第三十一條收到下級機關上報的需要辦理的公文，文秘部門應當進行審核。審核的重點是：是否應由本機關辦理；是否符合行文規則；內容是否符合國家法律、法規及其他有關規定；涉及其他部門或地區職權的事項是否已協商、會簽；文種使用、公文格式是否規範。
第三十二條經審核，對符合本辦法規定的公文，文秘部門應當及時提出擬辦意見，送負責人批示或者交有關部門辦理，需要兩個以上部門辦理的應當明確主辦部門。緊急公文，應當明確辦理時限。對不符合本辦法規定的公文，經辦公廳（室）負責人批準後，可以退回呈報單位並說明理由。
第三十三條承辦部門收到交辦的公文後應當及時辦理，不得延誤、推諉。緊急公文應當按時限要求辦理，確有困難的，應當及時予以說明。對不屬於本單位職權範圍或者不宜由本單位辦理的，應當及時退回交辦的文秘部門並說明理由。
第三十四條收到上級機關下發或交辦的公文，由文秘部門提出擬辦意見，送負責人批示後辦理。
第三十五條公文辦理中遇有涉及其他部門職權的事項，主辦部門應當主動與有關部門協商；如有分歧，主辦部門主要負責人要出麵協調，如仍不能取得一致，可以報請上級機關協調或裁定。
第三十六條審批公文時，對有具體請示事項的，主批人應當明確簽署意見、姓名和審批日期，其他審批人圈閱視為同意；沒有請示事項的，圈閱表示已閱知。
第三十七條送負責人批示或者交有關部門辦理的公文，文秘部門要負責催辦，做到緊急公文跟蹤催辦，重要公文重點催辦，一般公文定期催辦。
公文歸檔
第三十八條公文辦理完畢後，應當根據《中華人民共和國檔案法》和其他有關規定，及時整理（立卷）、歸檔。
個人不得保存應當歸檔的公文。
第三十九條歸檔範圍內的公文，應當根據其相互聯係、特征和保存價值等整理（立卷），要保證歸檔公文齊全、完整，能正確反映本機關的主要工作情況，便於保管和利用。
第四十條聯合辦理的公文，原件由主辦機關整理（立卷）、歸檔，其他機關保存複製件或其他形式的公文副本。
第四十一條本機關負責人兼任其他機關職務，在履行所兼職務職責過程中形成的公文，由其兼職機關整理（立卷）、歸檔。
第四十二條歸檔範圍內的公文應當確定保管期限，按照有關規定定期向檔案部門移交。
第四十三條擬製、修改和簽批公文，書寫及所用紙張和字跡材料必須符合存檔要求。
公文管理
第四十四條公文由文秘部門或專職人員統一收發、審核、用印、歸檔和銷毀。
第四十五條文秘部門應當建立健全本機關公文處理的有關製度。
第四十六條上級機關的公文，除絕密級和注明不準翻印的以外，下一級機關經負責人或者辦公廳（室）主任批準，可以翻印。翻印時，應當注明翻印的機關、日期、份數和印發範圍。
第四十七條公開發布行政機關公文，必須經發文機關批準。經批準公開發布的公文，同發文機關正式印發的公文具有同等效力。
第四十八條公文複印件作為正式公文使用時，應當加蓋複印機關證明章。
第四十九條公文被撤銷，視做自始不產生效力；公文被廢止，視作自廢止之日起不產生效力。
第五十條不具備歸檔和存查價值的公文，經過鑒別並經辦公廳（室）負責人批準，可以銷毀。
第五十一條銷毀秘密公文應當到指定場所由二人以上監銷，保證不丟失、不漏銷。其中，銷毀絕密公文（含密碼電報）應當進行登記。
第五十二條機關合並時，全部公文應當隨之合並管理。機關撤銷時，需要歸檔的公文整理（立卷）後按有關規定移交檔案部門。
工作人員調離工作崗位時，應當將本人暫存、借用的公文按照有關規定移交、清退。
第五十三條密碼電報的使用和管理，按照有關規定執行。
附則
第五十四條行政法規、規章方麵的公文，依照有關規定處理。外事方麵的公文，按照外交部的有關規定處理。
第五十五條公文處理中涉及電子文件的有關規定另行製定。統一規定發布之前，各級行政機關可以製定本機關或者本地區、本係統的試行規定。
第五十六條各級行政機關的辦公廳（室）對上級機關和本機關下發公文的貫徹落實情況應當進行督促檢查並建立督查製度。有關規定另行製定。
第五十七條本辦法自2001年1月1日起施行。1993年11月21日國務院辦公廳發布，1994年1月1日起施行的《國家行政機關公文處理辦法》同時廢止。