第三師因抵擋不住敵人的攻擊後撤時，陳賡殿後指揮掩護人員。結果在下午1時腳上挨了一槍，倒地不能行走。為了防止敵人追上來認出自己或搜查他的口袋發洋財，他掙紮著脫掉軍裝，從山坡上滾下去，跌在一條田溝裏，血把溝裏的水都染紅了。連長盧冬生跳下來照顧他，陳賡卻要盧冬生快走，不要管自己。
就在這時，國民黨的追兵上來了，盧冬生隻好躲到附近的草叢裏，陳賡把腳上的血往臉上身上亂抹，裝成死人。果然，敵兵見他隻有背心和短褲，身上又到處是血，隻踢了一腳就走了。幾小時後，又聽見有人來，陳賡馬上又閉上眼裝死。身上挨了一槍托後，他偷偷睜開眼一看，身邊來的人脖子上係著紅領巾。於是他高聲喊著“自己人！”盧冬生這時也從草叢中跑出來，招呼葉挺部隊的戰士把陳賡抬了下來。
擔架到了瑞金城後，周恩來、葉挺和許多同誌去安慰他，陳賡忍著傷痛敘述著戰況，並說道：“政治鬥爭是很殘酷的，許多老戰友對殺起來。錢大鈞部隊裏那些黃埔同學，在戰場上那樣拚命作戰，真是中反革命的毒太深了！我們如果要獲得勝利，專憑硬打還是不夠的！”
的確，原先的“同學同道”的黃埔生，現在由於各自站的階級立場完全對立，隻能在戰場上相見。國共之間的正規軍和黃埔生第一次交手，就表現出戰爭的殘酷性，其實這也正是中國社會上階級對立嚴酷性的必然表現。既然刀兵相見，各自都要壓倒對手，戰場上爭取勝利高於一切，就不可能有什麼顧及同學交情可言。
占領會昌的第二天，第二十軍已經撤回瑞金休整，第十一軍在會昌城內清點戰利品，突然發現黃紹竑的一部又集中在會昌東門外附近並占領了有利地形，切斷了會昌與瑞金的聯係。這時第二十四師、第二十五師又出城拚死奮戰，再次把敵人擊退。
聶榮臻回憶當時的情形說：
我們一發現敵人，就組織反擊，黃昏的時候，把敵人打退了。經過這幾仗，我深感起義軍的英勇精神是不成問題的，但我們這些人都很年輕，都缺乏戰役戰鬥指揮經驗，碰到敵人就是硬拚，所以往往一仗下來，把敵人趕跑了，殲敵不多，自己傷亡卻很大。
會昌一仗雖然打贏了，繳獲槍支近5000支，敵軍損失了約5000人，其中被俘近1000人，錢大鈞帶領的7000人的部隊隻剩下3000人向南逃走。起義軍的損失約為敵之三分之一，然而這種表麵上的勝仗仔細講來仍是得不償失。
會昌一仗，第十一軍傷亡了1000餘人，第二十軍傷亡了700餘人，對於起義軍來說等於損失了七分之一的兵力。此外，這一仗雖然繳槍很多，卻盡是敵軍遺棄的打完了子彈的空槍，部隊子彈消耗過半，繳獲的抵不上消耗。敵軍傷亡和武器損失雖大，卻馬上可以得到補充，起義軍在無後方作戰的情況下補充卻非常困難。
尤其糟糕的是，會昌一戰後負傷的1000多傷員無法安置，如果留在當地，部隊一走很可能會被反共民團武裝殺害，而且在農村也無醫無藥治療。然而帶著走，更是困難重重。有軍事知識的人都知道，在無後方作戰的情況下，部隊最怕有傷員。如果對作戰受傷的人棄之不管，必然嚴重影響士氣，以後打起來誰還肯再拚命向前？可是要管的話，沒有後方政權機構、沒有根據地，又向哪裏安置呢？誰給他們飯吃和治療呢？要帶著走的話，一個傷兵要幾個人抬。會昌下來的傷兵找不到多少民夫來抬，隻好由部隊自己帶著走。另外繳獲的槍也舍不得丟，準備下一步擴軍時用，也更增加了部隊的負擔。
起義部隊占領了會昌城後，參謀長劉伯承馬上跟著跑進縣政府，翻檢錢大鈞部留下的文件，並找近日的報紙。起義部隊離開南昌近一個月，不僅沒有接到黨內的指示，連報紙都看不到，對敵情和國內的政治形勢變化都一片模糊。不“知己知彼”，這仗真難打呢！
翻著報紙，劉伯承好像一個久渴的人得到了甘泉，頭腦頓時清晰了許多。突然，他看到報上登著的第二十軍參謀長陳浴新的反共通電，這個家夥原來就是一個思想與共產黨人格格不入的舊軍官，離開南昌後一星期就拉走700人叛變，並不足為怪。糟糕的是，這個家夥在通電中詳細說明了南昌起義軍南下廣東的計劃和進軍路線，下一步的企圖完全暴露了。
劉伯承拿著報紙，馬上回去找到周恩來，建議立即召開參謀團會議。周恩來也同意開會研究，於是起義的軍事領導們又討論了下一步的路線。
會昌戰鬥後，要盡快進入廣東，當時，有兩條路可走，一是從會昌直接南下，經贛南走尋烏到海陸豐，然後奪取廣州。這條路短，是條捷徑。而且剛剛擊敗錢大鈞、黃紹竑部，乘勝利之威，有可能在敵軍新敗的混亂形勢下順利地進入廣東。
可是多數人經過研究，認為不能走這條路，原因是有上千的傷員，還有許多的輜重，走捷徑運輸困難，最後決定，再折回瑞金，改道入閩，經汀州上杭走水道，把傷員和輜重都裝上船，沿汀江、韓江而下，直趨潮汕平原。