學科邏輯的意思是學科內容的連貫性，是在大綱規定的學科內容的各種成分和各個部分的聯係中學習學科內容的順序。學科邏輯不等於構成一門學科內容的科學或活動範圍的邏輯。譬如，1954年以前現代曆史教程講得很細，曆史分期也不同於今天，而在年代，它是作為階級鬥爭的曆史教程講授的，那完全是另外一種邏輯。“生物學”這門學科的邏輯也有變化。在全國通用大綱和許多實驗學校裏，俄語教程的邏輯也大不一樣。所有這些事實說明了學科具有不同邏輯的可能性，但這種邏輯在大綱和課本中一經確立，它就成了一個經常性因素。學科邏輯一經確定，就在一定程度上決定了這門學科的學習順序。當然，教學法參考書和教師可以作某些變動，但一般說變動不會太大，對於學科邏輯不會有本質上的修改。學科編製者如果沒有認識到學科的各種成分是必不可少的，那麼大綱和課本裏就不能對各種必要的能力作出規定，創造性活動的訓練和對於形成世界觀十分重要的歸納性章節等就可能漏掉。在教學論上，設計學科邏輯的最重要的、也是首要的條件，是了解和研究學科內容的各種成分，而且要考慮教學內容和過程這兩個方麵的統一。
除了這一條件，要建立學科邏輯還必須考慮整個掌握和教學的規律性。這一點決定了師生學科邏輯的活動種類和順序--課本的講述方法、連貫性、揭示各種聯係的範圍、作業類型和直觀性，等等。
因此，學科邏輯必然決定著教學進程的基本輪廓，不過僅僅是一個大體的輪廓。倘若教師在思想上接受了有設計錯誤的學科邏輯，或者是設計上有毛病的學科邏輯，比如漏掉了某些類型的練習(活動方法)，那麼教師在實際教學過程中就會碰到困難。這些困難他也許無法克服，因為他當時不掌握材料;他也許能克服這些困難，但需要補充一些必要的習題。教學過程的邏輯和學科邏輯是有區別的。
教學過程的邏輯說明開展教學活動的連貫性，即教師組織掌握學科內容學習的連貫性。我們在一定程度上已經指出了教學過程邏輯同學科邏輯的區別。現在舉幾個例子，稍微詳細地分析這一問題。
學科和學科邏輯規定了由舊到新的不斷的運動。從新的角度看，在教學過程的邏輯中，由新材料轉向研究已學材料的運動時有發生，而且有時定會發生。
在教學過程的邏輯中，由具體到抽象和由抽象到具體這種運動的交替，通常與學科邏輯中這兩種運動的交替不同，它同用哪種原則(歸納或演繹)作為建設學科的基礎無關。
教學過程的邏輯及其具體實現，還取決於全班學生的構成、班上各種學生的程度、教師的教學手法和設備的配備程度，等等。不過這都是一些變化不定的次要因素。
在教學過程的邏輯中，可以規定一套固定的標準。學科學習的穩定的連貫性和建立、安排這種連貫性的方法，可以由這些標準來決定。
學科裏內容的成分不同，掌握的客體就不同，所以必須注意把每門學科裏應當掌握的動作分為幾組。譬如，學生在掌握知識時常常會碰到信息、掌握信息的方法、教師在不同的情況下指出的運用這些信息的方法和創造性運用已掌握的知識等問題。
此外，學科裏有些活動方法與理論知識無關，隻和描述動作方法的知識有關，如切削、變位、乘和除、書寫、製定計劃和作摘要，等等。
這些活動方法(技巧和技能)，學生應當學會，要會模仿，也要會創造。