經濟效益低下是計劃經濟最顯著的弊端。在統一安排生產、統購統銷的條件下，企業沒有市場競爭的壓力，沒有提高產品質量和勞動生產率的熱情。政治運動式的勞動競賽缺乏持久的利益驅動基礎。這種僵化的經濟體製，既損傷了企業的積極性，也損傷了勞動者的積極性。資本主義由於經濟危機造成的社會財富的浪費，我們往往由於計劃決策失誤，在生產流通中就已經造成了。
盲目追求高速度是計劃經濟體製的另一大弊端。計劃是人製訂的，較之市場上自發起調節作用的價值規律，它確實體現了人的主觀能動性。這種能動性一旦為功名心、成就感所惑，就會脫離實際去追求一個個神話。1983年的《中國統計年鑒》第一次公布了中國30多年的統計數據，其中工業生產的年平均增長率超過日本，居世界第一。即使隻計算1966——1982年的數據，不過17年的時間，其中10年為被徹底否定的時不時停產鬧革命的時期，再加上幾年恢複時間，我國的工業生產年平均增長仍達9.5%，還是超過日本的7.4%，僅在羅馬尼亞之後，名列世界第二。
低下的經濟效益，再加上盲目追求高速度，這就不可避免地造成計劃經濟體製國家普遍存在的短缺。匈牙利著名經濟學家亞諾什-科爾內則在計劃經濟試行了幾十年後，抓住了“短缺”這一當時各社會主義國家普遍存在的經濟現象，主要以東歐國家為例，剖析了導致短缺的種種原因。他認為：“高度集中化，垂直等級管理結構，非價格信號起支配作用，而價格、貨幣和利潤的作用相當微弱，根據指令性計劃指標進行控製”，[17]這是與短缺密切相連的經濟體製的基本特點。在這種體製下，企業的運行主要由資源約束，而不是象在市場經濟條件下那樣由需求約束。由於企業隻對計劃負責，社會又力圖消除失業，防止破產，因而使得預算軟化，資金、勞動力經常處於短缺狀態，擴張衝動和投資饑渴長期存在。而漠視市場需求，不能隨機應變，又使消費品經常處於短缺狀態。在改革開放前，我們在住房、食品、衣物等一係列物品上飽嚐短缺之苦，憑票供應的不僅是糧、油、布等維持生存的重要物品，還一度包括了蔬菜、部分幹雜，以及手表、自行車、縫紉機、電視機之類。
在經過幾十年的計劃經濟實踐後，曆史終於以事實告訴我們：高度集中的計劃經濟體製，必然造成經濟上的條塊分割，不利於發揮地方的積極性；缺乏市場競爭的壓力，不利於發揮企業的積極性；大鍋飯、鐵飯碗的分配製度，不利於發揮職工的積極性。統計表明，建國後至改革開放時的約三十年間，我國經濟運作在效益上總的趨勢是下降的。在許多方麵我們距發達國家越差越遠。對這種現象，潘振民、羅首初在所著《社會主義微觀經濟均衡論》中分析說，行政體製適應了一個不發達的經濟，並能夠取得高增長率。然而，隨著經濟在行政體製下的發展，技術和經濟的結構變得越多樣化，各種各樣的經濟實體之間的關係也越來越複雜化。這些發展導致行政體製再也不能適應已經發展了的生產力，市場體製的替代是不可避免的。
事實確乎如此，十一屆三中全會後，市場取向一直是改革開放的曆史軌跡。從農村聯產承包責任製和擴大企業自主權，到黨的十二大政治報告正式寫入了“計劃經濟為主，市場調節為輔”；從 “社會主義經濟是在公有製基礎上的有計劃的商品經濟”到“國家調節市場，市場引導企業” ，直至提出“社會主義市場經濟”。
我們在計劃經濟問題上的二難在於：堅持計劃經濟是社會主義的特征，無疑是跟改革開放唱反調，是對鄧小平關於“計劃多一點還是市場多一點，不是社會主義與資本主義的本質區別。計劃經濟不等於社會主義，資本主義也有計劃；市場經濟不等於資本主義，社會主義也有市場。計劃和市場都是經濟手段”[18]論斷的質疑。是對西方世界關於中國已與西方同質化論調的認同。同時，我們也難以回答實行計劃經濟的社會主義國家何以在經濟上與資本主義相比在過去的相當一段曆史時期總的看來並未顯示出優越性。
而放棄計劃經濟是社會主義的特征，我們要麵臨不僅是對馬恩列斯毛等經典作家關於計劃經濟論述的突破，更重要的是在世界經濟舞台上，何以展示社會主義的獨特魅力。從實踐上看，當中國以市場經濟國家的身份加入WTO，投身於經濟全球化的浪潮中後，資本主義的經濟危機我們就很難再隔岸觀火，而是感同身受了。今年美國引爆的次貸危機，與我國的股市暴跌、房產低迷有著怎樣密切的聯係啊。現在幾大國有銀行的市盈率才10倍左右，一些商業銀行的市盈率甚至到了6-7倍，相當於滬市原1000點左右的水平，股市上仍接盤乏力。如果我們在市場經濟中獲得活力，在經濟危機中又遭受打擊，我們與資本主義的差異又在哪裏？順著市場經濟之路，又怎樣過渡到我們的理想——共產主義？當美國政府最近出手救市，接管房利美、房地美，議會通過8500億美元的救市法案時，“美國特色社會主義”的評價不絕於耳。西方人仍然把這套國家調控、不放任市場自流的做法看作是社會主義的東西啊。