然而，這時代的深刻性，不隻在於舊有事物的無可救藥。我們從萬古不廢的自然界可知，生命機體腐壞，也意味著以微生物的方式轉化為養料和能量，從而滋生別的新的生命。明末那種不可挽回的圮毀，在將終末感和苦悶植入人心的同時，也刺激、誘發了真正具有反叛性的思想。
前麵說到明代精神的兩麵性。的確，以理學、八股為特征，明代思想狀態有其僵死、保守的一麵，就像遺存至今、森然林立的貞節牌坊所演述的那樣。但是，對於明代精神的另一麵——懷疑、苦悶與叛逆，談得卻很不夠；對於明代知識分子的獨立意識、批判性以至戰鬥性，談得就更不夠。
很顯然，曆朝曆代，明代知識分子的上述表現應該說是最強的。從方孝孺到海瑞，這種類型的士大夫，其他朝代很少見到。如果說明中期以前多是作為個人氣節表現出來，那麼從萬曆末期起，就越來越顯著地演進到群體的精神認同。著名的“三大案”，看似宮廷事件，實際是中國古代政治史一個分水嶺；以此為導火索，知識分子集團與傳統皇權的分歧終於表麵化，從而觸發黨爭和黨禍。從天啟年間閹黨排傾、錮殺東林，到崇禎定逆案，再到弘光時馬、阮當道——確言之，從一六一五年“梃擊案”發，到一六四五年弘光覆滅——整整五十年，明代曆史均為黨爭所主導。這一現象，表麵看是權力爭攘，深究則將發現根植於知識分子批判性的強勁提升和由此而來的新型政治訴求。在此過程中，知識分子集團不光表現出政洽獨立性，也明確追求這種獨立性。他們矛頭所向，是企圖不受約束的皇權，以及所有依附於這種權力的個人或利益集團（皇族、外戚、太監、幸臣等）。
這是一個重大曆史跡象。雖然黨錮、黨爭在漢宋兩代也曾發生，但此番卻不可同日而語。明末黨爭不是簡單的派係之爭，也越過了“隻反貪官，不反皇帝”：事實上，它是以知識分子批判性、獨立性為內涵，在君主專製受質疑基礎上所形成的帶有重新切割社會權力和政黨政治指向的萌芽。若日不然，試看：
豈天地之大，於兆人萬姓之中，獨私其一人一姓乎？
這是黃宗羲《原君》中的一句；還說：
今也以君為主，天下為客，幾天下之無地而得安寧者，為君也。是以其末得之也，屠毒天下之肝腦，離散天下之子女，以博我一人之產業，曾不慘然！日：“我固為子孫創業也。”其既得之也，敲剝天下之骨髓，離散天下之子女，以奉我一人之淫樂，視為當然，日：“此我產業之花息也。”然則為天下之大害者，君而已矣。
如果我們意識到闡述了這一認識的人，正是在天啟黨禍中遭迫害致死的一位東林黨人的後代（黃宗羲之父、禦史黃尊素，天啟六年死於獄中），或許能夠從中更清楚地看到明末的精神思想脈絡。
在歐洲，資產階級的崛起，使君權、教權之外出現第三等級，最後導致民主共和。我們無意將明末的情形與之生搬硬套，卻也不必因而否認，黃宗羲在中國明確提出了對君權的批判，而且是從社會權利分配不合理的全新意義和高度提出的。
我們不必牽強地認為明末發生了所謂“資本主義”（它是一個如此“西方”的語詞）萌芽，但我們依然認定，這種思想連同它的表述，在帝製以來的中國具有革命性。
末世，未必不是曆史舊循環係統的終結，未必不是已到突破瓶頸的關口。盡管我們明知，對曆史的任何假設都近乎於譫妄，但關於明末，我們還是禁不住誘惑，去設想它可能蘊藏的趨勢。這種誘惑，來自那個時代獨特而強烈的氣息，來自其思想、道德、社會、經濟上諸多異樣的跡象，來自我們對中國曆史的了解與判斷，最後，顯然也從中西曆史比較那裏接受了暗示……總之，我們靠嗅覺和推測就明末中國展開某種想象，私下裏，我們普遍感到這樣的想象理由充足，唯一的問題是無法將其作為事實來談論。
也罷，我們就不談事實，隻談假設。
人們不止一次在曆史中發現：事實並不總是正確的，有些事實並非曆史合乎邏輯的發展，而是出於某種意外。一個意外的、不符合期待的、甚至無從預見的事件突然發生了，擾亂了曆史的進程，一下子使它脫離原來的軌道。這種經曆，我們現代人遇到過，十七世紀中葉的漢民族似乎也遇到了。
那就是清人對中原的統治。
我曾一再思索這意味著什麼。盡管今天我們會努力說服自己用當代的“曆史視野”消化其中的民族衝突意味，但當時現實畢竟是，漢服衣冠被“異族”所褫奪。這當中，有兩個後果無可回避：第一，外族統治勢必對國中的矛盾關係、問題係列（或順序）造成改寫；第二，新統治者在文明狀態上的客觀落差，勢必延緩、拖累、打斷中國原有的文明步伐。
有關第一種後果，看看清初怎樣用文字獄窒息漢人精神，用禁毀、改竄的辦法消滅異己思想，便一目了然。在滿清統治者來說，此乃題中之義、有益無害，完全符合他們的利益需要，不這麼做沒法壓服反抗、鞏固統治。但對中國文明進程來說卻隻有害處，是大斫傷，也是飛來之禍、本不必有的一劫。