崇綸的參劾奏稱：“奴才屢勸督臣派兵攻剿，決意不從，督臣之意，專待湖南、兩廣並自造各船炮到齊，諸項完備，多集大兵，方敢出師。若以數千之旅，惟恐有失，萬不肯行。終日閉城坐守，一籌莫展。……兵勇各告奮勇，情願自去殺賊，亦不準往，不知是何居心？是何肺腑？”中國有“惡人先告狀”的俗語。崇綸作為巡撫本有城守之責，但為逃避失守城池罪責，幾次欲出城紮營。吳文對崇綸的用心也十分了解。因此他與曾國藩飛遞書信，往返函商，約定待廣東洋炮運抵長沙，湘軍水陸並進，屆時與吳文裏應外合，收截擊之效。可是，崇綸卻不管這些。置個人生死於大清城池之上。吳文離開武漢前往黃州前線督師後，崇綸出爾反爾，又以吳文擁兵自衛，武昌極形空虛入奏，鹹豐帝也亂了方寸，在崇綸的奏折上批道：“吳文出省，自擁多兵，置省城重地於不問，殊昧大局，不知輕重，是視自己性命有重於地方，著速行傳旨吳文將伊所帶之兵勇酌量撤回，以固根本。……朕豈為保一崇綸，實為鄂省之民命計也。” 至此，吳文的命運已是預料之中了。曾國藩說：吳文“以屢潰雜收之兵勇，新募未習之小劃，半月不給之餉項，倉皇赴敵。又居者與出者不知，事事掣肘，遂使堵城之役全軍潰敗，湖北府縣相繼淪陷，未始非崇綸參劾、傾陷有以致之也。尤可異者，當參劾之後，吳文毅然出征，崇綸複率僚屬力阻其行。我皇上曾嚴飭自相矛盾。迨堵城既敗，吳文殉難，闔省軍民人人皆知，而崇綸以不知下落入奏，不惟排擠於生前，更複中傷於死後，正月十九日，崇綸遣守備熊正喜至衡州一帶，催臣赴鄂救援，偽造吳文之谘文，借用布政司之印信，谘內但稱黃州賊勢猖獗，並不言堵城已敗，督臣已死。種種詐偽，故作疑似之詞，無非謂吳文未能殉難，誣人大節，始終妒害，誠不知其是何肺腸！” 吳文死後，青麟幫辦軍務。崇綸又與之百端齟齬。曾國藩遂以治家比喻治軍，帶有論性地說道：大抵治軍譬如治家，兄弟不和，則家必敗，將帥不和，則軍必敗。一人而怨詈眾兄弟者，必非令子；一人而排擠眾將帥者，必非良臣。上年張亮基欲以全力防田家鎮，崇綸既阻撓，而不合，繼又傾擠吳文，旋又忌害青麟，皆使銜恨於地下。平心而論，鄂省前後潰敗、決裂之由，不能不太息痛恨於崇綸也。 吳文死後，崇綸力求走避脫身，遂自請出師進攻，以免將來失守城池被判重罪，鹹豐帝知其用心，不予批準。崇綸恰巧碰上丁憂，以為可以脫身而去，不料鹹豐帝仍命崇綸留在湖北協防，僅在名義上命青麟代理湖北巡撫。崇綸絞盡腦汁，又以自己病重為由乞求皇帝將所任之職罷去。鹹豐帝終於大發雷霆，即將崇綸撤職。四年六月（1854年6月）太平軍攻克武昌城池前一日，崇綸逃奔陝西。曾國藩上奏說：崇綸身為封疆大臣，無論在官去官，死難是其本分，即不死亦不妨明言，何必倒填日月，諱其城破逃生之罪。劾人則雖死而猶誣之，處己則苟活而故諱之，豈非無恥之尤者哉！臣入湖北境內以來，目擊瘡痍，博訪輿論，莫不歸罪於崇綸。以年餘之成敗始末，關係東南大局，不敢不據實縷陳。其應如何聲罪嚴究，聖主自有一定之權衡，微臣不敢擬議。由於曾國藩的上奏是“博采公論”，因此，鹹豐帝詔斥崇綸“偷生避難，實屬辜恩昧良”，命陝西巡撫王慶雲派員押解來京，交刑部候旨訊辦。崇綸臨死不忘投機取巧，實為畏罪服毒自殺，卻以“病死”奏聞。
七、調和諸將，胡林翼撫鄂
曾國藩在臨終前一年，曾和心腹幕僚趙烈文討論成功之道，兩人共同的認識是湘軍將帥的團結，並推胡林翼為第一人。胡林翼最初官位比曾國藩要低得多，但他是湘係將帥中第一個掌握實權的人。曾國藩費盡心機甚至不惜向朝廷攤牌也得不到的巡撫之位，胡林翼卻很快就得到了。而且，憑他和官文的關係，憑他手下掌握的將帥、財餉等資源，如果不支持曾國藩，曾國藩決不會有後來的成功。所以曾國藩推胡林翼為第一是發自內心的。 尤為可貴的是，胡林翼早取得巡撫之權，但卻甘居曾國藩之後，事事推曾國藩為第一，不但多次上奏為曾國藩請命，而且還一再對曾國藩的謹慎風格提出忠告和批評，讓他不任封建不出山。
胡林翼於鹹豐五年出任湖北巡撫，而力薦他的是滿族貴族文慶。文慶姓費莫，是“滿州八大姓”之一，他是道光初年進士，後曆任尚書、軍機大臣、大學士等官職，在滿族貴族中享有較高的聲譽。他力言“欲辦天下大事，當重用漢人，彼皆從田間來，知民疾苦，熟諳情偽”，“平時建白，常密請破除滿漢藩籬，不拘資地以用人”，對曾國藩、胡林翼都很賞識。他與胡林翼分任江南鄉試正副主考官時，“就奇其才略”。鹹豐五年又力薦胡出任湖北巡撫，其後“湖北所請無不從者”，就是因為文慶在朝中全力支持。胡林翼任職湖北巡撫後，清廷感到不放心這個漢人，於是立即後任命官文為欽差大臣。湖廣總督官文為上三旗之一的正白旗人，鹹豐初年升為荊州將軍。”
官文一直生活在貴族，對軍事、吏治、民情很少接觸，說不上有什麼才幹。但生活上卻奢侈無度。他出省巡視，當地知府“每日奉百金製早晚二席，廚者麾之，謂是區區者，不足治酏飯一餐（酏即粥）”。官文為官還極為貪婪，同治朝，他自湖北罷總督任回京，“銀多不能悉載歸，乃連開九當鋪”。 官、胡兩人家世、經曆、才略、人品如此不同，又在非常時期，分任總督巡撫，同在一城，同辦一事，且所辦之事。多非平時之例行公事，因此勢必發生矛盾衝突。 官、胡剛上任時，一個在江北，一個在江南，關係開始緊張。先是署理湖北提督訥欽（旗員）打仗時“見賊先潰，惟恐不速”，但卻任其部下到處勒索，自己也違例坐索行裝銀萬兩，官文對此不加處治。胡林翼十分氣憤，於是單銜奏參。太平軍退出湖北省境後，胡林翼於鹹豐六年十二月三日，一日之內同上五折，除了吏治為巡撫職內事外，他還要求對官文統下之湖北兵勇大加裁汰，編練新軍。奏疏雖然“語多含蓄”，但卻明顯地揭了官文的短，侵越了總督的職權。
由於官文包庇手下人，對各地的起事不能隨時平息，反而欲演欲烈，這使胡林翼十分氣憤，說“楚中之禍不止”，“使屈子、賈生當此，正不知如何離憂，如何痛哭！”甚至說“楚事殆無可為，十萬兵亦終必敗，準備一死了之，“率其所部，一意東下，覓我死所！”左宗棠、曾國藩對胡林翼的處境深表憂慮。
鹹豐帝看了胡林翼奏折後雖然說：“剴切詳明，實為當今要務”，但對官文未加一句斥責之詞，反而說：“其武漢設水陸重兵，為扼守上遊控製長江之計，前已諭令官文等等辦，即著該撫會同辦理。”這實際是告戒胡林翼，有關軍政大事，要與官文一同辦理。但胡林翼卻我行我素，七年五月，又擅自奏請開複過去失職武員官位，鹹豐帝這次在批複中明確指出：“胡林翼現在雖在軍營，惟伊本營之將弁可由伊具奏，仍應會同總督。況官文有欽差大臣關防，軍務營伍，均該督專責；若委之巡撫，殊非朕倚任該督之意也。”
在這種形勢下，許多有識之士認識到官文隻能利用，不能去之。最早調解官、胡矛盾的當推魁聯。魁聯是內務府正白旗人，官聲甚好，得到曾國藩、江忠源等人好評。鹹豐五年升湖南按察使，被駱秉章、左宗棠奏參降為知府，不久由官文調至湖北，總理營務，魁聯到湖北後，發現了官、胡的矛盾，於是“反複解釋，用成大功”。後來閻敬銘也向胡陳言：“公欲去官公，保來者非官公耶？以一巡撫能去若幹總督，即曰能之，滿人不能與聞軍計，公又何以自保？”王家壁、王柏心等士紳也勸胡林翼克製，並說官文“心似無他，但耳軟耳，事多掣肘，未必盡出本心。誠能動物，而忍克濟事”。
在這種情況下，胡林翼終於懂得官文的地位不能動搖，於是對官文大施權術。 他先竭力與官文建立個人之間的親密關係。胡令其母認官文寵妾為義女，使兩家內眷親密往來；自己也不時拜謁官母；與官平時私函，略去官場禮儀，直呼之為“老兄”，“中堂老兄”。有的記載還說胡與官結拜為兄弟，在公事上，則“專從裏子切實講求，而不占人麵子”。即抓實權，堅持按己意埋頭處理軍政事務，而每遇可得美名，邀封賞，如“收城克敵”等事，則推首功於官文。在奏折信劄中極力稱譽官文“寬仁博大”，“仁厚公忠”，“能開誠心，布公道者，惟中堂一人”。對官文的貪婪習性不僅視而不問，而且還每月以鹽厘三千金，劃作督署公費。此錢實則進入官之私囊。（參考尤盛運《湘軍史稿》172—174頁）
胡林翼妥善處理好與滿洲權貴的關係，對鞏固兩湖形勢，進而支援湘軍出省作戰都具有舉足輕重的作用。更重要的是，胡林翼擅於調和諸將間的矛盾，而其見識又高，使形勢大為轉變。 彭玉麟與楊載福並為水師二員大將，但關係一直不和。一次，胡林翼寫信召兩人商談要事。楊嶽斌先至，與胡林翼談得正起勁兒，見彭玉麟走進來，楊嶽斌立即要往外走，胡林翼命其坐下。彭玉麟見楊在，也轉身往回走，胡上前將其拉住。同時令下人備酒三鬥，每人一鬥。酒過三巡，胡林翼聲淚俱下，說：“天下糜爛至此，實賴公等協力支持。公等今自生隙又何能佐治中興之業邪？”兩將大悟，遂和好如初。
以後，在胡林翼的請求下，曾國藩派羅澤南增援武漢。當羅澤南軍進抵武昌城外的紙坊胡林翼大營時，胡林翼大喜，凡事“谘而後行”，倚為幹城。羅澤南“亦稍稍分其眾隸公，俾部勒其士卒，由是盡傳楚軍（指湘軍）規製。”
對羅的心腹大將李續賓、李續宜兄弟，亦極盡籠絡之能事。胡林翼知道李氏兄弟家貧而頗講孝道，有老母在家無人照顧，便特地將李母接到自己署中，禮敬有加。過分的禮遇以致引起李氏兄弟的懷疑。有一次李寫信問曾國藩，胡對他們兄弟這樣好，是否出於權術？曾明知如此而不敢點破，隻好說若待別人，權術或有之，但對你們兄弟純出於真心，絕非權術。胡林翼依靠羅澤南一軍為骨幹，對湖北軍隊進行了全麵整頓，將原有綠營兵逐步裁汰，按照湘軍的榜樣重新建立起湖北的武裝力量，並不斷派人去湖南募勇，連年擴軍，一時成為長江上下軍力最強的省份。
八、“東南大局，似有轉機”
曾國藩出師之初，對當時的戰局十分憂慮，“東南大局，真堪痛哭”，“東南大局不堪設想”之類的話多次出現在他給清廷的奏折上。他給僚友的信函中，甚至還認為，版圖分割，裂疆而治都不可避免。曾國藩通過“赤地立軍”，在一年多的時間內，就練成了“別開生麵”的湘軍。打湘潭，取嶽州，使裂土分疆的危局驟然緩和，而且，使太平軍無力再圖湖南。 東南的關鍵在武昌。湘軍奪得武昌後，已據有長江中遊之險要，進可攻，退可守，有了立足的根本。“東南大局”從這裏開始轉機，按照曾國藩的意圖，清軍應以兩湖為根據地，據守長江中遊，積蓄辦量，再從武昌順流而下，先取先九江，次奪安慶，最後包圍金陵。但清廷急於求成，根本不采納曾國藩的“穩著”，而是下令曾國藩率師東下，“不可遷延觀望，坐失事機”。九月上旬。曾國藩率師向九江推進。太平天國失去武漢後，在九江以上嚴密布防，而田家鎮首當其衝。楊秀清將棄守武昌的石鳳魁、黃再興押解天京，斬首示眾。命燕王秦日綱守田家鎮，又派塗鎮興、候裕寬、韋俊等前往助守。
田家鎮處長江北岸，是東下九江的必經之地，太平軍以此為中心集結四萬餘人。與田家鎮隔江相望的半壁山，也是太平軍重點設防的要隘。兩岸江麵橫設鐵鎖二道，相距十數丈；鐵鎖之下排列小劃子數十條，小劃子上設有槍炮護衛；在北岸築有土城，安設許多炮位，用於狙擊湘軍水師。 由於“東下之師，關係大局轉楊”，鹹豐帝對楊霈、曾國藩、塔齊布等諭勉有加，囑其“成算在胸，能製賊不為賊製”。為統一事權，又命曾國藩節製湖北省軍隊。 九月中旬，湘軍分三路先後出動。長江北岸以綠營兵魁玉部為主力；南岸以湘軍羅澤南、塔齊布部為主力；湘軍水師沿長江而下，為中路。曾國藩的計劃是：南路部署很強，而半壁山太平軍相對田家鎮要弱，以強打弱，取得突破，這樣使對方全線崩潰。
十月初一，羅澤南率陸路數千人行抵馬嶺坳，距半壁山僅二、三裏。隻見該處孤峰峻峙，俯瞰大江。山上設大營一座，小營四座。營壘之外挖有寬三、四丈深的壕溝，溝內設炮台、木柵；溝外有木樁、竹簽。布置極為堅固。曾國藩決定先攻半壁山，後取田家鎮。但令人費解的是太平軍不據險固守，而是出營迎敵，與湘軍接戰，兩方膠著在一起，反複衝殺數十次。羅澤南惟恐湘勇一潰而不可收，親率敢死之士數十人，奮力堵殺，左衝右突。血戰三個時辰，李續賓大股人馬趕來救援，太平軍大敗，被追殺至江邊，死者無數，江水為之染紅。湘軍首戰得利，回營休整三天。十月初四日，羅澤南率眾強攻半壁山大營。斷橫江鐵鎖，太平軍秦日綱自田家鎮率軍增援。此時，半壁山上太平軍營壘，以及山左右兩岸太平軍共計約二萬餘，羅澤南、李續賓二部僅二千六百餘人。湘軍以寡不敵眾，怯退欲逃，李續賓陣斬三人，眾誌始定。羅澤南命諸將分為四隊，堅守陣地，待令而行。太平軍三進三退，不敢逼近湘軍。羅澤南遂下令進攻。由於半壁山前俯瞰長江，下臨絕地，太平軍一敗而無退路。湘勇挾初勝之餘威，愈益凶悍，奮勇衝殺，喊聲如雷，太平軍被追得無路可逃，從峭壁上摔下的幾達數千人。觸石掛樹，血肉狼藉。半壁山營壘盡落湘軍手中。隨即，南岸江麵被控製，羅澤南指揮精壯士卒百餘人，縋崖而下，將橫江鐵鎖六條，竹纜七條，全部砍斷。
太平軍被驅往北岸田家鎮，十二日，湘軍水陸大舉出擊。曾國藩鼓勵兵勇“殺賊立功”、“奪船致富”，升官發財心切的湘軍人人爭先，個個奮勇。當時正遇東南風大作，太平軍行船不利，擠作一團，互相撞擊，士兵紛紛落水。湘軍順風放火，呼聲震天，殺人無數。“至是，焚溺半死之賊，複混雜於沙際水濱，殘骸堆積，斷肢漂流，目不忍睹。”田家鎮一役，湘軍總計燒毀太平軍水師船四千餘艘，繳獲五百餘艘。彭玉麟擔心兵勇繳船太多，啟軍士爭心，且慮飽則思”，下令將所獲船隻一律燒毀。楊載福激戰一日，收兵時吐血一升。
兵家有“置之死地而後生”的計謀，也有“絕地而生”的兵法，太平軍憑借長江天險，營壘堅固，兵力雄厚。而且，其鐵鎖橫江的辦法與吳人迥然不同。吳人在兩岸鑿石，穿鎖江中，沒有東西在鐵鎖下支撐，因此斷其一端，全鎖皆沉。而太平軍的布防在每節鐵鎖下用船支撐，因此，一處有斷，別處安然。太平軍船隊出營壘，是其重大失誤，也是致敗的主要原因。連清軍方麵也認為，“澤南以少擊眾，殲溺不下萬餘，自湘潭、嶽州以來，是戰尤為奪捷”。再者，半壁山下乃絕壁，太平軍數千人並不是戰死，跌涯而亡者多，說明勝敗中士氣十分重要。半壁山大敗後，太平軍因為南岸鐵鎖已斷，故用大筏傍岸，固定鎖纜。但仍未能擋住湘軍水陸之師。 田家鎮是東進九江的咽喉，也是奪取金陵的第一道關隘。太平軍的西大門已被打開。此一役，焚毀太平軍戰船頗多，九江以上，已無太平軍水師。因而，曾國藩不無得意地說：“長江之險，我已據其上遊，金陵賊剿所需米石油煤等物，各路米已斷絕，逆船有減無增，東南大局，似有轉機。”
“東南大局，似有轉機”的根據就是，湘軍已占據長江中上遊之優勢，太平軍水師已失去對長江的控製力。 太平軍從湘潭到田家鎮的幾次失敗中，水師船隻被焚燒的共計約有萬餘號。太平軍船隻初次被焚“於湘潭，約二千艘；再焚於嶽州，約數百艘；再焚於城陵磯，約數百艘；再焚於漢陽小河，約四千艘；再焚於田家鎮，約三千艘；其焚……船之多，尤莫過漢陽、田家鎮兩次，浮屍蔽江，江水為沸。以上統計……被毀已不下萬艘”。
湘軍水師之所以多次打敗太平軍水營，除了大小船艦交互運用、水陸兩部合作戰以及士氣高昂等原因外，裝備是關鍵。湘軍水師的船式主要有3種，即快蟹、長龍和舢板，其最大的戰船大約為二、三百噸。船上的配炮，快蟹、長龍皆為7門，舢板則為4門，係廣東購自外洋的洋莊大炮。從船式到配炮數量，都不僅遠比鴉片戰爭時期的英國戰船落後得多，而且比當時中國自己仿造的帆船還要落後。盡管如此，湘軍水師畢竟與舊式的綠營水師不同。因為它在戰船上普遍地安裝了新式的洋莊大炮，所以它已經將近於早期的海軍，也可以說是走向近代海軍的一種過渡形式。更重要的是太平天國的水師戰船的落後。西征太平軍水營盛時，雖有船萬餘艘，人眾船多，但是有一個根本弱點是，“船隻大小不一，未經訓練，其實不能接仗”。曾國藩說：太平軍“水中屢次大敗，皆因民船太多，被我燒毀，頓失所恃，大眾奔潰”。
由於田家鎮、半壁山兩戰，曾國藩的湘軍水陸師均取得大勝，因此於十月十四日上奏清廷，請求“凡江南、揚州各營現在情形，及江單船現泊何處，飭令軍機處於諭旨交寄之便，隨時示知一二。”鹹豐帝隨即諭軍機大臣，“將近日兩處奏報及所奉諭旨擇要摘錄封寄”，說明曾國藩已經在鎮壓太平天國中起舉足輕重的作用。
同時，鹹豐再次重申“曾國藩節製諸軍，如有不遵調遣、貽誤事機者，即著專折參辦。”