農民自組織和村委會、政府是相互補充、相互促進的關係。村委會屬國家行政管理區劃中最小的管理機構，政府是政權機關，而新建立農民自組織是有助於增進社會公平的社團組織。建立農民自組織，農民多了一條利益訴求渠道，政府多了一個幫忙者和監督者，社會多了一個減震器，應該是農民、政府、社會多贏。法製化、規範化的農民自組織，對執政黨和政府鞏固社會基礎隻有好處沒有壞處。從我國目前大量興起的農民自組織萌芽———各種初級農民專業協會合作組織來看，不管是江蘇金壇的，還是山東壽光的，都的確在實際中起到了增加農民收入，穩定民心的作用。
（二）排斥心理：認為政府就能代表農民的利益，沒有建立農民自組織的必要
政府並不是總能代表農民的利益。在農民走向國際市場、參與國際貿易和經濟合作的過程中，他們自己的組織派出的代表與對方談判，對維護他們的具體利益更加有利。改革開放以來，隨著社會階層分化的不斷深化和複雜化，中國各級政府之所以能夠代表最廣大人民的根本利益，原因就在於政府能夠兼顧並反映各個階層的利益，調節各種具體的利益關係和化解人民內部矛盾，使全體人民朝著共同富裕的方向穩步前進。但是由於我國社會存在著多種社會階層，有著不同的利益訴求和利益矛盾，政府不可能代表每一個階層的具體利益，所以才產生工會、婦聯、青聯、工商聯、各種工業產業協會、個體勞動者協會等組織，來代表和表達這些階層的利益，和政府之間建立起溝通渠道。作為政權組織的政府是不能代替這些社會團體的，其兼顧和調節並不可能都是成功的，也不可能永遠正確。但令人遺憾的是，迄今為止還沒有產生能夠代表農民利益的社團組織。“從幾十年的農業政策史及其經濟後果看，缺少一個反映農民利益的、平衡的政治結構，是許多損害農民利益進而損害全社會利益的政策輕易出台的重要原因。”我國加入WTO後，迫切需要建立這種代表農民利益的組織。有了這一組織，既有利於把我國農民和農產品推向國際市場，也有利於在國際競爭中保護農民的利益（如製定同業準入技術標準）。
政府不是萬能的。隨著市場經濟的發展，必須建立對人、自然和社會的保護機製，否則市場經濟將會危及人類的生存，但僅僅依靠政府並不能對包括農民、農村、農業在內的人、自然和社會提供充分的保障。有些需求是政府不能或無法滿足的。主要表現在第一，人們社會交往的需求。市場經濟把一切都商品化了，把人也變成抽象的、脫離了社會關係的“生產要素”或“消費者”。但人的社會性不可能被市場經濟抹殺。改革開放後的中國，社會流動性加大，社會日益“陌生化”。在這種環境下，人們更渴望有歸屬感。對解決人們的歸屬感問題，政府幫不上什麼忙。第二，對公共物品的多元性需求。人們對公共物品的需求是多元化的，但政府提供公共物品的方式隻能是一種。第三，對信息不對稱性私人物品的需求。這類物品不是公共性質，不能由政府提供，但靠以營利為目的的私營機構來提供會造成一些問題，因為它們很可能會利用自己在信息不對稱關係中所占的優勢地位以次充優、以少充多，欺騙消費者，謀取利潤最大化。這就為不屬於政府和市場包括建立農民自組織在內的第三部門發展提供了空間。
（三）鄙視心理：認為農民的文化素質太低辦不了農民自組織
中國農民的素質被過分低估，好像他們不懂民主、不懂得追求自己的利益，長期以來被認為是最落後、最保守、最無知、最愚昧的一群。
農民的整體文化水平不高，但絕不能說農民的經濟素質低下。文化和素質是兩個不同的概念。農民也是經紀人，他們的選擇充滿經濟理性，麵對可供選擇的方案，他們會選擇一個能使其利益達到最大化的方案。諾貝爾經濟學獎得主、美國經濟學家西奧多· 舒爾茨在《改造傳統農業》一書中提出：農民是理性的，他們並不保守，也並不反對現代化，他們能對市場價格的變動作出迅速而正確的反應。在行為努力上，具有與其他任何社會群體、任何社會階層“同樣的人性”，即追求自身效用的最大化，同時使生產要素的配置達到最優化。發展經濟學家金德爾博格有一句名言：給農民以土地所有權，他們會把沙漠變成綠洲；如果讓農民以租賃經營的方式來經營土地，他會把綠洲變成沙漠。這表明農民對製度安排有著充分的理性反應。家庭聯產承包責任製是農民的創造，農村土地依法、有償、自願地流轉也是農民的創造，符合農村實際、符合農民利益、符合農村生產力發展要求，得到廣大農民的歡迎。這說明農民的選擇是經濟理性的。