為此，必須做好水權市場的組織體係建設，具體包括以下三個方麵：一是設立流域水資源管理委員會。按流域設立水資源管理委員會，代表國家行使水資源管理和水權出讓的有關職能。該委員會的主要職責是作為一個流域內的最高水權分配機構，負責製定整個流域的水權分配方案並采取一定方式將水權分配或出讓給各個供水經營單位；水權分配完成後，負責製定各水權交易主體進行水權交易的規則，負責改善流域公共基礎設施的投資，提供有關水資源信息，組織各供水公司之間的水權轉讓和交易，並負責監督交易的執行。二是成立供水公司。根據水權市場的構建要求，供水公司應是企業法人單位。結合我國實際情況，可由各省的水管單位改組成立供水公司。供水公司應是國家獨資或國家投資占主體的有限責任公司，是具有企業獨立法人資格的經濟組織，其主要職責是作為賣方，參與水權市場的交易，並根據有關的用水合同和協議，按時按量向用水產提供用水，經營供水業務。三是建立用水戶協會。用水戶協會是用水戶自願組成、民主選舉產生的管水用水的組織，屬於民間社會團體性質。它可由用水產按行業、部門等組成，具有法人資格，實行自我管理，獨立核算，經濟自立，是一個非盈利性經濟組織。其主要職責是代表各用水戶的意願製定用水計劃和灌溉製度，負責與供水公司簽訂合同和協議；負責本協會內水權分配方案的初始界定；水權分配完成後，負責製定各用水戶進行水權交易的規則，提供有關水資源信息，組織用水戶之間水權轉讓的談判和交易，並監督交易的執行。
（2）交易客體。水權客體應包括基本生活用水、生態環境用水和經濟用水三種。其中，基本生活用水必須由政府無條件滿足，不能通過市場解決，每個地區按人口計算的水資源基本需求在水資源配置中必須優先滿足。生態環境用水是維持生態係統和水環境所必需的水量，是一種非排他性的公共物品，難以進入水權市場，也應當由國家保證。隻有經濟用水，具有競爭性、排他性、收益性等私人物品的特征，可以通過水權市場進行轉讓和交易，值得一提的是，進行水權交易時，應適當考慮本地區因經濟發展而可能產生的對水資源的新的需求，堅持留有餘地的原則。
（3）交易方式。初始水權界定之後，隻要政府允許水權轉讓而不進行製度上的禁止和限製，水權交易就會在市場需求和市場供給兩種力量的作用下孕育和發生———缺水者買入、富水者賣出。國家作為國有水資源的終極所有者，將一定數量的水權（水資源使用權）出讓給用水戶：用水戶將根據經濟效益最大化原則（或者說根據機會成本）做出用水決策。自留自用或將水權再次轉讓給他人。在這樣一種運作方式與交易製度下，通過國家（政府）對水權出讓總量的控製，可以促進節水目標的實現；通過用水戶之間的水權轉讓，可以促進水資源在各用水戶（各地區、各部門、各單位）之間的優化配置。
在實踐中，黑河梨園河灌區積極引入市場機製，建立水權交易機製，從實施後的效果評估來看，有比較好的作用。在根據規定定額取得初始水權後，農業用水戶就可以依靠市場來調劑餘缺。其主要辦法是在農業灌溉供水管理上實行水票製。根據配水計劃，用水戶以小組為單位購買水票，灌區管理人員以水票作為依據供水，水票可以通過交易流通。農民用水者協會、灌區各水管站、梨園河水利管理處等各級水市場監管主體針對不同量級享有不同的交易管轄權。農民用水者協會管轄本協會範圍內1000立方米以下的水量交易，灌區各水管站管轄本鄉鎮範圍內10000立方米以下的水量交易，梨園河水利管理處管轄區內100000立方米以下的水量交易，100000立方米以上的水量交易由縣及以上水行政主管部門負責調控和實施。
（4）交易價格。由於水權交易造成了原有用水戶的用水權利和潛在用水收益的損失，為補償原用水戶的損失而形成了水權交易價格。在具體的水權交易製度中，水權交易價格是非常重要的因素。水權交易製度成功與否，很大程度上取決於合理的交易價格製度的製定。西北民族地區有些地區在水權交易中堅持價格基準原則、市場調節原則、初始水權零價格原則、季節性調整原則、累進懲罰與節水補償相結合原則，如黑河梨園河灌區根據這些原則實行市場調節價和宏觀指導價相結合的製度，水權交易價格原則由市場來決定，買賣雙方協商，但考慮到水商品的公共性，水行政、物價管理部門實行宏觀調控，水權交易價格不能超過原基本水價的3倍。