東漢末年，大儒鄭玄又在古文經學的基礎上吸收了今文經學的內容，發展出一套新的儒學。隨著鄭學的崛起，兩漢的今古文經學之爭正式終結。
到了魏晉南北朝時代，經學走向了玄學化，並且在南北朝時期分化為南學與北學。唐王朝為了便於科舉取士，以官方之力推廣經學。經學進入兩宋之後又出現了新的變化。
為了與佛道兩教抗衡，宋朝儒者發起了一場儒學革命。他們大膽挑戰漢唐以來日益僵化的傳統經學，通過重新解讀經典等方式創建了理學體係。人們常說的四書五經就是在這個背景下形成的。兩宋理學家將《大學》《中庸》從《禮記》中抽出來獨立成篇，與《論語》《孟子》合稱四書，並將其與早期的五經置於同等重要的地位。
明朝繼承了宋朝的理學發展路子。程朱理學（也稱朱子學）成為官方唯一的主流學說。而王陽明上承宋儒陸九淵的學說創建了“心學”，對程朱理學提出了猛烈地抨擊。
清朝滅明之後，多次實行文字獄。這導致清朝儒者不再像傳統儒生那樣關心時政，而是完全沉浸在對經書的整理上。故而清朝的文字學、校勘學、聲韻學、訓詁學達到了空前發達的水平。大批諸子百家典籍，也在這些學者的整理下，重新進入世人的視野。
王國維認為，清朝學術分為三個階段。清末學者皮錫瑞也有類似看法。他在《經學曆史》中指出：“乾（隆）嘉（慶）以後，陽湖莊氏乃講今文之學，孔廣森治《公羊春秋》，孫星衍於《尚書》兼治今、古文，陳喬樅治《今文尚書》、齊、魯、韓三家《詩》，魏源作《書古微》《詩古微》《公羊古微》，淩曙作《公羊禮證》《春秋繁露注》，陳立作《公羊義疏》，王館長（指王先謙）作《三家詩義疏》，已成《周南》《召南》《邶風》，錫瑞作《今文尚書考證》《尚書大傳疏證》。”這便是曆史上著名的乾嘉學派。
在清朝，儒學家有宋學與漢學之爭。“宋學”繼承了宋明理學的傳統，重視闡發義理，“漢學”發揚了兩漢經學的傳統，重視經史考據。清初以宋學為盛，但隨著時間的推移，漢學逐漸占據上風。可見，清朝經學的發展演變，是王國維提出“清學三階段論”的根本原因。
王國維認為，清初之學源於顧炎武，其特征是“以經世為體，以經、史為用”，重經世致用；乾嘉之學源於戴震、錢大昕，其特征是“以經、史為體，而其所得往往裨於經世”，重經史考據；道（光）鹹（豐）之學源於龔自珍、魏源，其特征是“言經者及今文，考史者兼遼、金、元，治地理逮四裔”，治學方式開始尋求變革。
不過，在王國維看來，盡管三個階段的經學各有不同，但治學方法大體相近。張之洞所言的“中學”雖不能簡單等同於經學，但經學可以說是“中學”的主要內容。清朝滅亡之後，經學也在西方學術的強力衝擊下走向沒落。當王國維提倡“溫經”運動時，經學不已再是學堂的必教課程，儒家經典也在新文化運動中徹底走下神壇。
貳
信奉西學的王國維為何醉心於經學？
晚清以來，西學東漸，學子們紛紛開眼看世界，致力於全麵學習先進的西方文明。王國維也曾熱衷此道。在甲午戰爭後，王國維接觸了大量西方傳來的科學文化知識，萌發了鑽研西方“新學”的念頭。經過多年努力，他終於在學者羅振玉的幫助下東渡日本留學。
留學期間，王國維研究了康德、叔本華、尼采等西方哲學家的著作，同時又把先秦諸子百家與宋明理學讀了個遍。為了實現“兼通世界之學術”的宏偉目標，他還如饑似渴地學習了西方的倫理學、心理學、美學、邏輯學、教育學。
此時的王國維對傳統的經學並不感興趣，其主要精力用於研究哲學、文學和史學。他曾回憶道：“（小時）家有書五六篋，除《十三經注疏》為兒時所不喜外，其餘晚自塾歸，每泛覽焉。十六歲時，見友人讀《漢書》而悅之，乃以幼時所儲蓄之歲朝錢萬，購前四史於杭州，是為平生讀書之始。時方治舉業，又以其間學駢文、散文，用力不專，略能形似而已。未幾而有甲午之役，始知世尚有所謂學者。”
少年王國維不喜歡尋章摘句，對學習艱深晦澀的儒家經學並不用功。但這並不代表他缺乏經學功底。後人誤以為王國維是在到了日本後才開始攻讀傳統國學的。其實，他原本就有經學素養，隻不過刻苦程度不如後來罷了。