南宋的學術是逐漸繁榮起來的。在南宋初，還是處於戰爭時期，政治不穩定，經濟遭破壞，人民顛沛流離，知識分子同樣缺乏安定的治學環境，學術發展的條件不充分。當時雖有程頤的弟子尹焞，楊時等在傳播程氏道學，楊時教授於東南，影響尤大，但基本上是承前啟後，還談不上發展。胡安國之子胡宏首開湖湘學派，亦傳程氏之學，胡安國的《春秋傳》為理學之下刊經典。張九成以禪理闡述理學思想，朱震傳象數之學，撰《漢上易傳》為象數學名著。但總的來說，此時還是一個學術相對沉寂的時期。此時的學術上的鬥爭，與政治和朝廷人事關係交織在一起，單線進行：圍繞著推崇與禁止程氏學的問題，有兩次崇程氏學和兩次禁程氏學，前者在趙鼎任宰相時，後者在趙鼎罷相之後。
南宋初崇程氏學，是北宋“元佑黨禁”後的一種反彈。徽宗崇寧二年(公元1102年)在奸相蔡京的主持下，立“元佑黨籍”，士人九十八人列入黨籍，受到罷斥，並刻石立碑，示不複用，史稱“元佑黨禁”。
道學家程頤也被列入黨籍，其學術被斥為“邪說”，遭到禁止。靖康之變後，隨著蔡京父子的敗亡，元佑黨禁漸弛。南宋高宗紹興元年(公元1131年)下詔褒贈程頤為直龍圖閣，為其恢複名譽。但在這個褒贈程頤的製詞中，對當時“竊其名以自售”的“浮偽之徒”有所斥責，以示區別。在此之後，趙鼎兩次出任宰相，都尊崇程頤之學。
“鼎素重伊川程頤之學，元佑黨籍子孫，多所擢用。”(《建炎以來係年要錄》卷八十六)“趙忠簡為相，尹和靖(焞)以布衣入講，士大夫多稱托伊川門人進用。時號‘伊川三魂’：鼎為‘尊魂’，(王)居正為‘強魂’，楊時為‘還魂’，言時死而道猶行也。”(《建炎以來朝野雜記》甲集卷八)這當中也有真假混雜的現象。“趙鼎素尊程頤之學，一時學者，皆聚於朝。然鼎不及見頤，故有偽稱伊川門人以求進者，亦蒙擢用。”(《建炎以來係年要錄》卷八十八)這種現象，自然為主張禁止程頤之學者提供了口實。所以，在趙鼎兩次罷相之後，出現了兩次禁程頤之學的事件，一次是在張浚獨任宰相時，一次是在秦檜獨任宰相時。這兩次禁程頤之學又有所不同，前者禁得並不徹底，而且也允許不同意見進行辯論；後一次才是徹底的禁。
紹興六年(公元1136年)十二月，趙鼎第一次罷相。其後就發生了關於程頤之學的爭論。其中有三種意見，以陳公輔，胡安國，呂祉三人為代表。左司諫陳公輔上疏，指責“在朝廷之臣”(實指趙鼎)，“輒以私意取程頤之說，謂之伊川學，相率從之。是以趨時競進，飾作沽名之徒，翕然胥效，倡為大言，謂：‘堯，舜，文，武之道，傳之仲尼，仲尼傳之孟軻，孟軻傳之程頤，頤死無傳焉。’狂言怪語，淫說鄙喻，曰：‘此伊川之文。’幅巾大袖，高視闊步，曰：‘此伊川之行也。’‘能師伊川之文，行伊川之行，則為賢士大夫，舍此皆非也。’”在這裏陳公輔不但批評了程頤之徒，而且批評了程頤之學本身，特別是道學家們的“道統”論。陳公輔還進一步指出：“臣謂使頤尚在，能了國家事乎取頤之學，令學者師焉，非獨營私植黨，複有黨同之弊，如蔡京之紹述。且將見淺俗僻陋之習，終至惑天下後世矣。”因此，他要求將“群臣中有為此學”者，“皆屏絕之”。對這個奏疏，宰相張浚代批旨說：“士大夫之學，宜以孔，孟為師，庶幾言行相稱，可濟時用。”(《建炎以來係年要錄》卷一百七；又見《道命錄》卷三)這就是說，有孔，孟之學就行了，不必講什麼程氏之學。這個以高宗的名義發布的旨意，是支持陳公輔奏疏的。
陳公輔這個奏疏公布之後，提舉萬壽觀兼侍讀胡安國立即上疏反駁。他說：“孔，孟之道久矣，自程頤始發明之，而後其道可學。而至今使學者師孔，盂，而禁不得從頤之學，是入室不由戶也。”胡安國這裏首先辯護的，正是“道統”論；這裏不但批駁了陳公輔，而且駁了聖旨。他還稱頌了程氏兄弟及邵雍，張載，“皆以道德名世，公卿大夫所欽慕而師尊之”，要求“下禮官討論故事，加此四人封爵，載在祀典”，並且“裒其遺書，以羽翼六經，使邪說不得作，而道術定矣。”(同上書，卷一百八；又見《道命錄》卷三)都督府(時張浚開都督府於建康)參議軍事呂祉的意見，與陳公輔，胡安國各有不同。他上疏認為，六經加上《中庸》七篇，“自漢室至本朝，上所教，下所學，鴻儒碩學，端亮閎偉之士，接武於時，何嚐不由此道豈特程頤而後傳也。”可見他是不同意“道統”說的。但是，他對程頤還是有所肯定的，“臣竊詳程頤之學，大抵宗子思《中庸》篇，以為入德之要。《中庸》曰：‘君子之中庸時中。’程頤之所以得也。”呂祉著重指責的是那些“近世小人”，他們看到程頤之學稍傳，其徒楊時“名動一時”，於是就“變巾易服，更相汲引，以列於朝。則曰：”此伊川之學也。‘其惡直醜正，欲擠排之，則又為之說曰：‘此王氏之學，非吾徒也。’號為伊川之學者，類非有守之士，考其素行，盍小人之所不為。“例如，瑞安(今浙江省瑞安縣)知縣李處廉，”專事貨賂，交結權貴，取程頤文並雜說，刊板作帙，遍遺朝士。朋比交口稱譽，謂處廉學伊川。“這個李處廉已犯貪汙罪入獄。這都是所謂”小人之中庸而無忌憚者也。(同上這次爭論發生在張浚當宰相的時候，張浚雖然支持陳公輔的意見，但他還是允許不同意見發表。而且他對程頤的門人也不是采取一概排斥的態度，對待尹焞就是一個明顯的例子。原來在趙鼎未罷相之前，曾由範衝推薦，召尹焞到臨安來做經筵講官。尹焞行到九江，得知陳公輔請禁程頤之學，就停止不前，上書辭命，說：“學程氏學者，焞也。”於是，張浚就向高宗繼續推薦尹焞。說他在任川陝宣撫處置大使時，得知尹焞拒不接受劉豫父子偽命，長途跋涉，逃到四川。他曾接見過尹焞觀其所學所養，誠有大過人者。“建議高宗降旨讓尹焞迅速就道，來臨安任職。(同上)與此相比，秦檜的做法就大不一樣了。他是把程氏之學作為一種罪名，用來排除異己，打擊原來趙鼎所信用的人物的。這種打擊是從高閌開始的。高閌原是趙鼎一派人物。趙鼎因”和議“問題與高宗，秦檜不合而被罷相(第二次罷相)後，高閌也被斥閑住。在屈辱的紹興“和議”實現以後，高宗，秦檜為了粉飾升平，決定恢複太學(大學的地址正在嶽飛的故宅)，並起用高閌做國子司業。高閌賣力地做了此事之後，在紹興十四年(公元1144年)二月上表，請高宗視察太學。他的這個舉動，受到了抗戰派胡寅(胡安國之養子)義正詞嚴的斥責。胡寅在給高閌的信中說：“及見請視太學之表，寅心惕然，不意閣下有所請而有斯言也。