北魏自建國以來，地方縣以下一直沒有建立基層政權組織，就像我們今天農村的鄉、村這些基層組織一樣，而是實行宗主督護製。宗主督護製是特定曆史條件下的特殊產物。自從十六國時期以來，北方戰亂不息，舊有的一套鄉、裏等基層組織都已被破壞，代之而起的是大量塢壁的出現。這些塢壁主就理所應當地成了地方的頭頭。這些塢壁勢力很強大，擁有大量的佃客、部曲和蔭戶，他們合百家為一戶，千人共立一個戶籍，大的甚至控製上萬戶。北魏政權建立後，曾想把中原的塢壁主強行遷到平城周圍地區，以削弱他們的力量，便於控製，但遭到塢壁主的強烈反抗，隻好停止。在這種情況下，北魏政府向塢壁主采取安撫妥協政策，把塢壁主改為宗主，承認他們對本鄉、本地區的統治權，並把它作為北魏政權的基層組織，各自督護所統屬的民戶，負責維持地方治安和賦役的征發。
在宗主督護製下，一戶往往包括三五十家，戶主即宗主向朝廷交納租調，計租粟二十石，調帛二匹，絮二斤，調外帛一匹零二丈，叫做“常賦”，此外還有“雜調”。這些租調都由這三五十家負擔。如果是平均負擔，還不算沉重，但那些大戶根本不出租調，都由窮苦的勞動人民來負擔，使他們更加貧困。而北魏政府所獲得的收入也不多，大部分錢財都落到宗主手中。
隨著北魏政權的鞏固和北方的統一，這種基層組織越來越不適合政權的發展，尤其是宗主大量蔭庇戶口，減少了政府的財政收入和徭役的征發，政府與宗主之間的矛盾越來越激化。485年（太和九年），馮太後采納內秘書令李衝的建議，改革“宗主督護”這一鮮卑舊俗，實行三長製，建立新的地方基層組織。
三長製規定：五家為一鄰，設一鄰長；五鄰為一裏，設一裏長；五裏為一黨，設一黨長。挑選鄉民中勢力大又有辦事能力的人擔任三長，擔任鄰長的民戶免除一人的差役，擔任裏長的民戶免除二人的差役，擔任黨長的民戶免除三人的差役。三長大部分都由過去的宗主來擔任，大戶分成小家，三長也直屬於州郡，他們的職責是檢查戶口，征發徭役和兵役。
在實行“三長製”的時候，北魏大臣們有不同意見，馮太後親自召集文武百官，對這件事進行討論。
馮太後在改革派李衝等人的支持下，克服了守舊勢力的阻撓和幹擾，終於廢除了宗主督護製，實行了三長製。
三長製的實行，清理出大量被蔭庇的戶口，使國家編戶大大增加，政府的財政收入也增加了。政府有了完整的戶籍管理製度，為均田製和新的租調製的實施奠定了基礎。
在馮太後實行的改革措施中，最重要的一項社會改革是實行均田製。
均田製是中國古代社會一種比較完備的土地製度，它始於北魏，經曆北齊、北周、隋、唐，推行近三百年，意義十分重大。北魏在實行均田製之前，土地占有情況是這樣的：國家占有大麵積土地。一部分是京畿地區拓跋部的故鄉，後來擴大了，成為北魏的根本。這些土地上，有牧場，有農田；在這些土地上從事畜牧和耕種的，是被征服的各族人民，被強行遷到這裏，被稱為“新民”，他們的身份相當於牧奴或農奴。國家另一部分土地是中原地區因戰亂，百姓走死逃亡而荒蕪的土地，都歸國家所有。在國有土地存在的同時，還有大量的私有土地。私有土地主要是貴族、僧侶和地主占有的土地。此外還有少量的個體自耕農的私有土地。
北魏統一北方後，拓跋部也逐步地由遊牧民族轉變為定居的農業民族，農業生產成為北魏政府的根本，政府開支和運轉完全靠農業來維持。而拓跋貴族和漢族地主對土地的兼並越來越嚴重，向國家納賦稅的自耕農卻紛紛喪失土地，成為流民或投靠大地主門下，成為依附農民，即佃客。這不僅影響國家對農民的直接控製，也減少了政府的財政收入，同時也造成各族人民的貧困化，容易激化階級矛盾和民族矛盾，動搖統治基礎。土地問題已成為北魏政府必須解決的最急切的問題，政府必須對越來越嚴重的土地兼並加以限製，維持自耕農的數量和地位，以保證租調的征收。在這種形勢下，均田製應運而生。
485年（太和九年）十月，給事中李安世向馮太後提出了均田製的設想，被馮太後采納，遂下令在全國範圍內實行均田製。
均田製規定：不分胡漢，男子十五歲以上，政府授給露田四十畝，婦女二十畝；如果是二年休耕一次的土地，則加倍受田（男子八十畝，婦女四十畝），三年休耕的加兩倍受田（男子一百二十畝，婦女六十畝）。奴婢和平民一樣受露田，奴四十畝，婢二十畝。耕牛一頭受露田三十畝，限四頭牛，其餘的不給。此外，男子受桑田二十畝，桑田種桑五十株、棗五株、榆三株。新受桑田必須在三年內種完，否則，收回不種之地。不宜種桑的地方，男子受麻田十畝，婦女五畝，奴婢也和平民一樣受相同數量的麻田。對新建住宅的，三口給宅田一畝，奴婢五口給宅田一畝。此外，還規定老小殘疾者受給男子受田數量的一半。寡婦受田與一般婦女相同。