（1） 製度設計問題。缺乏統一、規範的學術製度設計，各學術單位各自為政，互相攀比論文發表數量與層次，不重視學術質量，直接影響到學術期刊的生態環境。要求研究生在相關期刊上發表一定數量的論文就是一個例證。應該說，研究生階段是大量學習，積累知識，掌握學習和研究方法，打基礎的黃金時期，而不是發表論文的主要時間，這段時間主要是學習和開展一些必要的調研。讓其在一定層次的刊物上發表數篇論文，不但影響學業，而且對中國學術發展不利。
（2） 製度執行問題。許多製度與實際有一點的差距，有些地方也有一些好的關於學術規範的製度，但這些較好的製度得不到很好的落實，往往執行不力，或者在執行過程中走了樣。
（3） 考核管理問題。許多地方和單位硬性的、追逐發表論文數量的、脫離實際的考核管理辦法和要求，是造成低水平重複文章在編輯部大量充斥的主要原因。就《甘肅社會科學》 編輯部來說，2002年的來稿量為3200篇，2004年為5300篇，2006年為14600篇，2007年達到20000篇。這些稿件中，碩士研究生的稿件48%，博士研究生的稿件占31%，在職研究人員和教師等的稿件占21%。低水平的文章數量大，存在的問題比較多，如選題雷同，內容重複，分析一般，缺乏學術性、思想性，新意少，語言文字欠佳等等。
3． 隨之而來的問題
（1） 學術失範、學術研究的浮躁和急功近利。與以往相比，雖然現在的研究成果突出，精品不少，但學術失範問題也比較多，究其原因，主要是浮躁，急功近利，完成上級或管理部門的任務。這樣完全失去了學術研究應有的尊嚴和水準，直接影響了綜合類學術期刊的生態環境。
（2） 各個方麵的關係稿蜂擁而至，供大於求。各學術期刊可能都有這樣的體會，現在的稿件多得用不完，甚至打亂了期刊社原來規定的一些製度和程序，如原來規定的3個月的審稿周期，現在確實完不成。即便這樣，作者的意見和怨言不少。
（3） 低水平重複發表，學術泡沫湧現。這是追逐名利、學術失範、期刊滑坡，論文質量低下的必然反映。
（4） 收取版麵費。發表學術論文收取版麵費也是改革以後逐漸出現的事物，學術界對此多有批評，應該說，發表學術論文不能收取版麵費。但久而久之，許多刊物互相仿效收取論文版麵費。退一步說，收取版麵費是稿件增加，尤其劣質的稿件增多的一種反應現象。一是可以抵製一些低劣稿件；二是補充辦刊經費不足；三是許多課題多有這方麵的支出項目，加之期刊社確實付出了大量的勞動，有所回報似在情理之中；四是許多單位對發表論文的作者有一定的資助和獎勵。以上說法是否正確，有待進一步探討。
4． 期刊本身的問題
種類繁多的綜合類社科學術期刊，由於各期刊辦刊的主、客觀因素製約，期刊的水平也不盡相同，使得少數名刊基本上越辦越好，大多數一般性刊物出現萎縮現象，甚至連一篇像樣的稿子都約不到。製約大多數一般性社科期刊發展的原因有：自身定位不準，缺乏好的辦刊理念，學術底蘊不厚，編輯素養欠佳，辦刊經費缺少，領導重視不夠，放鬆審稿質量，還有製度設計問題，如大多作者要求在核心期刊發表文章，以致一般刊物的作者沒有投稿意向等，使得這些本已發展困難的社科學術期刊難以拓展生存和發展的空間。
正因如此，近幾年來，對社科學術期刊的批評較多，大多數批評者直接針對期刊編輯部和辦刊人而來，這些批評應該不無道理。因為辦刊人是一個期刊的具體執行者和把關者，期刊的最終出版和發行要經過辦刊人之手，所以這種批評是合情的。盡管辦刊人在追求學術期刊使命和優化學術期刊環境中盡了許多努力，但這種顯性問題還是不能得到真正解決。為什麼？這裏還存在一個很關鍵的問題，即隱性問題，這個隱性問題就是製度問題。這個製度主要來自期刊以外的、較大範圍的、較為宏觀的管理層麵，比如高等院校的學術與科研考評製度，各類課題結項製度，博、碩研究生畢業製度等等。這些製度是嚴格的，願望是良好的，但是否與現實有差距，是否切實可行，是否能夠真正實現，是否對我國的學術發展有好的作用，應該說，製度的設計者對於這些問題可能考慮得較少，或者不夠充分，以至引發出了學術期刊自身的許多問題。從這個角度來說，直接針對學術期刊的有關批評，又是不盡合理的。