第一，對“太極”的不同理解。朱熹認為“無極”是“太極”的形容，借“無極”以說明“理”的無形，“無極而太極”即為“無形而有理”。他說：“周子所謂‘無極’，正以其無方所無形狀，以為在無物之前而未嚐不立於有物之後，以為在陰陽之外而未嚐不行乎陰陽之中，以為通貫全體，無乎不在，則又初無聲臭影響之可言也。”(同上)經朱熹的這番解釋，“太極”(即“理”)就成了沒有任何規定性的最高抽象了。陸九淵則認為“太極”即“理”，毋需用“無極”來形容。他說：“蓋‘極’者，‘中’也，言‘無極’則是猶言‘無中’也，是奚可哉”
(《象山全集》卷二《與朱元晦》之一)認為朱熹“無極而太極”之論乃“疊床上之床，架屋下之屋”，完全是多餘的。(同上，《與朱元晦》
之二)
第二，對“陰陽”的不同理解。陸九淵以“無極”為多餘，同他反對把“理氣”，“道器”等關係分為形而上，形而下的關係是相聯係的。
他說：“《易》之《大傳》曰：‘形而上者謂之道。’又曰：‘一陰一陽之謂道。’一陰一陽，已是形而上者，況太極乎”(同上)這就把“陰陽”與“太極”都看成是形而上之“道”。這個批評動搖了朱熹形而上與形而下的區分。朱熹寫信辯解說：
至於《大傳》既日“形而上者謂之道”矣，而又日“一陰一陽之謂道”，此豈真以陰陽為形而上者哉！正所以見一陰一陽雖屬形器，然其所以一陰而一陽者，乃道體之所為也。故語道體之至極，則謂之太極；語太極之流行，則謂之道。雖有二名，初無兩體。(《答陸子靜》，《朱文公文集》卷三十六)
這就是說，“一陰一陽之謂道”，並不是說“陰陽”是“道”，是形而上，而是“所以陰陽”者，是“道體”所為。在這裏，朱熹堅持了“道”(“太極”)為形而上，“陰陽”(“氣”，“器”)為形而下的觀點。
朱陸之所以有此分歧，是由於陸九淵的思想體係裏，沒有關於宇宙形成的思想，沒有“氣”的範疇，因此他不能把“陰陽”理解為“氣”的表現，而隻能是“道”的表現；而朱熹則有比較完備的宇宙形成思想，其中“氣”為一個環節，他認為“氣也者，形而下之器也，生物之具也。”
(《答黃道夫》，同上，卷五十八)“陰陽，氣也，五行，陰陽七者滾合，便是生物底材料。”(《朱子語類》卷九十四)由“理”(“太極”，“道”)派生出“氣”，再由“氣”組成事物，所以，他把“陰陽”理解為“形而下之器”。在朱熹的思想體係中，就有形而上的“理”(“道”
世界和形而下的“氣”(“器”)世界的區分。陸九淵認為，朱熹的弊病就在於把“道”與“器”，“理”與“氣”對立起來，而他認為“道”與“器”，“理”與“氣”是統一的，都是形而上者，它們都統一於“心”的世界。陸九淵對朱熹的批評，確實揭露了道學客觀唯心主義的內在矛盾。但他用“心即理”的觀點來統一這個矛盾，以“心”為萬物的本原，又使自己的主觀唯心主義陷入了新的矛盾。陸九淵對朱熹的批評，對其形而上，形而下二元化傾向的揭露，確實動搖了道學客觀唯心主義的基礎。如列寧所說：“當一個唯心主義者批判另一個唯心主義者的唯心主義基礎時，常常是有利於唯物主義的。”(《列寧全集》第55卷，人民出版社，1990年第2版，第243頁)陸既揭露了朱在道器，理氣關係上所陷入的矛盾，而陸本身又無法解決這個矛盾，那末，“道在器中”，“道不離物”的唯物主義就是解決這個矛盾的必然出路。這就是永嘉學派所做的工作。
王霸義利之辯-朱陳曆史觀之爭。從淳熙十一年(公元年)開始，陳亮和朱熹之間開展了一場關於王霸和義利問題的爭論。
朱熹以天理人欲論曆史，又與其“道統”說聯係起來，認為夏商周三代之帝王能承接“堯舜禹相傳之密旨”，所以“惟有天理而無人欲”
(《寄陳同甫書》，《朱文公文集》卷三十六)；三代以後，天理失傳，漢唐之君“無一念不出於人欲”，曆史走向黑暗，“漢唐之君或不能無暗合之時，而其全體卻隻在利欲上”(同上)，其所行隻是霸道，而不是王道；“此其所以堯舜三代自堯舜三代，漢祖唐宗自漢祖唐宗，終不能合而為一也”(同上)。朱熹此論，就把曆史分割成截然不同的兩段。對這種割斷曆史的觀點，陳亮明確表示反對。他在給朱熹的信中說：“近世諸儒，遂謂三代專以天理行，漢唐專以人欲行，其間有與天理暗合者，是以亦能久長。信斯言也，千五百年之間，天地亦是架漏過時，而人心亦是牽補度日，萬物何以阜藩，而道何以常存乎”
(《又甲辰秋書》，《陳亮集》卷二十八)他認為，劉邦，李世民的事功，“其德義真足以君天下”，因而“未有異於湯武也”(同上，卷三)，與三代的王道可以相接。他說：“謂之雜霸者，其道固本於王也”(《又甲辰秋書》，同上，卷二十八)；而王道中也夾雜著霸道，如行王道的三代也有征伐和謀位，如“禹，啟始以天下為一家而自我之。有扈氏不以為是也，啟大戰而後勝之。湯放桀於南巢而為商，武王伐紂取之而為周。武庚挾管，蔡之隙，求複故業，周公違眾議舉兵而後勝之。”(《又乙已春書》之一，同上)可見王道正是通過霸道來實現的。