首先，葉適回顧了幾年前鄭丙，陳賈請禁道學的做法，開了一個很壞的先例，就是以某種學術為罪名來打擊學者。葉適說，以往“小人殘害忠良”，往往用“好名”，“立異”，“植黨”為罪名，從鄭丙，陳賈開始，用“道學”為罪名，“以為善為玷闕，以好學為過愆，相為鉤距，使不能進，從旁窺伺，使不獲安”，搞得人心惶惶，“賢士惴栗，中材解體，銷聲滅影，穢德垢行，以避此禍”，產生了很壞的效果。第二，葉適指出，這種以“道學”為罪名來打擊學者的行為，在手法上也不正當，是“居要津者密相付授”的方法，行動詭秘，不是光明正大的，“往日王淮表裏台諫，陰廢正人，蓋用此術。”第三，林栗“襲用鄭丙，陳賈密相付授之說，以道學為大罪”，如果僅僅是為了罷黜一個朱熹，害處還不大；葉適所擔憂的是，這個口子一開，“自此遊辭無實，讒口橫生，善良受禍”，那危害就大了。以“道學”為罪，勢必殃及學人，受害的絕不是朱熹一人，葉適為朱熹同時代的學者，對這個問題特別敏感。葉適有此擔憂，絕不是杞人之憂，作為事功學派的代表，他看問題要比別人更切合實際一些，更深入一些。他不能不看到，鄭丙，陳賈禁道學的上疏公布之後，朝廷上下掀起一股反道學的潮流，這種潮流顯然與他自己及陳亮對道學的批評有本質的不同，而是一種學術界以外的政治力量。以政治手段對道學學者的打擊和排斥，而實際受害者卻不限於道學學者，連他的摯友陳亮也受株連，慘遭冤獄。有此曆史教訓，所以當林栗以“道學”為罪而彈劾朱熹時，葉適就警覺起來，預感到這樣做的後果的嚴重性，“利害所係，不獨朱熹”，而是對著所有在學術上有所建樹，能提出新觀點，建《宋史紀事本末道學崇黜》中引葉適此疏，在此之下有“固未甚害，第恐”之語，連接上下文，更加順暢，也更合葉適此文的本意，似應補上。立新體係並聚徒講學的學者而來的。在這個問題上，葉適同朱熹在利害上有了共同性，因此，他要挺身而出，為朱熹辯護。他在這時為朱熹辯護，並不是隻為朱熹一人辯護，而且是為當時所有具有新觀點，建立新體係並授徒講學的學者辯護，是抵製政治上的強權對學術界的橫加幹涉，是要保護學者自身探討學術，學者之間互相論辯得以正常進行，而不受外來的幹預。如果說，那些道學家們往往空談義理，空談性命，而諱言利害，表現得比較迂闊的話，那末象葉適這樣的事功學派的學者卻不是這樣。而是注重事情本身的來龍去脈的分析，從中認清事理之所在，他不回避利害的問題，而是特別注意事物的利害，注重事情的後果。由此看來，葉適此時挺身而出為朱熹辯護，並沒有違背他作為事功學派學者的根本觀點，卻上表明了事功學派注重實際，切中事理，顧及後果，明辨利害之所係的本色。我們可以看到，“慶元黨禁”
的出現，證實了葉適在這篇辯護狀中所做的預測，葉適在這裏所擔憂的事，在“慶元黨禁”中都成了嚴酷的事實。
對葉適的《辯兵部郎官朱元晦狀》，當代學者在關於葉適的著作和論文中，或避而不談，或涉及到而不置可否，個別著作中有所評論卻頗有微詞。如《宋明理學史》論及此事時，有這樣的評論：“到淳熙十五年，當朱熹遭到林栗攻擊時，他(指葉適)卻出來為朱開脫，辯解。林栗出於排斥理學家參加政權的需要，自然不免於不實之詞。而葉適在《辯兵部郎官朱元晦狀》中，卻激烈攻擊林栗，袒護朱熹反映了葉適當時對道學的認識，在思想上還不完全明確。”
(該書第十四章第二節)這裏有兩個問題：一個是，葉適當時為朱熹辯護反駁林栗，做得到底對不對一個是，葉適為朱熹辯護，是因為“當時對道學的認識，在思想上還不完全明確”，還是有別的原因以葉適這樣一個朱熹在學術上的反對派出來為朱熹辯護，似乎是不可理解，但隻要稍加分析，就可明白個中之道理。林栗對朱熹的彈劾，並未批評到道學的內容，林栗本人也沒有在學術上提出什麼觀點來同朱熹的道學思想相對立。因此，林栗同朱熹之爭，根本不是學術之爭。林栗彈劾朱熹，也不僅僅是出於排斥理學家參加政權的需要，否則也難以理解林栗貶斥朱熹“本無學術”，以“道學”為罪，要求禁止朱熹聚徒講學這樣一些不屬參加政權的學術活動。林栗本人曾著有《易解》一書，也可算是個學者，但他彈劾朱熹並非以學者身份，而是以兵部侍郎的身份，從他彈劾的內容來看，他代表的是一種政治力量，代表了強權。他對朱熹的彈劾，實際上是代表強權對一種學術的壓製，而這種壓製如果得以實行，那末受壓製的就不是一種學術(如道學)，而是一切學術。因此，葉適為朱熹辯護。不獨為朱熹一人，而是為整個學術界辯護，是代表學術界與林栗所代表的強權相對抗。
因此可見葉適為朱熹辯護的正義性。我們還可以進一步看到，正因為朱熹同葉適在理論上是論敵的關係，葉適為朱熹辯護表明他同朱熹並無門戶之見，更可見葉適品質的高尚。由於林栗並未批判朱熹的道學觀點，而葉適也並未對朱熹的道學觀點本身進行辯護，因此也不能說葉適袒護了朱熹。
葉適對道學的認識是有一個過程的，他對道學進行係統的批評，是在被罷職後退居永嘉水心村時的事，在他為朱熹辯護之前，尚未同朱熹發生過正麵的辯論，如陳亮同朱熹辯論那樣。但是，這並不意味著葉適為朱熹辯護時，對道學的認識還不夠明確。事實上，在此之前，葉適同朱熹在觀點上的分歧是清楚的。淳熙十二年，葉適在致朱熹的信(此信不見於《葉適集》，已俠)中曾闡述過自己的觀點，朱熹致陳亮的信中說到葉適：“觀其議論，亦多與鄙意不同，此事盡當商量。”這年葉適在為應皇帝的召對而準備的稿子中，有“雖有精微深博之論，務使天下之義理不可逾越，然亦空言也”(《水心別集》卷十之論；到淳熙十四年，在《上殿劄子》中，有“高談者遠述性命，而以功業為可略”(同上，卷十五)的批評，這些顯然是針對朱熹等道學家把“義理”同“事功”對立起來，空談“義理”而不切實事的觀點而發的。