（1）官府撥付
在中國古代，書院主要是由民間而非官方舉辦的高等教育機構，所以，書院在其本質上相當於今天的民辦高校。雖然書院在其性質上帶有“私”字，但大多得到官府的資助，實為官府撥付。官府撥付按其主體又可分為皇帝賜撥和地方各級官府的撥付。官府之所以要資助書院的建設，原因有二：其一，由於一些著名書院如白鹿洞書院、應天府書院等的影響，官府意識到書院的確能起到培養人才、感化社會之功效；其二，統治者為了維護其統治，對書院以賜田、賜金等方式進行拉攏甚至控製。如宋仁宗皇帝天聖二年（公元1024年）賜田三頃給江寧府茅山書院，景枯二年（公元1035年）賜田給嵩陽、石鼓、應天府諸書院，清雍正十一年（公元1733年），雍正皇帝賜各省會城書院帑金一千兩白銀，等等。除了官府主動撥付外，書院向官府請求資助也不乏其例。
（2）社會捐贈
社會團體和個人，包括一些政府官員的捐贈也是書院辦學經費的重要來源，甚至可以說是書院經費最穩定、最重要的來源。自書院形成之日起，就一直不斷地得到來自社會各界的捐田、捐資。社會各界對書院踴躍“樂捐”的原因多種多樣，主要有：
①受“萬般皆下品，唯有讀書高”思想的響，既然“讀書高”，捐資興學的個人也就受人尊敬了；②書院采用把捐資者的大名載入書院誌中或立碑銘記的方法來回報捐資者，這種方式極大地激發了民眾捐資書院的積極性；③官府對捐資書院者進行嘉獎，如道光二十二年（公元1842年），童生劉大鑄、王應康就因為給書院的個人捐款達三百兩以上而被官府授予八品頂戴。正是這些原因，使社會各界踴躍捐田、捐銀，有力地保障了書院教學工作的順利進行。特別值得一提的是，婦女在支持書院事業發展中作出了積極的貢獻。在書院發展極為興盛的江西，就有婦女捐資興辦書院的傳統。江西萬載縣的龍河、龍雲、鵝峰等書院皆由女性捐資興建。
（3）書院經營
官府撥付和社會捐贈多發生在書院始建之時，而書院建成穩定之後，其本身的日常開支就主要依賴於自身的經營了，書院經營是書院經費的重要來源之一。書院經營主要是指書院自主經營官府撥付和社會捐贈的田產和金銀等，如金銀直接用於書院的日常開支或作其他投資以收取利息等，田產可用以耕種或租給他人以收取田租等。在書院的經費中，金銀數量畢竟有限，不敷長久開支，且易被挪作他用，而其田產（學田）卻因租息可長久開支。因此，書院管理者如何充分利用學田就顯得非常重要。除了出租學田以獲取租息外，書院還可結合自身的優勢，進行一些經營活動，如：刊印、出售圖書以獲得適量銀錢。
2．不拘一格的教學特色
古代書院教育不拘一格，有其獨有的特色，在教學活動上，書院教學與學術研究相結合，突出地體現出研究性教學的特色。
書院既是教學中心，又是研究中心。書院的主持人，大多具有較高的學術水平，在書院進行講學的一般都是著名學者。如：顏元、黃崇羲、戴震等就曾在各書院講學。在書院的教學活動中，導師主要通過學術研究帶動教學，將其研究的成果轉換為具體的教學內容。除講學外，導師主要從事研究和著述，他的許多思想見解都是通過自己的著作傳授給學生，而學生的大部分時間又都在自學、自行鑽研、自行理會以及在相互切磋中提高。此外，書院的教學活動還往往通過遊曆、訪學、參加講會等來完成。
在教育製度和形式上，書院則主要具有以講會製度為中心，質疑問難、自學讀書等多種形式並存的開放式教學特色。
講會是書院的主要教育組織製度，是書院區別於一般官學的重要標誌，尤其是南宋書院的教學不拘泥於一家之言，允許不同學派開展爭辯，進行會講，在一定程度上體現了“百家爭鳴”的精神。書院的講學，一般說來有三種形式：第一種是學術傳授的講學，往往由大師親自主講，在書院內授課，主要任務是闡發儒經義蘊或學派的要領。例如，朱熹在白鹿洞書院，陸九淵在象山書院，張栻在嶽麓書院主講。第二種就是講會，它是大師、師友或師生甚至社會上的書生聚會在一起，自由講學、自由爭辯，從而提高學術水平的一種活動。目的在於通過相互探討爭辯，或發揮一個學派的精義，或辨析不同學派間的差異。第三種講學，是宣教式的講會，聽講人不限於書院學生，目的在為統治者起訓官化民的作用。另外，書院的講學者大體上可分為三類，一是書院主持人（山長、洞主）自講，二是延請名師學者蒞院演講，三是由高足弟子代講，這是漢代以來令弟子次相講授傳統的繼承；而名師學者來書院講學，聽講者不受地域和學派限製，較為開放，不同學派可相互交流、論辯。