（4）逐步完善和健全西北民族地區生態安全與水資源保護的監督管理製度。在很長的一段曆史時期內，該區域水生態環境的各監管執法機關之間職權交叉，缺乏協調。按生態要素，諸如作為該區域水生態環境組成部分的河流、草原、濕地、湖泊等要素劃分監管執法機關的方法造成目前“多龍之治”的混亂局麵。這種狀況對該區域水生態環境的保護與管理造成了很大的麻煩。針對這種狀況，國務院在1998年進行機構改革時對有關部門的職能劃分進行了重新調整，總體按照“主管部門統一管理，各要素主管部門分工協作”的思路進行。針對水生態環境而言，調整後的管理體製是：國家林業局負責組織、協調全國濕地環境保護和有關國際公約的履約工作；農業部負責指導宜農灘塗、宜農濕地的開發利用工作以及海洋漁業資源管理；水利部負責統一管理水資源；國土資源部負責組織編製和實施國土規劃、土地利用總體規劃以及海洋資源行政管理；國家環境保護總局負責監督檢查濕地環境保護工作。此外，濕地保護與合理利用還與發展計劃、教育、科技、建設、交通等部門有密切聯係。國家林業局雖然肩負組織、協調濕地保護與合理利用工作的重任，林業部門有關濕地保護與開發的各種設想和建議必須在有關部門的大力配合下才能得以實現。這種設置大大減少了各要素主管部門隻從自身利益出發進行單一之治。另外，西北地區的重要河流都設有專門的流域管理委員會對流域內的水事項進行管理，雖然也造成流域管理委員會與水生態環境統管部門和要素主管機關的職能交叉，但相對於單一的部門個別管理而言，無疑對該區域水生態環境的保護以及水生態安全的維護起著舉足輕重的作用。
（5）注重先進科學技術在西北民族地區生態安全與水資源保護中的運用。現代自然科學研究為生態係統的保護奠定了堅實的技術、理論基礎，也為生態係統的管理製度提供了切實的方法論指導。正如著名環境法學教授NicholasA.Robinson所說：“不管闡述一個湖泊水體富營養化過程狀況的是政府間氣候變化專門委員會還是當地水文學家，法律措施都必須建立在對湖泊周圍環境狀況進行最科學勘測的基礎上。”實踐也證明了這一點，新中國成立初期，國家為了發展經濟，不惜一切代價開發、利用自然資源，這種“產權”式的管理方式忽視了自然資源的生態價值，最終造成了極其嚴重的生態破壞。而清潔生產、功能區劃等建立在科學研究基礎之上的現代生態係統管理製度則實現了經濟、社會與環境的和諧統一。因此，隻有建立在科學研究基礎上的生態係統管理製度才是最為合理、有效的管理製度。同樣地，相較於前一曆史階段，在這一時期對西北民族地區生態安全與水資源保護工作中，越來越廣泛地運用一些先進科學技術和手段。在水環境監測方麵，我國在西北民族地區開展了青海湖水質、水文監測工作，三江源區域水環境監測工作，並組織完成了《黃河水係水質監測站網和監測工作規劃》等製度性文件。這些監測工作都以遙感技術、物理化學技術等為基礎，所得出的監測結論對我國實施該區域下一步環境政策、製定該區域水生態環境保護法律法規、因地製宜地解決該區域水生態環境問題奠定了堅實的基礎。注重科學技術在西北民族地區生態安全與水資源保護中的運用還是今後工作的重要方麵，因此，相關的科學研究仍然需要針對該區域水生態安全而進行。目前在科研方麵，國家相關科研機構已經開展了水質監測技術方法、區域水汙染防治對策、汙染物背景值、黃河水生生物等研究工作，取得了豐碩的科研成果，為將來該區域水生態環境的保護提供了重要的依據。
（6）水土保持工程等具體措施被逐漸地運用到西北民族地區生態安全與水資源保護工作中，如水土保持，退耕還草還林工程等。
自黃河中遊水土保持委員會第一次會議於1981年11月1日至6日在西安召開以來，西北民族地區水土保持工作進入了正式實施階段。西北民族地區水土保持工作以黃河中遊水土保持委員會各次會議精神為指導，按照“治理與預防並重，除害與興利結合；工程措施與植物措施並重，喬灌草結合，草灌先行；坡溝兼治，因地製宜；以小流域為單元，統一規劃，分期實施，綜合治理，集中治理，連續治理”的基本要求開展了卓有成效的工作。至1998年第五次會議在蘭州召開時，西北民族地區水土保持工作已經取得了顯著的成績。
在退耕還草還林工程的實施方麵，西北民族地區也取得了明顯的成效。1999年10月3日國務院總理朱鎔基在中央民族工作會議上指出：“切實抓好天然林保護工程與生態環境建設，這是中央從我國現代化建設全局和實施可持續發展戰略出發作出的一項重大戰略決策，也是實施西部大開發，加快民族地區發展的重大步驟。一定要全麵規劃，綜合治理，標本兼治。長江、黃河上中遊治理水土流失和實施天然林保護工程，要采取’退耕還林（草）、封山綠化、以糧代賑、個人承包‘的措施，恢複林草植被。半農半牧地區要以水定耕，沒有水源保證的必須退耕還草。禁止天然林砍伐、退耕還林還草之後，中央和省級財政對有關地區與群眾要給予應有的補償或補助。現在糧食總量供過於求，是以糧食換森林、換草地的極好時機。一定要抓住而不能錯過這個曆史機遇。有關部門和地區一定要下更大的決心，抓緊製定和實行有效的政策措施，持之以恒地把實施天然林保護工程這項工作抓緊、抓實、抓好。”此次會議為西北民族地區全麵實施退耕還草還林工程指明了方向。經過這一時期耕還草還林工程的實施，西北民族地區的生態環境得到了極大的改善，有力地維係著該區域生態安全和水資源的長期可持續利用。