我們認為，獨立學院的辦學定位也應在現有的高等教育格局下考慮，一是人才培養目標定位，二是服務社會定位。在人才培養目標的定位上，以應用型專業、技術型人才為培養目標，所培養的學生有比高等職業技術學院學生較好的理論基礎和係統的知識體係；有比普通高等學校學生更強的實踐動手能力和技術應用能力。在服務社會定位方麵，應注重服務地方和區域經濟社會的發展。如電子科技大學中山學院定位為辦“高水平的應用型大學”，主要為“珠三角”地區培養人才。如電子科技大學中山學院的辦學思路是“以市場為導向，以質量為核心，以創新為根本，以成才為目標”，發展定位為“立足中山，麵向全國，以IT為特色，理工滲透，經、管、文協調發展，培養高素質人才”。學院辦學9年，培養全日製本專科生1.8萬人，80%左右投身於“珠三角”地區的經濟發展和社會建設。同時，學院還發揮“智庫”作用，積極建言獻策，為中山經濟社會發展提供了有力的人力智力支持。2011年10月10日，電子科技大學和廣東省中山市人民政府就合作舉辦電子科技大學中山學院簽訂合作辦學的補充協議，明確了中山學院的單位性質、人員身份、資產過戶、管理費用、辦學規模和形式等。根據協議，中山學院實行理事會領導下的院長負責製，學院招生在麵向廣東及全國招生的基礎上按有關政策盡量增加中山生源指標，畢業生優先滿足當地需要。中山市委市政府將大力支持電子科技大學中山學院的發展。電子科技大學成都學院定位為：堅持在傳承電子科技大學電子信息人才培養優勢的基礎上，辦好傳統優勢類專業、特色類專業和服務地方經濟發展的三類專業；堅持在辦學過程中實施“麵向行業，麵向就業，麵向市場”，不斷推進教育創新和管理創新，實施培養目標多元化，培養模式多樣化，全力培養有係統理論基礎和工程實踐能力，具備可持續發展潛力和創新精神的應用型科技人才和技術領軍型應用人才。學院致力於培養國際型、複合型、有特色的應用型科技人才，強調以電子信息技術為核心，工、管、文和藝術類多科性協調發展，立足成都、輻射西部，以建設有特色的國內一流獨立學院為發展目標。
從獨立學院發展十幾年的曆程看，圍繞國家及所在地區區域優勢產業，集中辦學資源進行與區域優勢產業高度相關的專業發展，是其成功的戰略選擇。
對一些基礎好，辦學實力強的獨立學院也可以向培養高層次人才發展。2011年10月，有5所民辦高校通過教育部審批，獲得研究生招生資格。這是新中國成立以來我國民辦高校首次獲得研究生招生資格，標誌著民辦高校學曆培養層次進一步提升，也為獨立學院向培養高層次人才的發展開辟了通道。
（四）創新辦學管理模式
獨立學院要健康地發展，辦出水平，辦出特色，還要靠管理體製和運行機製的創新，而體製、機製的創新又必須有規範的法律法規來保障。因此，要努力建立和完善“獨立學院的大學章程”，要通過立法建規的方式，明確獨立學院內部與外部的管理體係，要理順申辦方、投資方、地方政府、上級政府教育主管部門對學校管理的權利和責任；申辦方、投資方、辦學方對學校直接管理的權力和責任；董事會及董事長、校（院）長、黨委書記各自的權力和責任等，包括黨委書記、黨的組織建設的具體要求和規定等。在大學章程中重點明晰董事會、校（院）長、黨委及學校內部組織的職責和權利。
從內部組織機構來看，絕大部分獨立學院的組織機構都比較精簡，這一點是獨立學院的有利條件，但在保持組織機構精簡的同時，還要高效。
在管理上，進一步借鑒企業、國外等辦學機構的經驗和方式，也可吸收其參與管理，實現多種形式辦學；要根據國家和地區經濟社會發展變化，及時調整辦學規模和培養方案，使學生在就業時有競爭力，工作中有持續發展能力。
師資隊伍的建設也要納入管理的重點，一是專任教師的具有博士學位的教師應逐年增加，二是教師隊伍的質量要不斷提高。建議教育行政部門出台相應的政策和提供一定的指導，對獨立學院專任教師的數量和學曆提出指導性的要求，並督促實施；對獨立學院教師培訓納入計劃，把教育行政部門的培訓和獨立學院自己通過各種方式和培訓結合起來，切實保證獨立學院的辦學能力和培養質量。
獨立學院是我國高等教育體製改革的試驗田，十幾年的成績是有目共睹的。我們相信，在這塊試驗田中，一定會湧現出一批有特色的有影響的大學。