一是掛鉤物資和訂購資金量少額小，農民得不償失。據全國著名的商品糧基地湖北荊門市調查，1987年全市畝均預購定金7.3元，掛鉤化肥（尿素）僅6.1公斤，這還未考慮複種指數。這個指標在全國還算是較高的，有些地方畝均化肥隻有1公斤多，農民所得甚少。另外，在實施“三掛鉤”的同時，國家開辟“第二定購”一下達“議轉平”計劃，又加重了農民的負擔。1987年，荊門市合同定購小麥6250萬公斤、稻穀17214萬公斤，每公斤價格分別比市場議價低0.118元、0*1982元，使農民減收4149萬元；全市“議轉平”小麥2850萬公斤、稻穀4500萬公斤，價格分別比市議價低0.07元、0.11元，農民減收695萬元。合同定購和“議轉平”共使農民減收4844萬元。而通過“三掛鉤”全市得到平價尿素9150噸，平價柴油5490噸,農民減少支出533萬元；發放預購定金1098萬元，國家貼息43,5萬元。農民共得576.5萬元。得失相抵，農民損失4267萬元。這是向國家作的貢獻，這個貢獻幾乎是農業稅的4倍。由此看來，“三掛鉤”作用於定購、“議轉平”，無異於杯水車薪，影響甚微。
二是掛鉤辦法繁瑣，誤工費時，掛鉤計劃層層下達，層層都需要進行產、供、銷的協調和利益分配，物資供應往往不及時，山於兩種價格的存在，生產和經營企業對議價更感興趣，導致計劃內“二掛鉤”任務完不成。掛鉤指標經過省、地(市）、縣分配到鄉鎮一般都還要印製票證，再根據田畝、人口、產量等因素&劃到村，村裏還要測算一次才能分到村民小組，再由小組分給#戶，這樣幾經周轉，票證才能分到農民手裏，有時農時已過。農民每次所得票證麵值小，一般是10公斤、20公斤，等湊夠供應部門一個包裝的票證，常常票期已過，票證成為廢紙（實際上並未廢，由供應部門得“肥”，這就難免不故意拖延時間讓票作廢）。預購定僉發放的情況則有過而無不及，正如農民所說：鄉裏有一個機構，就有一隻掏錢的手。水利部門要扣水費、電力部門要扣電費，還要什麼種子款、植保費、包醫費、保險費，教育附加、特產稅、沉澱貸款、國庫卷、有獎儲蓄,名目繁多，五花八門。通過這種“轉帳結算”，農民時常不見分文，蓋個章子就算領了預購定金了。
三是形成“第二貨幣”，增加了走後門和投機倒把等不正之風。隻要有兩種價格存在，計劃票證就會起著“流通手段”的作用，具有特殊的購買力，這就難怪它成為人們孜孜以求的東西。克扣計劃，倒賣票證，囤積居奇，炒買炒賣幾乎與“三掛鉤”同步產生。
由於“三掛鉤”政策的實際效果低於預期效果，加上近幾年農業生產資料大幅度漲價，糧食生產的比較收益率明顯下降，以至全國上下要求再次提高收購價的呼聲越來越高，這就導致糧食購銷倒掛差距進一步加大，糧食補貼大幅度上升。
五、今後糧油財政補貼改革的對策
糧油財政補貼改革的核心任務是製定合理的價格政策。要使財政補貼同糧油購銷改革實現同步，合理的價格政策是其根本的保證。由於糧油問題關係千家萬戶，在對其價格政策進行改革時必須慎重行事。改革首先要從宏觀經濟如發，要立足於較長的利益，要對整個國民經濟各方麵的利弊得失全麵衡量。在這裏，我們僅就當前糧油財政補貼中的利弊得失之現狀，提幾點建議性的改革對策。
(一)嚴格控製糧食統銷範圍，實現平價糧購銷平衡
目前，糧食統銷存在包得太多，數量失控的問題。今後，除了城鎮居民口糧及軍糧繼續平價供應外，其它項目的用糧應全部納入議購議銷渠道，國家不再補貼，以此解決財政補貼資金過於流散的問題。對於平價供應外的議購議銷糧，可采取多種經濟成分，多渠道，多形式的市場調節。國家則通過指導性計劃，對宂進行宏觀控製。
(二）改革補貼辦法，實行定額補貼
今後可考慮實行定額補貼，減虧分成。即對購銷差價、平價經營、提價收購，為國家和代隊儲備糧費用等糧油經營，核定虧損補貼定額，超虧不補，減虧分成，以此調動糧油經營企業加強經營管理的積極性和責任心，減少國家財政補貼支出。另外，對糧油加價款補貼由補在收購環節改為銷售環節。即根據糧油計劃銷售量計算加價款補貼。吃糧省市自行擴大銷售，由當地財政負責，以此分清中央和地方責任，加強地方自身管理，堵塞加價款管理方麵的漏洞。
(三）改革城市居民口糧供應辦法，堵塞糧食供應管理的漏洞
隨城鎮居民副食品消費水平的不斷提高，食物結構中統銷成品糧（米、麵）的消費比重下降，居民手中餘糧很多，隨集貿市場的放開，大批城鎮居民手中的多餘糧食成為“有價證券”進入集貿市場進行商品交換，使一批農村人口吃城鎮定量的“餘差”。據北京市有關部門估計，每年北京有近2億斤糧票成為“有價證券”。這種農村人口吃城鎮人口定量“餘差”、吃城鎮平價糧補貼的狀況已成為客觀存在，單純憑借加強市場管理是無濟於事的。今後可以考慮在城鎮糧食集貿市場開放和議價糧食充分供應的前提下，將城鎮居民糧食供應量削減10?15，並同時適當給予一定補貼，據測算，北京市若采取這種辦法將可使統銷糧銷售量減少5億斤左右，財政純支出減少5000萬元。削減定量不僅可以減輕國家負擔，而且自動取締“糧票市場”，同時，還有利於擴大議價購銷，增加糧食企業盈利機會。