近年來，我國沿海頻繁發生大麵積赤潮，主要原因與工農業廢水和生活汙水的大量排入海洋、海水養殖業的擴大、沿海開發程度的提高所導致的海域富營養化越來越高有關；同時，也與國際海運的發展導致有害藻類的引入有關。
為防止赤潮發生，以下幾點應當引起我們的注意：
（一）控製汙水入海量，防止海水富營養化。海水富營養化是形成赤潮的物質基礎，沿海地區人口密集，工農業生產較發達，每年都有大量的工業廢水和生活汙水排入海中。而且，隨著經濟的進一步發展，汙水入海量還會增加。因此，必須采取有效措施，嚴格控製工業廢水和生活汙水向海洋超標排放。按照國家製定的海水標準和海洋環境保護法的要求，對排放入海的工業廢水和生活汙水要進行嚴格處理。海水養殖應積極推廣科學養殖技術，加強對養殖業的科學管理，減少養殖廢水對海洋環境的汙染。
（二）建立海洋環境監視網絡，加強赤潮監視。僅憑國家和有關部門力量，對海洋進行全國監視很難做到。各主管海洋環境的單位，沿海廣大居民，漁業捕撈船，海上生產部門和社會各方麵力量要積極參與，開展專業和群眾相結合的海洋監視活動，擴大監視海洋的覆蓋麵，及時獲取赤潮和與赤潮有密切關係的汙染信息。
（三）改善水質和底質生活環境。在赤潮多發區，養殖某些海藻吸收富餘的氮和磷，可以減少赤潮的發生。在日本，還有利用海底耕耘機在有機物堆積的底泥上拖曳，使底泥翻轉，促進有機物分解，達到改良底質的目的等。應用黏土改良和底質環境；撒播石灰，可起到促進有機物分解、改善底質、抑製磷釋放、防止水體營養化、滅菌消毒和防止發生硫化氫等作用。此外，海洋清潔劑也可作為淨化水質和底質的改良劑。
（四）減緩海水養殖業自身對海洋生態環境的影響。由於人工養殖主要靠投餌，而殘餌的長期積累和腐敗分解，會提高水體的營養鹽濃度，尤其是網箱養殖易於導致富營養化的發生和有毒甲藻的大量繁殖。因此，應選擇一些水質有淨化能力的養殖品種進行多品種混養、輪養和立體養殖，充分利用水體的合理開發等。
（五）發現赤潮後的措施。一旦發生赤潮現象，發現者應以文檔、拍照、攝像等方式記錄赤潮發生的時間、地點、海況（氣溫、氣壓、風向、風速）、水色，赤潮區域範圍和魚貝類活動情況，並及時就近報告當地海洋管理部門。漁民在發現赤潮後，不應在該水域進行捕撈和采集生產，也不宜在赤潮發生水域進行遊泳和其他水上活動。水產養殖區關閉取水口，赤潮發生區和可能影響範圍的養殖網箱應及時轉移。為了便於判斷赤潮的影響，建議發現者及時采集赤潮樣品。采集赤潮水域的水體500mL，用5%~8%的甲醛溶液固定（在采樣瓶中加25毫升左右的甲醛溶液），同時采集赤潮發生水域的野生貝類或養殖貝類，低溫保存，盡快就近送交有關科研單位分析鑒定。