花園。兩路皆敵重兵所在。花園瀕江環城，尤為敵所注重。如花園攻克，武昌可不攻而下。因此，當以重兵剿花園，而以一部駐洪山，既取掎角之勢，又防敵四竄。”曾國藩大喜。當時羅澤南領兵三千，塔齊布領兵八吉。羅澤南的意思是讓塔齊布攻花園，行軍進止由周鳳山決定。周鳳山頗感為難。羅澤南於是奮臂而起，說：“我領的軍隊少，不足以當大敵，但如果無人任此，澤南自請當之。”曾國藩大為感動，當即又增加川勇、寶勇等三千人給羅澤南。於是決定先以水師沿江東下，掃清太平軍水師，然後以羅澤南等部陸師撲犯武昌外圍要隘花園；以塔齊布率軍從油坊嶺直撲洪山；以荊州將軍官文所部已革副都統魁玉、革職總兵楊昌泗等部清軍數千，進攻漢陽。 太平軍曆來以守險為主，再退而守城。因此，武昌太平軍的精銳部隊分布於城外沿江要隘，憑險築壘。花園外瀕長江，內枕青林湖，太平軍在此構築大營三座，挖掘戰壕，寬二丈，長約三裏，引江水直通青林湖。壕內建立木城，用土沙填，在中間開炮眼，安設大炮百餘尊，一部分炮口對準長江，以備湘軍水師，另一部分炮口向南，以備從陸師。木城之內，另建磚城內壕，層層設防，極為周密堅固。花園西岸的蝦蟆磯，築有太平軍營壘數座，防禦工事也極為堅固。太平軍水師船隻停泊於花園、蝦蟆磯一帶，與陸師相依護。
八月二十一日，曾國藩指揮湘軍水陸師從金口出發，旋將水師分為前後二隊，以道員李孟群、遊擊楊嶽斌等所統水師為前隊，從長江中流衝過鹽關，直到鸚鵡洲，繞到太平軍水師之後。太平軍水師以弱抗強，奮勇迎戰。湘軍水師分左右兩翼包抄而上，後隊戰船又排轟而下，太平軍水師腹背受敵，指揮官乘坐彩船奮勇迎戰。曾國藩見狀，懸賞奪取彩船者“賞錢百緡”。湘軍水師見錢忘命，冒死爭攻彩船，太平軍寡不敵眾，水師退回時，官兵棄船登陸潰散。楊嶽斌立即下令縱火焚燒太平軍水師船隻，以絕湘軍劫掠之望。頃刻之間，焰火升騰，江麵通紅。東岸花園守壘太平軍見西岸水師潰散，船隻被焚，大部分自相驚擾，相率潰逃。羅澤南督軍四千，乘機加強攻勢，一舉攻陷花園。而此時，西岸的魁玉、楊昌泗等部四千餘人與湘軍水師配合，也攻陷蝦蟆磯、鸚鵡洲太平軍營壘，並縱火焚燒。次日，曾國藩驅使湘軍水陸師繼續作戰，魁玉、楊昌泗等部清軍憑藉湘軍水師炮火的優勢，摧毀了漢陽太平軍在沿江所築的防禦設施。至此，武昌城外太平軍營壘全部喪失。在這緊急關頭，二十三日，太平軍守將棄城逃走，湘軍克複武昌。棄守武昌後，太平軍又在洪山受到塔齊布的阻擊，損失慘重。
武漢一役，太平軍損失戰船千餘號，水師遭到前所未有的重創。此時，曾國藩探知漢水中尚有太平軍水師戰船千餘號後，便派水師大、小船隻密布於漢口附近，以輕快舢板進入漢水，與楊昌泗等部陸軍協同作戰。兩天後，太平軍水師從蔡店連檣順流而下，遭到湘軍水師的火攻，因漢水河身較窄，太平軍水師船隻擁擠在一起，全部被焚。 本來，湘軍水師力量頗壯，但陸營力量平平。而湖北魁玉、楊昌泗部號為能戰，“蓋事機湊泊，無過乎此”。
太平軍自從金田起義以來，所向克捷。定都金陵後，西征軍占領了安慶、九江、武昌等重要戰略據點，將清軍扼於江北。從未能在長江沿岸與太平軍爭鋒，從未奪取一個據點要隘，曾國藩指揮湘軍不僅攻陷了湘潭、嶽州等重鎮，並且在武漢打敗了太平軍，並奪取了武昌、漢陽，的確為清政府扭轉敗局立下了大功。
但曆史又一次與曾國藩開了玩笑。最早向皇帝報捷的是湖廣總督楊霈。這位既不能戰也不能守的總督對於報功請賞倒頗為在行。他於德安聞捷後即單銜疾馳以聞。湘軍攻占武昌後的第七天，即1854年10月20日鹹豐就收到楊霈的奏報，由於楊霈報捷用了探聞湘軍攻占武昌之類的話，並非正式捷報，鹹豐皇帝尚不敢深信，上諭稱：“曾國藩等攻剿武漢情形尚未奏到，塔齊布陸路官兵，此時諒與曾國藩水陸合為一軍，著俟楊霈抵省後商榷挑選精兵，水陸進剿，朕日盼捷音之至也。”
武漢又經受一次空前的浩劫。太平軍撤退前在城內深宅大院埋設了火藥，上麵燃香。還有的地方埋設地雷。清軍進入後燒殺搶掠，幾十人在大宅搶奪時斃命。羅澤南是一員儒將，為早日攻下城，他竟然誘使湘軍生吃被俘太平軍戰士的血肉心肝，又過了六天，即10月26日，曾國藩與塔齊布會銜的報捷奏折才送到鹹豐皇帝案前。曾國藩在奏報太平軍將領在武昌城中的侈奢及清軍戰績後說：事機之順，處處湊泊。此則仗我皇上威福，天心篤佑，不特非臣等籌謀所能到，亦非臣等楚想所敢期也。”湘軍的勝利使處於失望之中的鹹豐皇帝受到鼓舞，看過捷報之後，立即任命曾國藩為署理湖北巡撫，並在奏折上批道：“覽奏感慰實深。獲此大勝，殊非意料所及。朕惟兢業自持，叩天速赦民劫也。”楊霈果然由署理湖廣總督改為實授，成了第一個贏家。鹹豐帝也一掃幾年的陰冷“天氣”，眉飛色舞地對一旁的軍機大臣說：“不意曾國藩一書生，乃能建此奇功。”一位軍機大臣進言說：“曾國藩以侍郎在籍，猶匹夫耳。匹夫居閭裏，一呼，蹶起從之者萬餘人，恐非國家福也。”鹹豐皇帝聽罷，“默然變色者久之”，但此時命曾國藩署理巡撫的諭旨已經發出，鹹豐帝頗覺後悔。恰在此時，禦史沈葆楨上一奏折，要求曾國藩乘勝東下，進攻長江中下遊的太平軍，以便一鼓作氣，將太平天國的都城天京攻克。鹹豐皇帝便有了充分而冠冕堂皇的理由，乘機收回成命，賞給曾國藩兵部侍郎銜，辦理軍務，令其率領水陸各軍乘勝東下，迅速進攻江西、安徽的太平軍。而湖北巡撫一職，則由曾在湖南與曾國藩屢次作對的江辦布政使陶恩培擔任，陶未到任前，由剛剛因曾國藩攻占武漢而從“署理”轉為“實授”的湖廣總督楊霈兼任。
最尷尬的還是曾國藩。剛收到令其署理湖北巡撫的諭旨時，曾國藩還推辭一番，十三日曾國藩上折辭之：
竊臣辦理戎務，過多功少，屢次陳奏在案。武漢克複，有提臣塔齊布之忠奮，有李孟群、羅澤南之謀略，有楊載福、蕭捷三等之勇鷙，故能將士用命，迅克堅城，微臣實無勞績。至於縱火多順風之時，西岸得荊兵之助，廿三剿洪山之賊，廿四燒裏河之船，事機之順，處處湊泊，則由我皇上憂勤所積，默挽天心，非臣籌謀所能及，尤天勞績之可言。荷溫諭之褒嘉，隻慚悚以無地。至奉命署理湖北巡撫，則於公事毫無所益，而於私心萬難自安，有不得不瀝陳於聖主之前者。水師前幫業於初七日啟行，沿途剿搜，已過黃州以下，臣率後幫亦擬即日起行，鄂垣繕後事宜，既不能一為兼顧，轉瞬出鄂入皖，湖北巡撫之關防，仍須委員齎回武昌，此所謂於公事毫無裨益者也。臣母喪未除，葬事未安，若遠就官職，則外得罪於名教，內見譏於宗族。微臣兩年練勇、造船之舉，似專為一己希榮徼功之地，亦將何以自立乎？上月謝折內，申明前奏，不敢仰邀議敘。
曾國藩以前幾次向清廷奏請，他是墨出山，故有功不與。他怕自己接受了巡撫一職，與前此所奏不符，也與他一貫標榜的孝道不相符合，因此這份上奏不能完全視作曾國藩的假意推辭。因為曾國藩反複聲明的是他的文人習氣：好名。他對鹹豐帝說：
臣更曆憂患，屢經敗挫；又常奉聖諭，以好名為誡，豈有漫不省察之理？顧自維累然素，遽綰符綬，大義虧損，何以臨民？康熙間奪情之案，李光地為彭鵬所劾，於養誌為陸隴其所劾，載我國史，懍然可畏，揆之大防，返之方寸，均覺悚惶無已。此所謂於私衷則萬難自安者也。臣與督臣楊霈熟商，恐出境在即，關防交替，徒費展轉，是以不敢接受，仍由督臣將關防收存，並籲懇皇上天恩，簡派賢員接任湖北巡撫，以重疆寄。俾臣得專力東征，感荷生成，實無既極。倘借聖主如天之福，此後剿辦得手，廓清江麵，不致隕越，則微臣供職之年尚富，受恩之日方長，斷不敢矯情要譽，上負聖慈諄諄之訓。
曾國藩飽讀詩書，對大清的典章掌故十分熟悉，他舉出李光地、於養誌的例證，說明他對接愛巡撫一職確實心有餘悸。因為人情可畏、人言可畏。以專力征討為己任的曾國藩怕在大節上有虧，那麼，他就不足以號召群徒，奔赴戰場了。但是，接下去的事情就有點啼笑皆非了。也說明鹹豐帝不是一個成熟的政治家。因為曾國藩的辭謝奏疏還沒有送到北京，鹹豐皇帝就改變了主意，並已收回成命。鹹豐皇帝還在曾國藩的奏折上批道：“朕料汝必辭。又念及整師東下，署撫空有其名，故已降旨令汝毋庸署理湖北巡撫，賞給兵部侍郎銜。”接著又訓責曾國藩說：“汝此奏雖不盡屬固執，然官銜竟不書署撫，好名之過尚小，違旨之罪甚大。著嚴行申飭。”曾國藩攻占武漢，遠遠觀望的荊州將軍官文和署理湖督楊霈皆得重賞，而他本人不僅未得到地方實權，還受到“嚴行申飭”，這不能不引起曾國藩的深思。他又上蒙恩寬免折片：
跪聆之下，惶悚難名。臣前因母服未闋，不敢附現任職官之列，是以未署新銜，不知自己已蹈違旨之罪。幸荷鴻慈指示，又蒙聖恩寬宥，僅加申飭，於提撕之中寓鑒諒之意，五中銜感，曷勝悚惶。
從此，曾國藩更進一步看透了清政府對他的猜忌心理，時懷警懼，處處謹慎，有時甚至感到悲觀和傷心。
清廷有功不賞，反而使曾國藩得了“違旨罪名”，曾國藩感到十分委曲。當天，他的癬病又發作，精神也不好，在致幾個弟弟的信中，說了一通“功名之地，自古難居”的道理，是自我安慰，也帶有安慰幾位弟弟的意圖：
兄以在籍之官，募勇造船，成此一番事業。其名震一時，自不待言。人之好名，誰不如我？我有美名，則人必有受不美之名與雖美而遠不能及之名者。相形之際。蓋難為情。兄惟謹慎謙虛，時時省惕而已。若仗聖主之威福，能速將江麵肅清，蕩平此賊，兄決意奏請回籍。事奉吾父，改葬吾母，久或三年，暫或一年，亦足稍慰區區之心，但未知聖意果能俯從否？
二個多月後，曾國藩終於抑製不住自己抑鬱的心情，致信家中諸弟，詳告近年辦理軍務之難：吾自服官及近年辦理軍務，中心常多鬱屈不平之端，每效母親大人指腹示兒女曰：
“此中蓄積多少閑氣，無處發泄。”其往年諸事不及盡知，今年二月在省城河下，凡我所帶之兵勇仆從人等，每次上城，必遭毒罵痛打，此四弟、季弟所親見者。謗怨沸騰、萬口嘲譏，此四弟、季弟所親聞者。自四月以後兩弟不在此，景況更有令人難堪者。吾惟忍辱包羞，屈心抑誌，以求軍事之萬有一濟。現雖屢獲大勝，而愈辦愈難，動輒招尤。倘賴聖主如天之福，殲滅此賊，吾實不願久居宦場，自取煩惱。四弟自去冬以來，亦屢遭求全之毀、蜚來之謗，幾於身無完膚。想宦途風味，亦深知之而深畏之矣。而溫弟、季弟來書，常以保舉一事疑我之有吝於四弟者，是亦不諒兄之苦衷也。
曾國藩的內心確實十分悲苦。特殊的時代造就了這樣一個“大忍者”，讀他的家書，不能不為他鬱屈的心情所不平。這一時期，他寫給家中的信大多談的是忍、是耐，是對名利的淡而遠之。但忍耐的背後是“神龜”的玉成。他還用造物主不輕易成就一個人的大名以及名與實相符才是真正的英雄來警戒自己，警示幾個弟弟，他說：
名者，造物所珍重愛惜，不輕以予人者。餘德薄能鮮，而享天下之大名，雖由高曾祖父累世積德所致，而自問總覺不稱，故不敢稍涉驕奢。家中自父親、叔父奉養宜隆外，凡諸弟及吾妻吾子吾侄吾諸女侄女輩，概願儉於自奉，不可倚勢驕人。古人謂無實而享大名者，必有奇禍。吾常常以此儆懼，故不能不說告賢弟，尤望賢弟時時教戒吾子吾侄也。
令曾國藩感到欣慰的是，他手中的湘軍已經羽毛漸豐，成為清廷不可忽視的力量，成為他成就功名的基礎。
六、言詞激烈，重劾崇綸
曾國藩自己經受了太多的不平與不公，他咬牙立誌，忍了。但是，他不允許是非顛倒、黑白混淆。曾國藩在湖北短暫停留時，做了一件讓朝野側目的事，就是上疏參劾崇倫，為他的老師吳文之死大叫冤屈。
曾國藩與他的老師吳文關係一向親近而又密切。他的《日記》中留下了二人交往的大量記錄。吳文出任江西巡撫時，曾國藩倚馬相送，並賦長詩以懷。其後，師生馳驅於兩湖，再其後老師駕鶴先飛，學生在塵間受磨礪。 九月二十一日，曾國藩舟次黃州，尋訪吳文堵城營壘，“於其殉難之處，為文以祭之，詞甚哀厲”。經廣泛谘訪，他上疏嚴厲參劾前湖北巡撫崇綸，且言詞激烈。
本來，清朝的設官體製即是互相防範，不但軍製上八旗與綠營如此，行政體製也如此。總督與巡撫是沿明朝舊製，但已失其旨趣。明朝自嘉靖以後，督撫定設不罷，但總督側重軍政，巡撫專重民事。且總督節製巡撫，在體製上有高下之分。清朝則不然，督、撫之間並無約製關係，共同對中央負責。而且，有的省分總督與巡撫同駐一城，這使牽製之中又生出許多矛盾來。而由此引起的禍端更是難以悉數。當時雲貴總督與雲南巡撫同駐雲南，閩浙總督與福建巡撫同駐福州，湖廣總督與湖北巡撫同駐武昌，兩廣總督與廣東巡撫同駐廣州。薛福成曾說：一城之中，主大政者二人，誌不齊，權不壹，其勢不得不出幹爭。若督撫二人皆不肖，則互相容陷以便圖私，仍難收牽製之益；如乾隆間伍拉納、浦霖之事可見。若一賢一不肖，則以小人治君子，力常有餘，以君子抗小人，勢常不足，雖然長久以後是非自明，賞罰不爽，而國計民生之受病已深；如康熙間噶禮、張伯行之事可見。又有君子小人共事，不免稍事瞻徇者，如乾隆間孫嘉淦、許容之事可見。若督撫皆賢，則本無所用其牽製，然或意見不同，性情不同，因而不能相安者，雖賢者不免。“迫令督師出省而隱掣其肘，軍械糧餉皆缺，文節由此死綏，武昌旋陷。”
吳文總督湖廣時，曾國藩欲練軍萬人，供江忠源馳驅之用，而以吳文為最可靠的後盾。但江戰死，吳死難，使曾國藩的算盤破壞。而當時他雖攻克武昌，卻受到皇帝的申飭，受到湖廣大官僚的排擠。這時，曾國藩忍無可忍，借吳文死難的事大發牢騷。這也是曾國藩後來反省自己當時“處處以為比別人聰明”的由來，曾國藩的這份奏疏：名為《縷陳鄂省前任督撫優劣折》，上於九月二十七日。 崇綸是滿洲正黃旗人，後任陝西鹽道等職，為人工於結納，在陝西多年，屬員無不與之相熟，上司亦喜其逢迎，“公事茫然不知，例案亦不能解，疊署兩司，又署糧道數次，任聽家人薛坤無弊不作，而倉儲不可問矣”。後曆任直隸永定河道、雲南按察使、廣東布政使等職。
鹹豐二年（1852年）升湖北巡撫。當時太平軍占領武漢，及至次年春天，太平軍棄武漢東下，崇綸才敢於入城就任。湖廣總督徐廣縉以不能防堵太平軍被罷官，清政府調湖南巡撫張亮基任湖廣總督。張亮基下車伊始，立即遭到崇綸的嚴詞參劾。鹹豐帝以督撫不知為由，將張亮基迅速調離，叫張去擔任山東巡撫之職，接著，又命吳文為湖文總督。
吳文於鹹豐三年九月十五日到鄂，卯刻接印，未刻即聞田家鎮兵敗之信。當時武昌全城逃徙一空，官弁倉皇無計，眾心渙散。吳文傳集僚屬，誓以死守。即日移居保安門城樓，隨身僅一仆一馬，無書吏幕賓，無親兵夫役，晝夜處理文卷、衣不解帶者兩月。因此人心稍定，潰兵稍集，太平軍退守下遊，不敢直接進攻省城。若堅守不懈，極可能轉危為安。乃崇綸因偶懷私怨，輒劾吳文安坐衙齋，閉城株守。