師爺辦案存在著大量的弊端，師爺當中有數量極多的惡師爺（劣幕）。他們刀筆舞文，深文周納，翻手為雲，覆手為雨，顛倒黑白，草菅人命，貪贓受賄，執法以枉，亂用刑具，冤枉好人，幹盡了喪盡天良的勾當，害得許多百姓家破人亡。由於製造這些弊端的惡師爺數量極多，所以在很多人的印象中，師爺中沒好人，社會輿論更是把師爺叫作“造孽的師爺”。清朝官員張集馨斷言；“幕友無不賣法者。”有位當代史學家也曾這樣評論師爺：“師爺在舊社會裏叫輝刀筆吏，是奸詐陰險、反複無常的人。”師爺辦案的弊端是明清時代司法黑暗、社會黑暗的一個重要表現，是清王朝走向災亡的重要原因之一。
（1）刀筆斷案
師爺，特別是刑名師爺，又被稱為“刀筆吏”或“刀筆師爺”。古時刀、筆皆為書寫工具，在竹簡上寫字，寫錯了就用刀削改，故合稱刀筆。後世極言用筆鋒利時，常說筆如刀，故刀筆遂為鋒利之筆的稱謂。人們稱師爺為“刀筆吏”、“刀筆師爺”，是說師爺甩筆極為鋒利，操筆如操刀，既能以筆殺人，又能以筆活人。師爺們掌握著一套辦理公文案牘的本頜，懂得如何運用文詞的變化處理訟牘，又深知援引律例、成案的竅，懂得如何鑽法律的空子，所以他們的筆杆一揺，或是動一動嘴，就可能決定涉訟者的命運。劣幕常常利用手中的刀筆循私枉法，舞弊作惡，在他們的刀筆之下，黑白可以混淆，是非可以顛倒，無辜的百姓可以被判為死罪，真正的凶犯可以逍遙法外。也有某些善良的師爺用刀筆使一些不慎犯罪或並非慣犯的窮苦百姓避免了重懲，但這樣的師爺為數很少。
師爺是怎樣使用手中的刀筆的呢？
想重判罪犯時，就想辦法加重案犯的罪狀或募改案情。例如，清末重慶發生教案，教紳羅充義為阻止民眾攻打教堂，雇人加以阻擊，結果，“殺傷踏斃十餘命”。四川總督劉秉璋出於某種考慮，想將羅元義梟首示眾，但又找不出合適的理由，於是請師爺臧吟樵、胡山農出主意。臧、胡二人皆名幕，素以刀筆鋒利著稱，他們對總督說：“案有由，其可哉。”然後共定判詞曰：“死由子踏，踏由於追。罪坐所由，比以械鬥為首之例，尚覺情浮於法，應似斬梟。”判詞很快得到上級批準，羅元義遂就地正法。
同樣一種案情，判詞可以有不同的寫法，如果想重判罪犯，就按照判罪的需要似寫相應的判詞。例如，犯奸案者在清朝一般是格殺勿論的，但按照律例必須在犯奸處所“登時”（正在犯奸的時候）捉獲才能定罪。光緒年間，廣東有一對犯奸男女逃離家鄉兩年後在異鄉被捉獲，省裏似判二人死罪，但呈文送交中央刑部後被駁回，理由是不合“在奸所登時捉獲”的律例。當時省衙有個叫楊蓮府的師爺提筆將判詞改為廣竊負而逃，到處皆為奸所；久覓不獲，乍見即係登時。判詞呈上去以後立即獲準。還有一件類似的案例。有個女子在樓上看到一個男子在牆外小遺，男子指著自己的陽物讓女子看，女子羞忿自盡。縣官想重辦男子的罪，但苦於該男子既非言語調戲，又非手足勾引。師爺似判詞道：“調戲雖無言語，勾引甚於手足。”定罪遂成。
師爺要為罪犯開脫時，常將受害者的重傷改為輕傷，多傷改為少傷，將罪犯的理曲改為理直，有心改為無心，有時還把供詞刪改得有利於罪犯，由此便可以輕判：或開釋罪犯。例如，清代乾嘉年間，有個刑各師爺承辦一樁盜竊案，根據有關律例，案犯10餘人皆當斬首，但這個師爺想為案犯開脫，就將供詞中的“糾眾自大門入”的“大”字加了一個點兒，變成“糾眾自犬門入”，結果，呈文因事理不通而遭到駁斥，10餘名案犯因此而免除了死刑。明清時還流傳著一個情節類似的師爺改“用”為“甩”的故事，較之改“大”為“犬”的例子更為典型。某劣紳用刀殺人後，花重金賄賂師爺，請師爺想辦法為自己開脫。當時師爺已將案情呈文擬好並用印，無法再改。於是師爺略施小技，用筆一勾，將文中“用刀殺人”的“用”字改成了“甩”字，馬上有心變成無心了。呈報上級衙門後，果然駁了回來，將原來擬判的斬決改為緩決，這就使凶犯得以逃脫法網。這個故事，明清以來依筆記雜書多有記載，其中所記的情節雖然互有歧異，但其梗概足以說明師爺是怎樣改有心為無心，從而為罪犯開脫的。
清代筆記中還有這樣的記載：老幕友談起刀筆的秘訣時說，“反複顛倒，無所不可”乃秘決之一。比如，要使原告勝，就說：“他如果不是真吃弓，何至來告狀”；要使被告勝，就斥責原告說：“他不告而你來告狀，是你健訟！”要使老者勝，就說“不敬老宜懲”；要使少者勝，就說“年長而不慈幼，為何？”總之，隨心所欲，讓堆勝誰就勝，誰給自己好處就讓誰勝。
（2）“四救”原則
清代師爺辦案有一句口訣，叫作“救生不救死，救官不救民，救大不救小，救舊不救新”。這句口訣是師爺辦案的四條原則，故而清代師爺有“四救先生”之稱。
在這句口訣中，以“救生不救死”流傳最廣，應用也最廣泛。“救生不救死”是說在辦理人命案時，師爺應抱著這樣一種態度：死者已死，斷無可救；生者（殺人者）尚生，如果殺以抵命，就多死一人，所以應為其曲為周折，使其免死。而對於死者是否含冤則不多考慮。這條辦案原則源於儒家傳統的“罪疑惟輕”的法律思想和“公門之中好修行”以及因果報應的世俗觀念。師爺們認為，這樣辦案是“以君子之心，行忠厚長者之事”，是在公門中行善、造福，會有好報；反之，執法過嚴特別是殺人，則是造孽，難得好報。他們為了不受惡報，不禍延後世，便以救生為陰德。他們把古人所說的“求其生而不得，則死者與我無恨”作為信條，覺得隻要自己盡了力，也就心安了，死者（被判處死刑的殺人者）也死而無憾。有人根據師爺的這一信條寫了一幅對聯贈給師爺：“求其生不得則無憾；匆以善之小而弗為。”酣爺們的上述想法，看似不錯，貌似行善，實則弊端極大，極易釀成冤案。名為造福，實則常常造孽。汪輝祖也是主張救生的，他說，“求生”（即救生）是千古法家要訣，對於量刑介於可重可輕之間者，應為其誠求一線生機。汪輝祖的主張，是在法律範圍內為罪犯求生，他自己和少數精明、善良的師爺也確實做到了這一點，但對於一般師爺來說，這一原則極易造成枉法行事。“救生不救死”的原則，決不是公正的辦案原則，在這一原則之下，師爺們不知幹了多少枉法之事，製造了多少冤案！