對水資源數量的管理，主要是發展農業節水灌溉措施和技術。鑒於全球性水資源日益緊缺，發達國家都在致力於發展節水農業技術，即采用工程、農業和管理等技術措施，提高水資源利用率和利用效率。工程節水包括采用渠道防滲或管道輸水的傳輸工程節水，采用噴灌、滴灌、膜上灌、波湧灌等地上灌溉替代常規地麵灌溉；農業節水包括采用農田水分保墒技術、節水栽培、適水種植的作物布局、抗旱作物品種選育等；管理節水包括組織管理、工程管理、經營管理以及區域水資源綜合評估和用水管理自動化；此外，開發鹹水資源，發展鹹水灌溉，以及對汙水進行資源化處理，進行汙水灌溉等。
三、農用森林資源管理
在持續農業中，農用森林管理是相當重要的，因為農用森林不僅能夠同一年生或多年生草本作物共生，而且還能夠較好地同畜牧業綜合發展。概括地講，農用森林的作用表現為：農用森林為農作製提供了地上地下結構，降低了雨水和大風對農業係統的不利影響，明顯地減少了土壤侵蝕，並有效地調節了微觀氣候。農用森林能明顯地影響土壤肥力，如合歡樹同小米、高粱種植在一起，保持作物穩產的時間可長達15～20年，該種樹木能夠有效地將養分集中於表層土壤，氮、磷、鉀肥比也分別增加186%、72%和22%，有機質增加40%～269%，陽離子交換能力增加50%～120%；農用森林對無脊椎動物和微生物的數量及其活動能力也有明顯的影響。研究表明，在靠近防護林地的管區，昆蟲密度和活力提高，微生物數量和活力也明顯增加。對農用森林的管理主要是依法興林，大力發展林業，實行林業種植多樣化，采伐和撫育相結合，保證森林種植麵積。
畜牧業綜合管理（IAHM）
畜牧業在重視作物養分循環和實行豆科、穀物、飼料輪作的持續農業中起著非常重要的作用。畜牧業的發展，可以改變邊際土地利用模式（種植飼料作物或作為草地），有助於促進土壤肥力保持，降低水土流失，家畜糞便以糞肥的形式返回土壤，有利於保持土壤養分和增加土壤有機質含量及提高土壤可耕作性。畜牧業綜合管理，包括家畜管理、飼料生產管理、牧草管理。
一、家畜管理
主要是家畜疾病的預防和治療。自青黴素誕生以來，對家畜疾病的預防和治療主要是采用抗生素藥品。但廣泛地應用抗生素會導致抗性菌係的產生，並通過食物鏈危及人類健康。持續農業中的家畜管理，就是對家畜的生存環境和飼喂方法加以科學管理，減少病源，提高家畜對各種疾病的抵抗能力。如生豬采用改造的活動隔板，實行圍欄飼養，根據氣候條件需要以及生豬生長發育狀況，變化不同的形式，以保證生豬必要的生存空間，並在圍欄中放置墊草，定時清理，用農用石灰石消毒圍欄等。
二、飼料生產管理
多樣化的種植，為畜牧業提供了高質量的飼料。貯存在飼料中的能量效用，就成為管理的關鍵。由於大部分飼料，特別是禾本科作物殘渣飼料富含木質素，改善木質纖維素物質的飼料價值就顯得格外重要。常規的處理方法，是用氫氧化物、氨尿素、過氧化氫等化學物質處理，但因化學汙染的風險性和特殊設備的需要，受到一定程度的限製。於是，一種微生物方法正在引起科學家的注意，這種方法主要是引入飲食劑，促進家畜瘤胃反芻發酵作用，來改善家畜對木質素纖維物質的利用。此外，通過遺傳改良，降低飼料作物木質素的含量，降低植物細胞壁（如半纖維、木質素、二氧化矽）組成物質的合成，增加飼料適口性，提高飼料消化率，也是一種可行的途徑。
三、牧草管理
牧草是牧場中一個重要的資源。它具有截獲大量太陽能的作用，如果管理得當，可在低成本上維持較高水平的家畜生產。家畜可以說是管理牧草的主要工具。目前，利用家畜管理牧草有兩種方法：①固定放牧，就是設法匹配家畜量同牧草生產一致，在同一地區的整個放牧季節定地放牧。②輪流放牧，就是在放牧季節，將家畜放牧在不同地區，根據飼草生長情況，每隔一定時間遷移一個地方。其中最重要的輪流放牧是“佛遜”放牧管理。安德爾·佛遜認為，純粹的輪流放牧應當考慮牧草生長和家畜放牧兩個方麵。牧草生產應根據家畜生產合理安排，同時根據牧草生長情況適當休放，保護牧草免遭過度放牧。“佛遜”放牧管理可以提供給牧草進行光合作用的機會和養料補充，通過牧場分區輪放，控製和調劑飼草來源與質量，提高家畜放牧效率。