高攀龍在和管誌道論辯王守仁的“無善無惡心之體”時，就指出管所推崇的是佛教的空無之論。與這論辯緊相聯係的，是他對管誌道“三教統一”說的論駁。高攀龍為此專門寫了《異端辨》、《答涇陽論管東溟》、《與管東溟虞山精舍答問》、《與管東溟》等文。
高攀龍與顧憲成在辟佛論上，各有側重，觀點也有所不同。高的最大特點，是比較集中地批評了管誌道的“三教統一”說。
首先，高攀龍指出管誌道大倡“三教統一”說的目的，是“本無三教，惟是一乘”、“全體大用，總歸佛門”(同上《與管東溟》二)。也就是要以佛代儒，一統三教。他說：
竊謂先生(指管誌道)大旨，要在統一三教。而窺先生之意，實以一切聖賢皆是逆流，菩薩本無三教，惟是一乘耳。故攀龍謂先生之學，全體大用，總歸佛門。而後之信先生者，必以牟尼之旨；疑先生者，必以仲尼之道。(同上第二，高攀龍批評管誌道以佛代儒、一統三教的各種理論根據。
他說：
蓋此翁(指管誌道)一生命脈，隻在統合三教，其種種開闔，不過欲成就此局。拈出一個周元公，是欲就道理上和合；拈出一個高皇帝，是欲在時勢上和合；拈出“群龍無首”，則欲暗奪素王道統，而使佛氏陰篡飛龍之位；拈出敦化川流，則欲單顯毗盧性海，而使儒宗退就川流之列。(同上卷三《答涇陽論管東溟》
可見，高攀龍直截地指向了管誌道所持的理論根據之一，即所謂“拈出一個周元公”。管誌道之所以要在理論上抬出周筇頤，是因為周的《太極圖易說》中“自無極而太極”、“太極本無極”的宇宙觀，是以虛無為天地萬物的本原，與佛、老的“有生於無”的論點是吻合的。
因此，管誌道在其《東溟粹言》中極力調和儒、佛，以佛代儒，宣揚“空空正是孔子立大本處”。其目的，正如高攀龍所指出的是“創溯太極於無極之旨，欲學者從此悟虛空法界之體”(同上卷八《與管東溟》
二)。管誌道要以佛代儒，一統三教，必然要在理論上調和儒、佛。
在他看來，“貫通三教者，周元公一人而已”(《周易六龍解·附錄》)。所以，周筇頤之《太極圖易說》，一時就成了管誌道和一些由儒逃禪者們鼓吹“三教統一”的理論根據。
高攀龍又指向了管誌道所持的理論根據之二，即所謂“拈出一個高皇帝”。管所說的“高皇帝”是指明太祖。管誌道之所以要抬出明太祖，是因為在明太祖禦製的《三教論》和《宦釋論》中，曾稱道“佛、仙之幽靈，暗助王綱，唯常是吉”。因而管誌道想借助這一言論來為他的以佛代儒、一統三教的目的服務，達到“欲在時勢上和合”。
高攀龍則從儒學的正宗地位出發，針對管誌道的觀點，指出明太祖從未有過“三教合一”的意圖。他說：
孔子道無虧欠，本不須二氏幫補。聖祖(即明太祖)所以不廢二氏，不過以其陰翊王度，使其徒各守其教，亦未嚐合之使一也。(同上高攀龍又指向管誌道所持的理論根據之三，即所謂“拈出‘群龍無首’”。“群龍無首”出於《周易》《乾》卦，其卦辭是用來比喻春秋時代的諸侯並立。而管誌道之所以抬出《周易》“群龍無首”