明淆地方政府是行政和司法合一，地方官既是行政長官，又是司法長官。他們所幹的事主要有兩件：一是審理刑事、民事案件；一是征收錢糧，上交藩庫。清代有人說，州縣衙門裏總是響著“三聲”一―板子聲、算盤聲、戥子聲。說的就是地方官府所處理的事主要是辦案和征收錢糧這兩類。這兩類事中，又以辦案最為重要。清代有一種說法，叫“親民首在理訟”，即是說辦案是親民之官（州縣官）的首要大事。案子辦的好壞，是朝廷衡量地方官是否稱職的重要標誌。所以，地方官無不重視案件的審理。
但是，由於辦案需要熟知法律知識，精通司法業務，而清代地方官多是科舉出身的“讀書不讀律”的士人，對司法一套所知很少（蔭襲、捐納得官者更甚），難以獨立承擔司法審判，所以必須仰仗精通司法業務的師爺來協助辦理。清人陸向榮《瘦石山房筆記》雲近曰官途多依靠幕友，而於讀律亳不講解。說的就是這種情況。即使官員懂得一些律文，但卻無法掌握繁瑣複雜的例，而師爺則是專家。協助主官辦理司法事務的師爺，主要是刑名師爺，但錢穀師爺也參與某些涉及錢穀之事的案件的審理。所以刑、錢師爺都是主官的司法幕僚。對於刑名、錢穀師爺特別是刑名師爺來說，“佐治”的最重要的內容就是幫助主官辦案。從國家製度上說，司法的權力是屬於國家命官的，但實際上這種權力卻是通過刑名、錢穀師爺來實施的，是刑名、錢穀師爺代表或代替地方官來行使的。師爺辦案時雖然用的是主官的名義，但起實際作用的，卻是師爺自己。坐堂聽訟問案雖然是主官出麵，但幕後操縱者卻是師爺。從某沖意義上說，清代的司法審判活動是在刑錢師爺（還有刑吏）中逬行的。刑、錢師爺在辦案方麵已達到了“代官出治”的程度。
刑、錢師爺在辦案時的實際權力是相當大的。從審判程序的各個環節上，都可以看出刑、錢師爺重權在握。例如，原告告狀時都備有呈詞（即訴狀，俗稱狀紙），呈詞遞到衙門以後，多首先由刑、錢師爺閱看，也有時先送主官看後再送刑、錢師爺。師爺對案情進行初步分析後，就做出“準”（受理）或“不準”（不受理）的批示，批示內容隻須報給主官就可以了。結果，往往是師爺已決定“準”或“不準”，而“本官尚不知呈（詞）中所告何事”，於是便形成了“批出內幕（師爺）之手，官劃諾耳”的現象。因此，一件案子是否被受理，往往是師爺說了算。案子決定受理以後，常須簽差傳喚、抱提被告和證人，這一工作一般也由師爺指揮去做。審訊曰期也多由師爺決定。審訊前，對於案件如何審理決斷，師爺都已幫主官勘酌好。審訊時，主官坐堂主審，師爺則在屏後諦聽，並隨時幫助主官出謀劃策。汪輝祖曾說過自己助官審案的情形：凡是審問應叛徒罪以上的犯人時，必在堂後凝神細聽，如果口供梢有勉強，即要告知主人再審，並告誡主人不得性急用刑。遇有疑點，也必叮矚主人再審，不能顧及主人畏難。案件的判決，名義上是由主官做出的，實際上卻大都是師爺的主意。清律規定，“斷罪引律令”，但由於主官不習律令，對例文成案又非常陌生，故“斷罪”（又稱擬罪、擬律）即判定罪名及確定處罰標準，就成了師爺的事。因此，主官宣讀的判詞都是由師爺代似的，主官對於師爺代似的判詞一般都是認可的。師爺負責似律，使他們在很大程度上掌握了刑案的決斷權。從上述師爺在審判程序各環節上的作用來看，如果說“審判之名在官，審判之實在幕”，實在是不為過的。
除此以外，上下級衙門之間關於司法方麵的往來公文也主要由師爺辦理。比如州縣發生命案，按規定要向上級衙門通報，通報之事常由師爺具體主持辦理。嘉慶十五年（公元1810年），直隸寶坻縣知縣吳議在受理本縣一件殺人案時，請刑名師爺餘某審閱書吏所似的通報是否可用，餘師爺閱後認為可以。知縣聽後說道：“我年事已高，又不熟悉燕北水土風情，正如‘南人使治北，山人使治澤’。此事全憑你從中提調了。此通報就判行簽發吧。”說著還取出圖章，示意餘師爺代勞。師爺的司法權之大，有時達到了一手遮天，主官完全聽從師爺擺布的地步。清代江西省衙有個姓餘的刑名師爺就是如此。據清人歐陽昱《見聞瑣錄·任中丞》載，聘請餘師爺的主官因“不諳，惟餘某言是聽。餘曰辦，則辦。曰不辦，則不辦”。
由子師爺在司法審判中掌握重權，所以很多人的禍福生死就操在他們手裏。正如清人紀昀在《閱微草堂筆記·槐西雜誌三》中記述的一位時人所說：“幕府賓佐，非官而操官之權，筆墨之間，動關生死，為善易，為惡亦易。”清代紹興山陰人金植因為親戚和同鄉中有很多入當刑名師爺，所以對此感觸尤深，他說：“一切入幕主文之法家”，執筆時一定要“切切警省”，“倘稍有冤抑，一著點墨，則人命立休於筆下。”另紹興人俞蛟也說：刑名師爺“按律引例，以判罪人，生死所爭，在亳厘間。”（這些關於師爺手中掌握著人們生死禍福的說法，是對師爺掌握司法重權的最實質、最概括的說明。