與三河之役主要執行者是陳玉成不同，這次戰役的主要執行人是李秀成。李秀成先在蕪湖召集各路將領會議，部署一定，便以輕兵直襲杭州。其時杭州兵勇再加旗兵，總共也不到五千人。這就是上一卷所說的浙江巡撫羅遵殿求援的事。李秀成隻用了十天，便攻破了杭州城。等到證實江南大營援兵來到，李秀成便悄悄退出杭州。1860年的4月底，太平天國李秀成、陳玉成、李世賢、楊輔清、劉官芳五路大軍齊集天京城外。4月28日，分十路向江南大營發起進攻。經過七日六夜的激烈戰鬥，江南大營六、七萬驕兵被打垮，殘兵敗將逃到丹陽和鎮江，營內所存的白銀十萬餘兩和軍火糧草，全為太平軍所得。本來，江南大營被攻破時，死亡人數並不多，但這些驕兵庸將，一潰即不可收拾。隨後太平軍兵鋒直指常州、蘇州，江南大營副帥張國梁落水死，主帥和春自殺。
與江南大營潰滅的同時，是何桂清集團的垮台。何桂清是雲南昆明人，1854年任浙江巡撫，開始與太平天國作戰。1857年任兩江總督，駐常州。他仗著江南財富，供給江南大營，又得到軍機大臣彭蘊章的支持，不僅可以和在西麵與太平天國作戰的湘軍集團分庭抗禮，甚至處處占在上風。當江南大營敗報傳到北京時，彭蘊章還向鹹豐帝說，何桂清是能臣，張國梁驍勇，東南大局不會有大問題。可這何桂清偏偏不給支持他的彭蘊章爭氣，李秀成在丹陽再次擊潰清軍時，在常州的何桂清驚惶萬狀，立即便以到蘇州籌餉為名逃跑。當時常州清軍兵勇尚有二萬，常州士紳攔住去路，跪求何桂清守城勿走，何桂清竟命親兵開槍，再加以刀矛，結果紳士們十餘人死，百餘人傷，士兵又趁勢搶劫，其情形實在令人發指。何桂清逃至蘇州，江蘇巡撫徐有壬關閉城門，不讓這位膽小如鼠、喪心病狂的總督進城，何便逃至上海。徐有壬在太平軍進攻時自殺死。待到6月8日，鹹豐帝命將何桂清革職拿問。稍後，彭蘊章也被免去軍機大臣職。兩年後，已是慈禧太後和恭親王奕執政的時候，何桂清被處死。
江南大營既不複存在，清政府也無力將它重新建立起來，放眼東南半壁，再也找不出一支可以進攻金陵，消滅太平天國力量，甚至抗衡太平天國都已困難。這時候，除了湘軍外，鹹豐帝別無選擇。於是1860年的6月8日，也就是舊曆鹹豐十年的四月十九日，一道上諭從北京城中心的九重宮闕中傳了出來： 曾國藩著先行賞加兵部尚書銜，迅速馳往江蘇，署理兩江總督。
曾國藩自率湘軍出征以來，一直都盼望有個屬於自己的地盤，不再是那個不倫不類的“前兵部侍郎”。父喪家居時，他於鹹豐十一年十二月致信在前線帶兵的曾國荃說：“餘前在江西，所以鬱鬱不得意者：第一不能幹預民事，有剝民之權，無澤民之位，滿腹誠心無處施展；第二不能接見官員……第三不能聯絡紳士，凡紳士與我營款愜，則或因吃醋而獲咎。坐是數者，方寸鬱鬱，無以自伸。”再次出山後，雖然他的心態已經大幅調整，但沒有地盤，畢竟十分不便。他援浙援閩援川皆未成行，其根本的原因，是沒有地盤，寄人籬下，多有不便，同樣沒有地盤，還不如在湖北、安徽與胡林翼聯軍，事事能得到照顧。他在鹹豐九年十一月初七日的日記中寫道：“二更，閱《左傳》數篇。思身世之際甚多，抑鬱不適於懷者，一由偏淺，一由所處之極不得位也。”沒有地盤，最難的是軍費問題。養兵打仗是個極為費錢的事，自太平天國到南京以後，各省陸續實行了厘金製度，厘金的征收雖然影響商業流通，但是對清政府的財政可謂是一劑強心針，他提供補充了清軍的戰費。而厘金大多掌握在各省督撫手裏，曾國藩自興兵以來，幾乎是靠人施舍過日子，別人用到他的時候願意給，不用他的時候就不願給。打了勝仗還好，打了敗仗則從朝廷到地方一片嘲諷。現在，這塊地盤終於有了！
真是曆盡艱辛，方有立足地！
曾國藩得以署理兩江總督，協辦大學士肅順起了很大作用。
肅順，字雨亭，是清太祖努爾哈赤的侄子濟爾哈朗的後裔，因此也算是宗室。肅順精明、能幹，以敢於任事著稱。鹹豐帝不信任他的異母弟奕，專用肅順。這時候肅順是戶部尚書，沒有任軍機大臣，但鹹豐帝對他幾乎是言聽計從，尤其是彭蘊章出軍機以後，肅順的權力和對鹹豐帝的影響超過了軍機大臣，這也算是一個奇怪的現象。肅順主政，除了敢於任事外，還有兩個特點，一是治吏極嚴；一是敢於打破傳統的習慣，重用漢族大臣。肅順甚至說：“咱們旗人混蛋多，懂得什麼？漢人是得罪不得的……漢人有才學的，必羅而致之。”湘潭王運曾在他的家裏教書，有時在政治方麵也向他進言，郭嵩燾也與他來往頗多。平時與座客談論，常讚賞曾國藩和胡林翼。曾國藩的四大弟子之一薛福成後來把這叫做“肅順推服楚賢”。當鹹豐帝準備把何桂清免職的時候，他還是不想任用曾國藩，他寧願用曾國藩提拔起來的人，因此，最初兩江總督的人選是胡林翼。肅順建議說：“胡林翼在湖北措注盡善，未可挪動，不如用曾國藩督兩江，則上下遊俱得人矣。”這樣才有曾國藩署理兩江總督諭命。
曾國藩署理兩江，令湘軍集團的成員們非常高興。
胡林翼對曾國藩早就極為推重，他1859年給袁甲三的一封信中說，曾國藩“有諸葛之勳名，而無其位；有丙吉之大德，而無其報”。江南大營潰敗的消息傳來時，胡林翼表示：朝廷若能以江南事付曾公，天下不足平也。
左宗棠聽說江南大營潰敗，更說：天意豈有轉乎！有人問其故，左進一步解釋說：江南大營將蹇兵疲，不足成事，得此一洗蕩，而後來者可以措手。
當得知朝廷終於命曾國藩署江督後，胡林翼覺得“氣息為之一壯，耳目為之一明”，他寫信叫曾國藩放手大幹，對皖、贛、蘇三省事務“包攬所持”，讓劉蓉、左宗棠、李鴻章各獨當一麵，從杭州和淮、揚數路進兵，曾國藩自己則自皖南進軍，太平天國不難一鼓蕩平。
但是，曾國藩卻沒有那麼洋洋自得，因為他知道，自太平天國軍興以來，這兩江總督並不是個好幹的差使。1853年太平天國破金陵城時，總督陸建瀛被殺。之後暫署江督的楊文定被革職交刑部治罪。總算繼任的怡良做得安穩，1857年因病免職，算是得了個善終。繼怡良任的何桂清做了三年總督，最後鬧了個如此下場，雖說這是何桂清能力不夠、德行不備，但也說明在這特殊的年代，兩江總督不好當。
當曾國藩得知江南大營潰敗，無錫、蘇州失守的消息後，自度必受命援浙，援浙又不可帶走攻安慶之師，成功的可能性不大。他又看到江南大營敗兵一路焚掠，便囑咐曾國荃訓誡兵勇勿擾民：“兵猶火也，弗戢自焚，古人洵不餘欺。弟在軍中，望常以愛民誠懇之意、理學迂闊之語時與弁兵說及，庶勝可以立功，敗亦不至造孽。當此大亂之世，吾輩立身行間，最易造孽，亦最易積德。吾自（鹹豐）三年初招勇時，即以愛民為第一義。曆年以來，縱未必得到。而寸心總不敢忘愛民兩個字，尤悔頗寡。家事承沅弟料理，綽有餘裕，此時若死，除文章未成之外，實已毫發無憾。”他又在家信中叮囑曾國潢：“家中之事，望賢弟力為主持，且不可日趨於奢華。子弟不可學大家口吻，動輒笑人之鄙陋，笑人之寒村，日習於驕縱而不自知。”又叮囑兒子曾紀澤：“江浙賊勢大亂，江西不久亦當霞動，兩湖亦難安枕。餘寸心坦坦蕩蕩，毫無疑怖。爾稟告爾母，盡可放心。人誰無死，隻求臨終心無愧悔耳。家中暫不必添起雜屋，總以安靜不動為妙。”從這些信的字裏行間可以看出，曾國藩甚至做了一旦兵敗則身死的心理準備。
當得知署理兩江部督的任命時，曾國藩也並沒有顯得特別的高興。他給兩個帶兵的弟弟曾國荃和曾貞幹寫信說：“本日得信，餘以尚書銜署兩江總督。餘之菲才，加以衰老，何堪此重任。”給曾國潢的信也說：“餘以二十八日奉署理兩江總督之命。以精力極疲之際，肩艱大難勝之任，深恐竭蹶，貽笑大方，然時事如此，惟有勉力做去，成敗祝福不敢計也。”稍後，當他實授兩江總督後，他的兩個帶兵的老弟曾國荃和曾貞幹寫信祝賀他，他回信說：“兄膺此巨任，深以為懼。若如陸、何二公之前轍，則貽我父母羞辱，即兄弟子侄亦將為人所侮。禍福倚伏之幾，竟不知何者為可喜也。默觀近日之吏治、人心及各省之督撫將帥，天下似無勘定之理。吾惟以一勤字報君，以愛民二字報吾親。”
得任兩江總督，曾國藩雖然總算舒了一口氣，但可以說是亦喜亦憂，他不是以興高采烈的心情上任的，而是抱著如臨深淵、如履薄冰的態度來做這個官的。