(一)“格物窮理”的認識論
高攀龍繼承了程、朱“格物窮理”說，提出“學必由格物而入”(同上卷一)、“聖學正脈，隻以窮理為先”(同上卷五)的觀點。由此，他對《大學》的“格物致知”說作了發揮。
首先，他認為格物的對象很廣，天地萬物都是物，日常“動念”都是格他把《大學》等皆看作是“格物窮理”的經典：
天地間觸目皆物，日用間動念皆格。一部《大學》皆格物也，六經皆格物也。《孟子》七篇更作《大學》注疏。何者？以皆窮至其極，見天理真麵目也。(同上卷九其次，高攀龍的格物說，主要在於求取“至善”，即封建道德的根本原則，而不在於認識自然界和人類社會他說：
《大學》在明明德、在新民、在止於至善三句。一句少不得，如此方是聖人之學。(《東林書院誌》卷六《東林論學語》下先生(指高攀龍)曰：“天理與明德何異？”彥文(高之弟子)曰：“天理雲者，是天然一定之理。明德雲者，是明此天理。天理即明德，明德即天理，本無異也。”先生曰：“明德才是我之天理。”(同上卷五《東林論學語》上或問曰：《大學》並列三綱而歸重知止(善)，何也？三綱非三事，一明明德而已。明明德者，明吾之明德也；新民者，明民之明德也；止至善者，明德之極至處也。然不知止(善)，德不可得而明，民不可得而新。何者？善即天理，至善即天理之至精至粹、無纖芥夾雜處也。不見天理之至，便有人欲之混，明德、新民總無是處，故要在知止(善)也。
(《高子遺書》卷三《經解》
可見，高攀龍是以“性即理、理即善”的觀點來論述《大學》三綱領的。他認為“明德”即“我之天理”；“新民”即“明民之明德”，也就是“明民之天理”；“知止(善)”，即達到“天理之至精至粹、無纖芥夾雜處。”一句話，就是明天理而達到所謂“至善”的“天理之極至處”。
所以，他強調《大學》“三綱非三事，一明明德而已”，“而歸重知止(善)”。高攀龍之所以強調“止至善”，除了他以上所述，是由於“至善”是“天理之至精至粹、無纖芥夾雜處”，“不見天理之至，便有人欲之混”的根本原因外，還因為隻有明天理之“至善”處，才可排除佛教和霸王之道的攙入。
他還認為“格物窮理”的最終目的，就是達到天理之“至善”。他一再強調：
何謂格物？曰：程、朱之言至矣。所謂窮至事物至理者，窮究到極處，即本之所在也，即至善之所在也。(同上竊以自孔子而來，欲尋其緒，多必由《大學》以明明德為主，以格物為先。格物者窮究到天理極至處，即至善也。
(同上卷八《答方本庵》
《大學》在明、新、止。格物者，格知明新之至善處也。
(同上卷九高攀龍強調所謂“至善”，從抽象的精神本體“天理”，具體化為人的道德倫理。因此，可以說，高攀龍的格物說，即是其“窮理為先”
的認識論。在本體論上，則是求得對天地萬物的本原——“天理”的認識；在人性論上，則是複“天命之性”的“天理”之善，而除盡“氣質之性”的“人欲”之惡；在道德倫理觀上，則是求取“至善”的封建道德(仁、義、禮、智)的根本原則。所以他的“窮理為先”的認識論，又是與其人性論和道德觀緊相結合的。這正是宋明理學的特點。
再次，高攀龍強調窮理功夫的重要他說：
《大學》之旨，明德、新民要止至善。止至善者，一篇主意也，其下皆止至善工夫。(同上卷八《與涇陽論知本》
《大學》在明、新、止。格物者，格知明新之至善處也。
故身、心、意、知、家、國、天下，皆明、新、止之物也。誠、正、修、齊、治、平皆明、新、止之格也。(同上卷九《王儀寰先生格物說小序》
認為《大學》所言格物、致知、誠意、正心、修身、齊家、治國、天平下，皆是“止至善”的功夫。他提倡本體與功夫並重，斷言“不識本體皆差工夫”，“不做工夫皆假本體”(同上卷八下《與薛用章》一)。他反對某些儒者“以易簡廢工夫”的做法，認為“若以易簡為心，便入異端去矣！”(同上《與逯確齋》
(二)“致知格物”說的批評
高攀龍係統地批評了王守仁的“格物致知”說。他為此寫了《陽明說辨》等文。
首先，他指出王守仁對《大學》“格物”說的解釋，是用“正心”、“誠意”來代替“格物”，這和《大學》以三綱為本體(“主意”)。八目為功夫的宗旨相違背他說：
陽明格物，卻是誠意正心事矣，非格物也。(《東林書院誌》卷六《東林論學語》下至於說格物，曰：“極力致其良知於事事物物之間，使事物各得其正。”又曰：“為善去惡是格物。”夫事物各得其正，乃物格而非格物也。為善去惡乃誠意而非格物也。又以誠意為主意，格致為工夫。《大學》固以三綱為主意，八目為工夫矣。試舉王先生古本序一繹之，其於文義合耶？
否耶？(《高子遺書》卷三《經解》
他認為“陽明之說《大學》也，吾惑之”，並且讚同羅欽順和顧憲成對王守仁“格物”說的批評，即“整庵羅氏所謂左籠右罩，以重為誠意、正心之累。顧(憲成)氏所謂顛倒重複，謂之陽明之《大學》可矣！”(同上《陽明說辨》二高攀龍指出隻重本體(主意)而摒棄功夫的危害，認為這是朱(熹)、王(陽明)之學的“實”與“虛”、“心即性”還是“心非性”的分界線，也是儒、佛分歧之所在。他說：
陽明於朱子格物，若未嚐涉其藩焉，其致良知乃明明德也。然而不本於格物，遂認明德為無善無惡。故明明德一也，由格物而入者，其學實，其明也是。心非性。心性豈有二哉？則從入者有毫厘之辨也。(同上卷八下二先生(指陸、王)學問俱是從致知入。聖學須從格物入。致知不在格物，虛靈知覺雖妙，不察於天理之精微矣。