東晉時，豫章內史梅賾根據一些散逸的《尚書》文字編撰成所謂古文《尚書》25篇，後人稱之為“偽古文《尚書》”。他又吸收了原今文《尚書》，將其離析為33篇，兩者拚湊，以符合劉向、鄭玄校注的古文《尚書》58篇之數，向朝廷呈獻。梅賾所獻的古文《尚書》，收在如今通行的《十三經注疏》本中，它實際上是由今文《尚書》和偽古文《尚書》合並的。因此，現傳《尚書》，隻有今文才是真本，古文則是梅氏偽造的。《十三經注疏》中還有梅賾偽造的《尚書孔氏傳》13卷，說是西漢孔安國解釋《尚書》之作。梅氏編選的這些偽書，直到清代閻若璩作《古文尚書疏證》時才被徹底揭穿。古代對《尚書》的研究，除了《十三經注疏》中的注疏外，宋代蔡沈的《書集傳》也是《尚書》研究的重要成果。
《詩經》
全文39000餘字，原稱《詩》，是我國最早的一部詩歌總集，分“風”“雅”“頌”三類，其中有廟堂之詩，卿大夫之詩，也有民歌，時代從西周到春秋中葉。春秋戰國時，諸子各家都曾習《詩》用《詩》，但各家相比，以儒家對《詩》的整理水平最高，傳授最成係統，《詩》漸漸成為儒家專門的經典。《詩經》在漢代有齊、魯、韓、毛四家傳授，前三家屬於今文詩學，立於學官，但至魏晉以後逐漸衰亡。毛亨、毛萇所傳的毛《詩》屬於古文詩學，流傳至今，共310篇，其中六篇僅存篇名而無詩文。曆代《詩經》學研究的成就，除《十三經注疏》中的毛傳、鄭箋、孔穎達正義外，南宋朱熹的《詩集傳》，清代陳奐的《毛詩傳疏》、馬瑞辰的《毛詩傳箋通釋》、姚際恒的《詩經通論》、王先謙的《三家義疏集》等，成就也較突出。
《儀禮》
全文57000餘字，原稱《禮》，漢代又稱《士禮》、《禮經》，晉代以後稱《儀禮》，它是現存最早記載古代禮儀的書。《儀禮》成書於東周時期，但書中所載的各種典禮儀式，應在此書之前就存在了。孔子辦私學時，通過對古禮的整理編輯形成了《禮》的教材，禮是孔子講學的重要課程，也是儒學的重要內容。
西漢初，由魯高堂生傳下《儀禮》17篇，在西漢中分為大戴（戴德）、小戴（戴聖）、慶普三家禮學，它們都屬於今文經學，立於學官。1959年在甘肅武威發掘出漢代抄在木簡上的《士禮》多篇，屬慶普傳本，為研究《儀禮》提供了重要的參考。流傳至今的《儀禮》是由東漢鄭玄注釋的劉向《別錄》本，其篇目與西漢學官的《儀禮》相同，都是17篇，包括士冠禮、昏禮、士相見禮、鄉飲酒禮、鄉射禮、燕禮、大射禮、聘禮、公食大夫禮、覲禮、喪服禮、士喪禮、既夕禮、士虞禮、特牲饋食禮、少牢饋食禮、有司徹等。另據《漢書·藝文誌》記載，又有《禮古經》56篇，是古文《禮經》，其中有17篇與今文《禮經》基本相同，另外39篇漢代稱為《逸禮》，已經失傳。《儀禮》研究，除《十三經注疏》中的鄭注、賈疏外，南宋朱熹的《儀禮經傳通釋》、清人張爾岐的《儀禮鄭注句讀》、淩廷堪的《禮經釋例》、胡培暈的《儀禮正義》，都是較重要的著作。
《禮記》
全文99000餘字，又名《小戴禮記》。先秦禮學家們傳習《禮》的同時，也傳授一些相關的參考資料，這種資料叫作“記”，是對《禮》的內容進行解釋、說明和補充。西漢時《禮經》立於學官，禮學博士在講《禮經》時也選用一些“記”作為輔助教材。東漢中期，注講《禮經》的“記”隻存兩種：一是戴德選輯的85篇本《大戴禮記》；二是戴聖所編的49篇本《小戴劄記》。鄭玄為《小戴禮記》作注，於是傳習它的人越來越多，影響越來越大，這就是流傳至今的《禮記》。由於鄭玄也給《儀禮》《周禮》作注，所以三書並稱“三禮”。
東漢以後，《禮記》的地位逐步上升，這是由於《儀禮》僅僅記載了一些禮儀製度，而《禮記》則更多地論述了這些典禮製度的意義和作用，從理論上闡述了儒家的“禮治”思想，更利於統治者發揮和利用。於是到了唐代，《禮記》從原來經傳的地位升格為正經，並代替《儀禮》進入唐代“五經”。
《禮記》作為一部儒學雜編，內容很龐雜。有不少內容是專門說明《儀禮》的，如《冠義》《昏義》等，這些篇章探討了製禮的深義，是研究儒家禮治思想的重要依據；有些篇章談到儒家對國家、社會製度的設想，如《王製》《禮運》；有的篇章講人生哲學和道德修養，如《大學》《中庸》和《儒行》；有的篇章借孔子之名闡述儒家理論，如《仲尼燕居》《孔子閑居》等；還有講教育的《學記》，講音樂的《樂記》。此外，有不少篇章是雜記各種禮製、禮儀規則及喪服喪事的。除《十三經注疏》中對《禮記》的鄭注、孔疏外，注釋《禮記》較有名的著作還有宋代衛湜的《禮記集說》，清代朱彬的《禮記訓纂》、孫希旦的《禮記集解》。
《周禮》
全文45000餘字，原名《周官》，西漢末年劉歆將它改名為《周禮》。這是一部記述政治製度的書，由戰國時期的儒者以周王室及春秋各國的官製為基礎，並根據儒家的政治理論，設計了一套理想化的製度作為全書內容。《周禮》分天官塚宰、地官司徒、春官宗伯、夏官司馬、秋官司寇、冬官司空六部分，其中“冬官司空”已亡佚，漢人用先秦古籍《考工記》補入。全書記載300多種職官，並對其職掌作了介紹，其中有不少內容是周代政治製度的如實記錄，因此《周禮》仍是研究古製的重要典籍。
據《漢書·河間獻王劉德傳》記載，西漢景帝時，河間獻王在民間搜集到古本《周官》，因此《周禮》屬於古文經書，漢末立於學官。《周禮》除《十三經注疏》中的鄭注和賈疏外，清代孫詒讓的《周禮正義》是研究此書的重要著作。
《春秋》及三傳
“春秋”曾作為東周各國國史的通稱，現存《春秋經》是東周時魯國國史的專稱。它記載了魯隱公元年（前722）至魯哀公十四年（前481）共244年的魯國曆史。孔子曾對《春秋》進行修訂和整理，列為“六經”之一，作為在私學傳授曆史知識的教材。《春秋》經文對史事的介紹十分簡短，全書不過16000餘字，所以分別出現了一些解釋《春秋》的“傳”。
據《漢書·藝文誌》記載，西漢解釋《春秋》的有五家，即左氏、公羊、觳梁、鄒氏、夾氏。但鄒氏無師，夾氏無書，實際上產生重大影響的是《左傳》《公羊傳》和《姅梁傳》。《左傳》是一部獨立的史著，在司馬遷《史記》中稱為《左氏春秋》，東漢班固作《漢書》才使用《春秋左氏傳》的名稱。在漢代尊經的情況下，它和《公羊傳》《觳梁傳》一起被視為解釋《春秋》的傳。事實上，《左傳》是參考《春秋》經而作的史著，並不單為解釋《春秋》。西漢時，《左傳》作為古文經，一直在民間流傳，未立於學官，劉歆“治《左氏》，引傳文以解經”（《漢書·劉歆傳》），並力爭將《左傳》立於學官，遭到今文經博士的反對，理由之一就是它不傳《春秋》。西晉杜預作《春秋經傳集解》後，才將《左傳》拆開附於《春秋》各條經文之下，合為一書。兩書合並後，可看出《左傳》編年起於魯隱公元年（前722），終於魯悼公四年（前464），比《春秋》經多出17年。合並後的《春秋左氏傳》中還有不少“無經之傳”，則原《春秋》不載而《左傳》有文。以隱公元年為例，經有七條，都有“傳”；“傳”有14條，其中7條是“無經之傳”。
在《春秋》三傳中，《左傳》以敘事為主，而《公羊傳》、《姅梁傳》則以釋經為主，敘事極少，因此後兩傳不能作為史書，而隻能作為純粹的經書來讀。漢代《公羊傳》和《觳梁傳》都立於學官，屬今文經，漢代以後儒者常利用此兩傳發揮自己的政治觀點，因此這兩部經傳，特別是《公羊傳》，在經學史、思想史上也具有很大影響。
《論語》
這是一部記載孔子和他少數學生的言論行事的書。“論語”一詞，最早見於《禮記·坊記》，說明《論語》在西漢以前就已流行。按照《漢書·藝文誌》的記載，《論語》是在孔子身後由他的弟子或再傳弟子將平時的記錄彙纂成書的。它在西漢時還被看作是傳、記一類著作，隻作為經書的輔翼。東漢以後才作為正式經書列入“七經”。《論語》全書12000餘字，分20篇，書中保存了孔子大部分豐富的思想內容，是研究孔子及孔門弟子的必讀書。西漢流行的《論語》有古《論》、齊《論》、魯《論》三家，前者屬於古文經學，後兩者屬今文經學。自漢代開始，《論語》就受到高度的重視，曆代研究著述層出不窮，較重要的研究著作有《十三經注疏》中的何晏集解和邢禺疏，還有南宋朱熹的《論語集注》，清代劉寶楠、劉恭冕的《論語正義》。
《孟子》
這是一部孟軻言論行事、包括他和門人弟子相互問答的記錄。《孟子》一書主要由孟子的門人萬章、公孫醜兩人所記，孟子本人親自潤色過，成書於戰國晚期。全書34000餘字，分梁惠王、公孫醜、滕文公、離婁、萬章、告子、盡心七篇，每篇又分上下。班固《漢書·藝文誌》著錄“《孟子》，凡十一篇”。東漢應劭《風俗通義·窮通篇》說：“孟子著書十一篇，七篇為中，四篇為外。”與應劭同時的趙岐認為外書四篇文義膚淺，懷疑是後世偽作，因此他作《孟子章句》隻作內書七篇。後來，趙岐作注的七篇流傳下來，而外書四篇則逐漸亡佚了。在漢代，《孟子》同《論語》一樣，僅被看作是傳、記類著作，直到宋代，才被作為經書列入“十三經”之中，《孟子》一書是最後進入“十三經”的。它反映了孟子係統的哲學思想和社會曆史觀，其中“民為貴，君為輕，社稷次之”的重民思想非常可貴，而明太祖朱元璋則對此極為不滿，他下令刪節《孟子》中有關重民內容的章節85條，書稱《孟子節文》，並不準士人學習這些刪掉的內容。
對《孟子》的研究從漢代就已開始，《十三經注疏》中趙岐的章句和孫爽的正義是重要成果。此外，清代焦循的《孟子正義》則被推為清代注《孟》書中最高水平的著作。
《孝經》
今傳《孝經》1700餘字，分18章，是“十三經”中最短的一部。基本內容是講上自天子、下至庶人等各類人如何行孝，由講孝進而勸忠。《孝經》在東漢時被列入“七經”之一，曆代統治者都非常重視。