葛壯唐末爆發的黃巢大起義，猶如狂飆打破了統一的封建帝國格局，在經曆了短短53年的曆史後，趙匡胤在公元960年建立的宋王朝最終總算結束了五代十國以來的分裂狀況，但其後延續300多年的兩宋基本上是一個軍事上相對孱弱的王朝，趙氏政權始終麵臨著來自北方強鄰的威脅，契丹族的遼王朝和黨項族的西夏政權，以及後來崛起於白山黑水間的女真族建立的大金國，包括西南藏族的吐蕃王朝和雲南的白族大理政權等，都是這段中國曆史上先後並存的幾個不同民族的封建王朝，由於隋唐大一統的局麵被如此幾個政權對峙的版圖所替代，期間因社會動蕩、朝代興替、京城遷徙、兵燹頻仍等一係列政治經濟因素的劇烈變幻，包括由此引發的民族矛盾及衝突等，都給宗教的發展及其管理帶來新的變數，最典型者如表現在南宋與金對峙期間冒出的河北新興道教，它們與當時凸顯的民族矛盾及複雜的社會背景有著密切的聯係。及至13世紀初蒙古族從斡難河畔開始興盛，直到西征東掃南進，一路蕩平所有政治敵手，再次建立起大一統的封建帝國，對宗教的管理也出現加強的趨勢，一些重要宗教管理機構的設置，有的就是直接應對於當時大元帝國境內宗教發展的特殊情況，而統治階層的相關宗教政策之得失，也給後世留下可供鑒戒和汲取的曆史經驗。今囿於篇幅，僅擇其犖犖大端者介紹一二，以俾讀者對當時的政教關係增加了解。
一、兩宋對佛、道教的管理由宋初至元初的這段曆史時期（公元960—1279年），相當於中國曆史上的“中世紀”，隨著封建王朝的政治統治經驗的曆史積累和日益成熟，在相關宗教政策和對宗教的具體管理上亦較封建前期社會有了更多的進步。眾所周知，宗教文化在隋唐五代時期的過度發達，一度招致國家政權力量的強製性打壓，典型者有唐武宗和五代後周的世宗采取的滅佛政策，另如占據中原的北方五代政權中的後唐、後漢等帝王也都對北方地區的佛教發展有過嚴厲的限製政策，諸如寺院的新建和僧尼的私度，包括佛教徒的生活如果太過奢侈等，都在政府禁令之列。這樣的措施，無疑對主要是在五代政治遺產基礎上建立的趙宋王朝有直接的影響。前朝曆代君主因個人喜好而帶有很大傾斜性地給予宗教一定優惠的政策，以致令寺院經濟和教團產業及以宗教職業為生者隊伍（如僧尼、道冠）的急速增大，都成為讓統治者頭疼的社會問題。北宋初年仁宗時範仲淹倡導的“慶曆新政”和以後神宗年間的“王安石變法”，其社會背景固然有當時麵臨的種種外憂，如與遼和西夏的戰和不定等困擾；但早就積弱成屙的宋王朝還被諸多的內患所折磨，其中“三冗”問題就是較突出的，此即所謂的“冗兵、冗官、冗僧道”，可見有為的政治家們立誌變革，一心要加以祛除的社會弊端中就直接有宗教方麵的問題。不過，在以“口銜天憲”的皇帝個人意誌為絕對權威的中國封建專製社會，最高統治者個人對宗教的喜好厭憎，在某種方麵卻正是助長這些社會問題不斷發生的重要原因。
如果說唐朝時期出現的以惠能為代表的禪宗反映了佛教完成中國化的曆史轉圜，遍布全國的禪宗以“新佛教”的麵目，在哲學層麵上也與中國固有的儒、道思想體係更加趨同，亞聖孟軻的“萬物皆備於我”的主體意識精神和莊周那“心齋”、“坐忘”，與惠能倡導的明心見性、頓悟成佛的主觀唯心理論大有異曲同工之妙，那麼，曆經唐末和五代的諸多大德高僧的不斷追求和積累的宗教實踐與體驗，禪宗那種不離世間、即心即佛和主要看重個人內在心理調適的修行方式，似乎更能契合社會上封建士大夫們的脾胃。這在一方麵加速了佛教完全融入中華傳統文化的過程，使儒、佛、道三教的合流更加順暢；另一方麵也讓中國境內佛教自身的發展在宋代步上禪宗一家獨盛的局麵。五代時期禪門五宗（溈仰、臨濟、曹洞、雲門、法眼）並榮，佛教其他宗派衰頹不興，到北宋後，溈仰中絕，法眼式微，社會上風行的主要是臨濟和雲門二宗，而趙室南遷至臨安（今浙江杭州）後，雲門宗也告衰落，曹洞宗則重新興起，但全國漢地佛教中大多為禪宗的臨濟宗，故有後世“臨天下，曹一角”的發展格局之形成。兩宋時期佛教在政府有意扶植和利用的政策卵翼下得到較為明顯的發展，與宋太祖、太宗和真宗、仁宗到哲宗等前幾位皇帝個人都很好佛有直接的關係，佛教從後周顯德年間世宗滅佛上所遭受到的打擊，很快就得到恢複。趙匡胤自己就常誦讀佛經，熱衷於造像建廟，從管理角度上看，宋承唐製，官方給僧尼發放度牒的做法得到沿襲，而宋太祖還放寬了度僧的名額，他專門派僧人到印度求法，乾德四年（公元197年），有行勤等157個僧人被派往印度，每人賜錢3萬，這樣的官方委派外出留學之規模是史所罕見的。太宗即位後也重視佛法“有禪政治”的作用，除效法曆史上的唐太宗組織大型譯場翻譯佛經外，他還親自作《新譯三藏聖教序》。北宋前期，在幾個皇帝的推崇下，僧尼人數激增，如仁宗時全國戶口為2640多萬，僧尼數即達43萬多，寺廟則近4萬所。社會經濟利益的分配嚴重受到影響，無怪乎那些有為的政治家每每在改革伊始，會對社會上存在著龐大的僧道人數要加以猛烈的抨擊了。
道教在宋代的際遇並不比佛教差，尤其是徽宗在位期間，崇道之風可謂登峰造極，在妖道林靈素之流的煽惑慫恿下，徽宗一度起意將早已根深蒂固的佛教“道化”，如將佛名改稱為“大覺金仙”，菩薩易號為“仙人大士”，僧人則改叫“德士”，但這樣的倒行逆施和硬裝榫頭地將佛教“道教化”，當然在實踐中會碰壁而告失敗，不過道教在其時的尊榮和氣焰也可由此得到印證，而佛教的發展勢頭在這樣的背景下自然也會得到較明顯的抑製。
宋、遼、金諸朝由於出自政治與經濟利益上的需求，加強對佛道等社會上宗教的管理成為朝廷的重要國策。兩宋對佛道教的管理具有如下的特點值得注意：
其一，限製寺院經濟的規模。國家沿用唐德宗以後對寺田課稅的製度，盡量減少僧侶階層在經濟上享有過多的特權，寺院田產也須像民田那樣每年春、秋兩季交納賦稅。這樣，南北朝時期出現的“僧祇戶”即為躲避國家稅、役的百姓攜帶地產投靠佛寺的現象不再發生，社會上戶口大量流失的情況得到很大程度上的改善。即便是崇佛的宋代幾個皇帝，也沒有在這方麵對佛教特別施恩，少數的寺院能夠免除春、秋兩賦，也必須得到皇帝的特許。而世俗地主集團和僧侶地主集團之間固有的經濟矛盾及裂痕也不致迅速地擴延開來，這對穩固封建王朝的政治統治是有好處的。
其二，掌控度牒發放的數量。朝廷對僧尼道冠隊伍的穩定予以較大的關注，祠部郎中、員外郎掌控著佛教、道教的寺院或宮觀及其從事宗教職業者的發展數量。史稱：“凡宮觀、寺院道釋，籍其名額，應給度牒，若空名者毋越常數。”《宋史·職官誌三》。據反映北宋社會生活的古典名著《水滸傳》為例，宋代的佛教管理製度亦可從書中一些描述與寺院僧侶生活直接相關的章節段落中看出端倪來，如家產殷富者可以買下度牒送人，由替身代其出家做僧人或道士，效果等同於自己修行做善事，而該出家為僧、道者在寺院、宮觀中的一應開銷，在很長時期內將由這有錢人家承擔。如軍官魯達肇禍後，就是以法號智深的和尚身份，替施主趙員外在五台山文殊院裏修行的，除魯智深平時的費用外，連其醉酒後撒野打塌亭子和打壞金剛也由趙員外掏錢重修。可見政府向僧、道出售空頭度牒的情況，幾乎是司空見慣的現象，不足為奇。而在宋室南遷後，偏安朝廷的財力更顯窘迫，因而在對度牒的發放上加大了控製力度，甚至停止發放，以防止僧尼隊伍的過度擴充而危及經濟。更為厲害的殺手鐧是政府打破唐代發放度牒後即免征該出家人稅役的成規，改為直接向僧尼征收免丁錢。紹興十五年（公元1145年），宋高宗趙構頒旨要境內所有僧尼都交納免丁錢，數量為一千至十五千，凡九等，稱作是“清閑錢”，隻有年六十以上及殘疾者才能免納此錢。用比一般民眾還要苛重的稅錢來阻遏社會上那些意欲享受僧侶免役優待之人投靠沙門的勢頭，這也表明，經濟上孱弱的南宋小朝廷在宗教管理上的控製手段，卻是一點也不鬆軟。
其三，調整管理機構的運作。政府將管理宗教的機構進行一定的調整，雖然宋承唐製，如僧官製度就因循唐代，有左右兩街僧錄司來專門執掌佛教事務，地方各府、州、縣亦有相應的僧綱司、僧正司、僧會司，由各級僧官向僧尼發放簿籍和進行管理。宋代的僧官體製包括僧、俗兩套機構，實權握持在俗官手中。宋代中央集權製度強化的特征，不唯反映在由皇帝獨攬軍國大事上，連宗教管理上也是分權到幾個部門，以防止官僚在寺院名額、度牒的發放，重要宗教場所如一些大寺的住持方丈的遴選等方麵專擅大權。具體有鴻臚寺管理外來的僧人；祠部負責僧、道的簿籍及發給剃度受戒文牒等；中書或門下省掌管全國的寺觀名額及重要的方丈人選，以及朝廷頒賜尊號等；開封府尹兼功德使則領僧尼名籍，即負責督察度牒的發放，包括僧官的補選等。由幾家政府部門分頭進行管理，各司其職，且相互製約和監察，令唐代那種專門管理宗教事務的禮部祠祀司官員權力甚大的情況得到改善。
二、遼、金政權的宗教管理與兩宋相比，契丹族的遼政權，以及在遼之後占據中國北方的女真族的金國，在宗教管理方麵基本上依循了和宋朝相似的路子，即在帝王帶頭崇佛的同時也不鬆懈對宗教的利用和控製，遼代的佛事十分頻繁，修建寺廟和佛塔，開鑿石窟和編纂藏經，推動佛學研究的進行，尊崇和提高僧侶的社會地位等，都體現了統治者對佛教的保護和利用的主觀意識及相應的有利於佛教發展的政策。金代帝室也對佛教優待有加，已經相當發達的寺院經濟在金朝繼續得到進一步的發展，誌在改革的金世宗當政後，除依然崇奉佛教，興建寺塔外，也著手對佛教進行整頓，章宗時則加強了管理，製定僧官製度，並嚴禁民間私度僧尼，規定由官方來定期試經度僧，並且有定額的限製。但隨著北方崛起的蒙古勢力的威脅日益緊迫，在國力日衰和朝政腐敗的情況下，靠鬻賣甚至是濫發空頭度牒來彌補財政費用上的支絀，也使金國的佛教管理步入歧途，並導致佛教的衰退與變質。
值得指出的是，兩宋交替和南宋與金形成對峙，以及元朝興起和統一全部中國版圖的這段曆史時期內，作為中華土生土長的宗教文化——道教有了和隋唐五代時期不同的全新發展，特別是在北方地區出現了以太一教、大道教、全真教為代表的“新道教”，這種和傳統道教有著明顯不同特征的新興道教，本身帶著強烈的民族文化捍衛者的鮮明意識，它們甚至在開始時還對所在地域的少數民族統治政權采取過敵對及不合作的態度。然而從金到後來的元朝，統治者都相當注重對這些新興道教的管理和利用。如金世宗就曾前後幾番召見過大道教的創教者劉德仁、全真七子中的王處一（即王玉陽，1144—1217）和丘處機（即丘長春，1148—1227）等，並在經濟上曾通過向道教信徒大量出售度牒、大師號、紫衣及宮觀名額，從而為政府帶來豐厚的財政收益。
不過，金朝政權的做法也造成了新興道教勢力的急速膨脹。因此這樣的做法在章宗即位後立刻叫停。連續幾年中，對道教甚為警惕的章宗屢發旨在限製道教發展的各項禁令，甚至一度把這些新興的道教幾乎逼到無法立足的境地，不過在承安二年（1197），由於麵臨蒙古大軍入侵，為求後方社會穩定，也為了解決日益吃緊的軍費開支，章宗又不得不改弦易轍，一方麵召見全真教的領袖人物王玉陽，賜其紫衣，授大師號，建造修真、崇福等道觀，以改變打壓道教的政策為安撫措施來換取道教的支持；另一方麵，則大量發售空名度牒、紫衣、大師號、道觀名額等，而經濟實力強大的教團用信徒捐贈的財產換取到朝廷認可的名分，也幫助朝廷緩舒了軍費開支上的緊張困難。