在後世的曆史評論家眼裏，明朝軍事製度，還有一個被人詬病極多的問題——文官帶兵。
這個問題，通常出現在明朝中後期。而這也和明朝的軍事製度有關。明朝出兵打仗，施行的是“專征”製度，特別是在衛所製度穩固的中前期，都是由各衛所出兵，組成軍隊，然後再由德高望重的大將掛帥出征。這樣做的弊病，自然就是兵不識將，將不識兵，除非將領本人極其厲害，否則軍隊的凝聚力和戰鬥力必然受損。明朝開國早期，承擔“專征”職責的，多那些功勳卓著的功臣，比如徐達，李文忠，藍玉等人，這些人有實力有威望，三軍自然服氣，打起仗來更是捷報頻傳。但這套製度的漏洞，到了朱元璋死後不久的“靖難之役”裏就暴露無遺，當燕王朱棣扯旗叛亂後，擁有全國軍事力量的建文帝朱允炆，三次調動百萬大軍北上，圍殲隻有十數萬人馬的朱棣，他同樣采取的是專征製度，但選擇的人選，卻是毫無軍事經驗的李景隆，結果明軍大敗虧輸，近百萬人被隻有十多萬人的朱棣打的全軍覆沒，最後連皇位都被朱棣奪了去。朱棣登基後改年號為永樂，作為一個馬上皇帝，他登基後第一次對北方蒙古的征伐，就給了他當頭一棒，當時他給予國公邱福專征大權，命他統兵十萬征討韃靼，結果邱福輕敵冒進，反而全軍覆沒。後來的五次北征，吃了虧的永樂皇帝不敢再委以他人，全是自己親力親為，五次北征草原的壯舉，成就了他“馬上皇帝”的赫赫榮光，卻也給他的兒孫“挖了坑”。他的重孫子明英宗也學他的模樣親自“專征”，結果沒征贏不說，自己反而被敵人瓦剌給“蒸”了——土木堡五十萬大軍全軍覆沒，專征的明英宗本人也當了俘虜。
從上麵的例子可以看出，“專征”這種模式，對於明朝來說是把雙刃劍，本身專征軍隊的組建，就是以從各處調兵的方式完成，軍隊的團隊凝聚力肯定會受影響，這就需要承擔命令的將領擁有卓越的素質，可一旦給予將領的事權過大，就會造成專權，讓中央政府難以控製。所以既要放權，也要節製權力，就成了這個模式最需要做的事情，終整個明朝，曆代皇帝在軍事指揮權方麵動腦筋最多的，也是這個事情。早期朱棣的方式，就是既然信不過別人，那就皇上自己來，但有了土木堡之敗的教訓後，自己來顯然是不可能了，要解決問題，還是需要從製度上想辦法。
自從土木堡之變以後，明王朝在這個問題上想了很多辦法，但從整個明朝中前期來看，除了皇帝禦駕親征的那幾次外，通常承擔“專征”任務的，都是具有公侯爵位身份的武將們，也就是說，如果你穿越到中前期的明朝，想成為統帥千軍萬馬的大元帥，那麼除了穿越成皇帝本人外，最好就穿越成有世襲爵位的公爵。可是，如果我們看看明朝中後期的曆史的話，卻發現又不一樣，擔任專政統帥的，越來越多是文臣，到了最後，幾乎最高軍事主官，都是清一色的文臣。以強悍武功開國的明王朝，怎麼又回到宋朝“以文製武”的軌道了呢？
說這個轉變，還是要從明朝軍事製度的演變說起，明朝開國政治製度的特點就是分權，放在中央，就是統兵權和調兵權分開，放在地方上，就是地方兵權和行政權分開。可是隨著曆史的演進，這套分權製度的弊病也越來越多，特別是地方上，由於事權不統一，真出了事互相扯皮，結果事情辦砸了，扯皮還沒完。為了不扯皮，從明朝第三任皇帝明成祖開始，明王朝就著手統一事權，在省裏設巡撫，管轄兵馬，民事，司法大權，然後又設富有管轄多省權限的總督。這兩個職務，主要就是統一兵權，而這兩個職務，都是由中央文官兼職的臨時性職務，巡撫是由中央副部級（侍郎）文官兼職，總督是由中央部級（尚書）級別官員兼職。也就是說，地方的軍權，隨著這兩個職務的設置，開始由文官來執行。之所以會做出這個選擇，原因是很多的，第一個原因，就是明朝各類政治力量的此消彼長，明初尤其是朱元璋時代，武將集團的話語權極高，開國六公爵，五個都是武將（李善長除外），可隨著明朝政治穩定，國家轉入和平建設時期，武將的作用日益下降，地位也就隨之下降。更重要的因素是，文官隨著科舉製度的發展，力量迅速壯大。而從明朝中期開始，武將的選拔，也有了以武舉為代表的科舉途徑，而武科舉不止考武藝，真正決定中榜的是策論環節，也就是要考上，必須也要熟悉兵法戰策，考評權主要由兵部文官來執行，這樣一來，武科舉出身的武將選拔權，其實也漸在文官手裏。此外，明朝兵部的權限也逐漸擴大，明初的兵部，和五軍都督府之間是相互牽製的，但隨著衛所製度的破壞，構架在衛所製度上的五軍都督府，也日益虛化了，而兵部的權力卻日益強化，特別是隨著募兵製的推行，軍隊的供給，由原先依托衛所製度自給，變成了文官政府財政撥款，如此一來，文官集團對軍隊的話語權，自然也無比強大。而那些擁有世襲公爵的武將們，隨著老一代的故去，下一代的能力，大多很難和上一代相比。也就是說，明朝建立後，文官的力量一直是壯大的，傳統公爵武將的力量，卻是一直弱化的，到了明朝中期以後，隨著衛所製度的破壞，明朝逐漸開始用大規模的募兵製度來取代衛所製，由於募兵的統轄帶兵，主要由武將來負責，為了製衡武將，勢必也要提升文官的權力，用文官來製約武將。於是以文製武的體製，就這樣形成了。而最重要的一個原因，卻還是帝王本人的抉擇，對於帝王來說，文官固然討厭，但是文官集團悠久的傳統和其自身特點，決定了受儒家思想出身的文官，最多隻是皇權的製衡者而不是挑戰者，但武將則不然，驕兵悍將在曆代都是皇權大忌，從國家穩定和皇權安全性來說，文官是執行兵權的最好選擇。明朝的軍事製度，在繞了一個大彎後，最終還是走上了以文製武的軌道。與其說是明朝的弊病，不如說是曆史發展的必然。
然而即使對於文官本人帶兵，明朝也並非完全放心，相反是有一套監督體製的，首先就是“總兵”這個職務，這是明朝中後期以後，大多數純粹的職業武將在軍事生涯裏所能做到的最高官職。（五軍都督府大都督，在明朝中後期成了虛職），而它的地位以及權限，在整個明朝也是經曆了一番變化的。明朝最早的總兵，設於洪武二年（1369年），但在當時，這隻是一個臨時性官職，並沒有品級，主要是給予擔負“專征”任務的元帥的。它真正開始以正式官職的名義確立下來，是在明朝永樂年間，明成祖命何福佩將軍印，充總兵官，從此，總兵一職，才以地方最高鎮守長官的名義確立下來。總兵的特點是常駐地方，並且擁有地方軍隊的管轄權節製權，這樣做的好處在於事權統一，可以提高邊軍的戰鬥力。但為了防止總兵權力過大，明朝在任命總兵的時候，又在總兵之上設立巡撫，用以節製總兵權力。而且隨著宦官集團力量的上漲，明朝在各地又開始設立鎮守太監，由宦官監軍，將文官武將都監視。這樣，明朝的地方兵權，就形成了宦官——文官——武將相互製約的模式，如果有重大軍事行動的話，在三者之上，明朝才委派由更高級別文官出任的總督經略，用以統一事權。所以說明朝的軍製，宦官當家或者武將當家，甚至文官當家都不恰當，這是一個三位一體的模式。