周敦頤作為理學的開山人物，他的著作《太極圖說》和《通書》都是對《周易》的解釋。在《太極圖說》中，周敦頤依據陰陽哲學的原理，立足於儒家的文化價值理想，提出了一個與佛教相抗衡的宇宙生成論。在《通書》中，周敦頤結合《中庸》論誠的思想，把《周易》推崇為“性命之源”，為理學建立道德本體論、重新解釋《四書》奠定了一個以易學為依據的理論基礎。朱熹編訂周敦頤的著作，為了突出《太極圖說》的地位，把它置於《通書》之前。朱熹認為，“蓋先生之學之奧，其可以象告者，莫備於太極之一圖。若《通書》之言，蓋皆所以發明其蘊，而《誠》、《動靜》、《理性命》等章為尤著。然請本皆附於《通書》之後，而讀者遂誤以為《書》之卒章，使先生立象之激旨，暗而不明，驟而語夫《通書》者，亦不知其綱領之在是也”。(見《周敦頤集》卷二)後來黃百家編訂《濂溪學案》，又根據黃宗羲、黃宗炎的說法，改變了朱熹所排的次序。黃百家在案語中指出：“《性理》首《太極圖說》，茲首《通書》者，以《太極圖說》後儒有尊之者，亦有議之者，不若《通書》之純粹無疵也”。(見《宋元學案》卷十一)這兩種看法，著眼點不同，各有所見。就《太極圖說》來源於道教的傳授係統、混雜了老氏的虛無之旨而言，誠然比不上《通書》那樣完全站在儒家的立場，純粹無疵。但是，周敦頤的《太極圖說》借助於易象所建構的一套字宙論也確實是《通書》的綱領所在，無論是就周敦頤本人的思想體係還是就理學運動的理論發展而言，都應該是《太極圖說》在前而《通書》在後。
《太極圖說》由圖和說兩部分構成，圖是以易象對易理的圖解，說是以文字對易理的解說。後世學者圍繞著圖和說產生了一係列的爭論。比如朱震認為，此圖之傳，自陳摶、種放、穆修而來，朱熹則認為乃周敦頤之所自作。陸象山認為，《太極圖說》以“無極”加於“太極”之上，“無極”二字“出於《老子》知其雄章，否聖人之書所無有也”，所謂“無極而太極”正是老氏有生於無之學，而非儒學正宗。朱熹則曲意辯解，極力維護，證明周子是個純儒，認為老氏之言有無，以有無為二，周子之言有無，以有無為一，無權二字乃是周子灼見道體之言，得千聖以來不傳之秘。朱陸之爭是理學史上的一大公案，這場爭論涉及到兩個不同性質的問題，其一是義理問題，即如何理解《太極圖說》的哲學意義，評價其在理學史上的地位，其二是考據問題，即此圖之傳是否來自道教，其說是否混雜有佛老二氏的思想成份。
前者可以見仁見智，依據各人的哲學主張作出不同的理解和評價，後者則隻是一個單純的澄清史實的問題，弄清這個問題，有助於確定理學在開創時期與佛老二氏的關係，無論作出什麼回答，都不影響對義理的理解和評價。但是，在當時的曆史條件下，朱陸二人都以繼承儒家的道統自命，視佛老為異己，雙方都力圖站穩儒家的立場，與佛老劃清界限，於是關於《太極圖說》的考據壓倒了義理的研究，攻之者見其有，辯之者言其無，把一場學術上的是非之爭轉化為一場以考據來檢驗意識形態的是否純潔之爭。後來黃宗羲評價這場爭論指出：
“朱陸往複，幾近萬言，亦可謂無餘蘊矣。然所爭隻在字義先後之間，究竟無以大相異也”。所謂“無以大相異”，是說朱陽二人維護道統的儒家立場並無差別，“然所爭隻在字義先後之間”，則是對這場爭論停留於文字考據的範圍表示不滿。為了推進對《太極圖說》的理解，轉換人們的思路，黃宗羲提出了一個至關重要的義理解周子，企圖引發人們去重新研究。黃宗羲認為，朱子解“無極而太極”，是以理先氣後之說解周子，未得周子之意，而周子所說“無極之真，二五之精，妙合而凝”三語，正明理氣不可相離，故加“妙合”以形容之，猶《中庸》言“體物而不可遇”也。(見《宋元學案》卷十二)但是，到了清代，考據之學大盛，人們對義理問題不感興趣，黃宗羲的努力失敗了。如果說自南宋以迄於明末，這場爭論在宋學內部是朱陸兩大學派的門戶之爭，發展到清代，就成了漢學與宋學之爭了。黃宗羲作《太極圖辨》，毛奇齡作《太沒圖說遺議》，朱彝尊作《太極圖授受考》，他們花了很大的氣力，找了不少的證據，有的證明其本於陳持刻在華山石壁上的《無極圖》，有的證明其本於《道藏》的《真元品》和宗密《禪源詮集》的《十重圖》，由此作出結論，《太極圖說》雖出自周子濂溪，為趙宋儒門之首，而實本之二氏之所傳，不可為訓。這是企圖以貶低《太極圖說》作為攻擊來學的突破口，把義理問題完全歸結為一個考據問題，以是否混雜有異己思想成分的考據奉為評價義理的唯一標準。平心而論，這場爭論延續了數百年之久長期不能解決，根本原因在於當時的人們生活在特定的曆史處境之中，無法擺脫意識形態和門戶之見的束縛。我們今天回顧這場爭論，完全有可能抱一種超越的態度，不再去重複古人的那種朱陸之爭和漢末之爭，以義理歸義理，以考據歸考據，把這兩個不同性質的問題分開來進行研究。即令我們通過新的考據推翻了清儒所列舉的證據，證明了《太極圖說》乃周敦頤所自作，也用不著像古人那樣作出貶低或者推崇的結論，更不必以此來否認理學本身即是三教合流思潮的產物這個宏觀的曆史事實。