政府對大學的集權管理深入大學內部，並對大學內部治理結構做出了全新的安排。1950年《高等學校暫行規程》規定“大學及專門學院實行校（院）長負責製”，“在校（院）長領導下設校（院）務委員會”，校長是大學的最高行政負責人，校務委員會為最高審議決策機構。該規程明確了校長和校務委員會的職責，但沒有規定教授等學術人員在大學決策中的地位，在取消了教授會和評議會製度後，沒有規定成立新的由教師群體組成的學術事務決策機構。大學的主要管理者——校長、副校長、教務長等由中央教育部任命，他們是代表國家來管理大學，擔負替政府管好大學的使命。
隨著形勢的變化，大學不僅被行政化，而且更進一步被意識形態化。1956年，黨的八大修改黨章，確定大學實行黨委領導製度；1958年，中共中央、國務院發布《關於教育工作的指示》，批判了“外行不能領導內行”的觀點，要求在所有高等學校中實行黨委領導下的校務委員會負責製，同時各級黨委要向學校輸送黨員幹部，以加強黨對教育事業的領導；1961年的《高教六十條》再次規定大學實行黨委領導下以校長為首的校務委員會製。至此，大學建立起比較完備的黨委領導體製，黨務係統進入大學，並掌握了最高決策權，進一步增強了對大學的控製。值得一提的是，《高教六十條》在規定校務委員會人員構成時有了變化，增加了“若幹教授”的要求，體現出對學術人員參與大學決策的重視，但是它仍然沒有對教師群體參與學術事務決策作出規定。
造成此種現象的原因，不僅是集權的政府計劃體製使然，同時也是黨的知識分子政策所致。新中國成立後的最初30年裏，國家依然堅持以階級鬥爭為綱，而黨對知識分子階級屬性的認定一直處於搖擺之中，知識分子從最初的思想改造的對象，淪為被批判、被鬥爭的“臭老九”和“牛鬼蛇神”。在政治化陰影籠罩下，大學學術活動屢遭破壞，大學教師作為學者的光環逐漸退去，而一旦不從事科研活動，教師的權利意識也會萎縮。在很長時間內，中國大學教師就是普通的本科畢業生，幾乎不從事科研活動，大學作為一個簡單的教育機構，逐漸失去了生氣。最終，無論在製度形態上，還是精神氣質上，大學徹底淪為了行政附屬物。
二、經濟轉型時期中國高校的廉政建設
十一屆三中全會以後，中國的經濟體製逐漸向社會主義市場經濟體製轉變，同時國際環境得到改善，和平與發展成為時代的主題，我們黨所處的地位、環境及麵臨的任務發生了很大變化，麵臨新的考驗。以鄧小平為核心的中國共產黨人立足於世情、國情、黨情，按照執政黨建設的規律，迎接時代的挑戰，在研究新情況、解決新問題的過程中，產生了經濟轉型時期廉政建設思想。
1．廉政建設應以經濟建設為中心
在認清我國處於並將長期處於社會主義初級階段的基本國情後，我黨製定了“一個中心、兩個基本點”的黨的基本路線，其中“一個中心”指的就是“以經濟建設為中心”。廉政建設要執行黨的基本路線，就要自覺服從和服務於經濟建設這個中心。鄧小平指出：“離開了經濟建設這個中心，就有喪失物質基礎的危險。其他一切任務都要服從這個中心，圍繞這個中心，決不能幹擾它，衝擊它。”
高校廉政建設服從和服務於經濟建設這個中心，其基本依據在於高校廉政建設要靠發展，發展才是硬道理。鄧小平指出：“中國解決所有問題的關鍵是要靠自己的發展。”他認為：“精神文明說到底是從物質文明來的。”解決國內各種問題，保持穩定局麵，做到長治久安，離不開發展；加強精神文明建設，提高社會的文明程度離不開發展；加強黨風廉政建設，深入開展反腐敗鬥爭，也離不開發展。高校廉政教育服從和服務於經濟建設這個中心，一方麵是對社會主義本質的科學認識，社會主義的本質，是解放生產力，發展生產力，消滅剝削，消除兩極分化，最終達到共同富裕，因而經濟的發展是社會首先需要的；另一方麵則是廉政建設自身發展的需要，在廉政建設為改革開放、發展經濟提供健康向上的政治局麵和安定團結的社會環境的同時，經濟建設的成果也在不斷為廉政建設提供強大的物質基礎。“隨著經濟的發展，隨著科學文化和教育水平的提高，隨著民主和法製建設的加強，目前社會上那些消極的現象也必然會逐步減少並最終消除。”