第二階段，20世紀90年代初至20世紀90年代末，是高校廉政研究的發展階段。鄧小平南方談話後，隨著社會主義市場經濟體製的逐步建立，高校經濟活動日益增多，與社會交往日益頻繁，特別是高校體製改革不斷深化，辦學自主權不斷擴大，市場經濟的正、負麵影響在高校中都有所反映。在這一階段，由於高校實行收費雙軌製，具有行業特點的招生考試中的不正之風以及利益驅動為特色的亂辦班等問題逐步上升，經濟類案件也開始占有一定比重。進行高校廉政建設，已經成為一種現實需要。因此，對高校廉政的研究逐步開展起來。這個階段，關於高校廉政的研究論文數量開始增多。1990～1999年，CNKI上專題論述高校廉政的論文40篇。研究注重綜合性，對高校廉政進行了整體的思考。比如，《合肥工業大學學報》1991年第2期發表的《加強高校廉政建設之我見》，《河北師範大學學報》1995年第1期發表的《試談加強高校黨風廉政建設》，《河北醫科大學學報》1995年第6期發表的《新形勢下高校的黨風廉政建設》，《思想·理論·教育》1996年第3期發表的《新形勢下高校廉政建設的思考》，《北京教育（高教版）》1996年第5期發表的《關於高校黨風廉政建設的幾個問題》，《高校理論戰線》1998年第5期的《高校黨風廉政建設麵臨新課題》，這些文章都從宏觀的角度對高校廉政進行了思考和研究。1999年1月，武漢理工大學出版社還出版了由陳磊主編的論文集《高校黨風廉政建設理論與實踐》，體現了這個階段對高校廉政的研究進入了一個比較成熟的階段。
第三階段，世紀之交至今，是高校廉政研究的成熟階段。高校麵臨擴招、調整兩大任務同時進行，高等教育實現了跨越式大發展，各種深層次的矛盾和問題逐步顯現。特別是進入新世紀後，基建任務猛增，由於管理滯後，在基建工程、物資設備和圖書教材采購、預算外資金監管等領域，不僅案件數量增長很快，涉案金額也越來越大，串案、窩案增多，職務犯罪多發並呈上升趨勢。對高校廉政進行研究已成為一種迫切需要，研究的手段、方法逐步豐富化，研究內容不斷深入並專題化。一是這段時期，關於高校廉政的綜合性思考文章明顯減少，研究高校廉政單個方麵的文章顯著增多。比如，在研究廉政建設責任製方麵，《石油大學學報》2000年第1期刊登的《關於高校黨風廉政建設責任製的思考》《學校黨建與思想教育》，2000年第6期的《建立和健全高校黨風廉政建設責任製的運行機製》和第9期的《強化高校黨風廉政建設責任製勢在必行》，《成都師範高等專科學校學報》2002年第1期的《對高校黨風廉政建設責任製問題的思考》，《浙江師範大學學報》2002年第3期的《增強責任意識搞好高校黨風廉政建設》，《上海理工大學學報》2002年第3期的《高校黨風廉政建設的責任追究製度初探》，《信陽農業高等專科學校學報》2003年第1期的《高校落實黨風廉政建設責任製工作中的難點問題和對策》，《揚州大學學報》2004年第4期的《試論高校進一步落實黨風廉政建設責任製的對策》，先後11篇論文都從不同角度對責任製進行了解析；尤其是2006年來，關於高校廉政文化的論文有50篇。二是研究的態勢趨於平穩。從1999～2007年，關於高校廉政論文每年都保持10篇以上。
二、當前高校廉政建設研究的主要內容
在近20年的研究過程中，關於高校廉政的研究，目前已經形成了一批成果，在較多的觀點上也形成了較一致的觀點和意見。
1．關於加強高校廉政建設的原因及意義
學界普遍認為，高校改革發展過程中麵臨的新情況和新問題是加強高校廉政的原因。北京大學的侯誌山認為，高校廉政麵臨4個方麵的挑戰；一是來自權力的挑戰；二是來自金錢的挑戰；三是西方思想文化的挑戰；四是社會消極腐敗現象的挑戰。
《黑龍江高教研究》2005年第2期刊登的《關於加強高校黨風廉政建設的幾點思考》指出，加強高校廉政建設主要體現在兩個方麵的意義，一是要從教育的性質、功能、規律的高度闡述加強高校黨風廉政建設的極端重要性；二是腐敗現象已經蔓延到高校，加強高校黨風廉政建設已顯得非常必要。
《西南民族學院學報》2003年第5期的《新形勢下高校廉政建設的特點和對策分析》指出，加強高校廉政建設有三個方麵的原因，一是培養高素質“四有”人才的需要；二是確保人才培養質量的需要；三是從源頭上預防和治理腐敗的需要。