(《東林書院誌》卷六《東林論學語》下聖人之學，所以與佛氏異者，以格物而致知也。儒者之學，每入於禪者，以致知不在格物也。致知而不在格物者，自以為知之真，而不知非物之則，於是從心逾矩，生心害政，去至善遠矣。(《高子遺書》卷九這說明高攀龍強調致知必須通過格物，否則儒學即“入於禪”而“虛其實”。所以，他認為如何“致知”是個十分重要的問題，“關係學術之大小偏正”，“古今學術，於此分歧”。他說：
這“知”字卻最關係學術之大小偏正，都在這裏。
古今學術，於此分歧，便分兩路去了：一者在人倫、庶物、實知、實踐去；一者在靈明、知覺、默識、默成去。此兩者之分，孟子於夫子微見朕兆，陸子於朱子遂成異同。本朝(薛)文清與(王)文成便是兩樣。宇內之學，百年前是前一路，百年來是後一路，兩者遞傳之後，各有所弊。畢竟實病易消，虛病難補。今日虛證見矣，吾輩當相與稽弊而反之於實。
(同上卷四高攀龍總結了儒學在致知問題上出現的分歧，指出這種分歧後來發展成宋代朱、陸的異同，以至演變為薛筧、王守仁的不同途徑，及至明末，王學已是弊端叢生，“今日虛病見矣！”為此，他提出“吾輩當相與稽弊而反之於實”，說明他看到了王學末流症結之所在。總之，他反對用“正心”、“誠意”來代替“格物”、“致知”，而走“默識”、“默成”的途徑。在“格物致知”問題上，高攀龍基本上恪守程、朱理論，沒有什麼創新。
其次，高攀龍反對王守仁提出的忠孝之理隻能向心上求的觀點他說：
夫臣之事君以忠也，夫人知之，而非知之至也。孟子曰：“欲為臣盡臣道，法舜而已。”苟不如舜之所以事君，則已陷於天下之大惡而不自知焉，則所以去其不如舜以就其如舜者，當無不至也。子之事親而當孝也，夫人知之，而非知之至也。孟子曰：“事親若曾子者可也。”夫至於曾子之事親而始曰可也。此人倫之至，天理之極止之則也。此為格物而至於物，則物理盡者也。所謂因其已知之理益窮之，以至乎其極也。(同上卷三這裏，高攀龍針對王守仁致心之理、格心之物的“致知格物”說，運用朱熹的“格物窮理”的觀點加以駁難，認為人對忠孝之理的認識，首先則是“格物而至於物，則物理盡者也”。也就是“欲為臣盡臣道，法舜而已”、“事親若曾子者可也”。然後，從已知的忠孝之理，進而窮盡更深的忠孝之理。高攀龍在這裏區別了認識主體和認識對象。而不象王守仁那樣，把“心”看作既是認識主體，又是認識對象，其認識對象隻是認識主體——“心”之顯現。
此外，高攀龍還批駁了王守仁關於“孝之理”隨“親沒”而消失的觀點，認為忠孝觀念不會由於某個人的“親沒”而消失，人們仍會從已知的忠孝觀念而“益窮之，以至乎其極”。在這問題上，高攀龍對王守仁的駁難也隻能到此為止。事實上，他所謂忠孝觀念，隻是封建社會倫理關係在人頭腦中的反映，有封建社會的倫理關係，才會有人們對忠孝之理的認識。因此，封建社會的倫理關係，不會由於某個人的死亡而消失，在人們頭腦中的忠孝觀念，自然也不會因某個人的“親沒”而不存在。
再次，高攀龍以“聞見之知”反對王守仁“掃聞見以明心”
他指出王守仁“任心而廢學”，“非孔子之教也”(同上卷九上)，認為“聞見之知”，雖然是“知之次”，但仍應足夠重視，不能像王守仁那樣“掃聞見而明心”。他肯定了孔子的“多聞從善，多見而識”(同上)的觀點：
夫聖人不任聞見、不廢聞見，不任不廢之間，天下之至妙存焉。舜聞一善言，見一善行，若決江河沛然莫之能禦也。非聞見乎？而聞見雲乎哉？！(同上卷三高攀龍看到了“聞見之知”的重要性，如“舜聞一善言，見一善行，若決江河，沛然莫之能禦也！”提出“不任聞見、不廢聞見”的觀點，並且說“不任不廢之間，天下之妙存焉。”說明他意識到：完善的認識，要憑聞見，但又不能光憑“聞見之知”。
(三)格“一草一木之理”
高攀龍的“格物窮理”論，不僅對王守仁“格物”即“格心”說加以論駁，而且在《答顧涇陽先生論格物》一文中，對顧憲成“格物草木之說”提出異議。
高攀龍雖然強調格物主要在於求取“至善”的封建道德的根本原則，但他仍主張要探求一草一木之理。他不讚同顧憲成“以六經、語(《論語》)、孟(《孟子》)中未見論著此等工夫”為理由，輕視或甚至把一草一木之理排斥於格物之外。高攀龍的理由是：
(1)雖然在“《六經》、《語》、《孟》中未見論著此等工夫”，但“近取諸身，遠取諸物”，正是“孔門一貫之學”(同上卷八)。根據朱熹的“萬物各具一理，而萬物同出一原”的觀點，一草一木雖小，但“從來源頭是一個，故明此即通彼，通彼亦明此耳”(同上)。因此，他認為“一草一木是格物事，鳶飛魚躍是格物事”(同上)。
(2)一草一木是人們隨其所見之物。既然是物，就應屬格物範圍之內，強調“格諸身”和“格諸物”沒有什麼不同。他說：
先生(指顧憲成)曰：“鳶飛魚躍，傍花隨柳乃是自家一團生機，活潑潑地，隨其所見，無非是物。”若不是物，何以隨其所見，無非是物；既是此物，則格諸身、格諸物，何以見根趣之殊邪？(同上(3)“天下之理，無內外、無巨細”，“一草一木”和“鳶飛魚躍”，“亦皆有理，不可不格。”如“以草木為外，便是二本，便說不得格物”。