滿族人統治了中原後，經常擔心漢族地主和知識分子看不起他們，並利用民族意識反抗清朝統治。於是，清朝統治者一邊努力學習漢族文字，一邊對漢族文人進行防備，大興文字獄。
文字獄，就是從詩詞文章中找出一些被認為是影射、攻擊清朝統治者的字句，然後進行治罪。不但寫文字的作者本人要被治罪，連他的家人、親友，甚至是刻書、賣書、買書的人都要受到牽連，並且往往被施以很嚴酷的懲罰。
文字獄在很多朝代都曾經有過，但在清朝最為殘酷。康熙時，有個浙江人為了附庸風雅，出資刻了一本《明史》。書中在說到明朝末年的曆史時，對努爾哈赤等人直呼姓名，沒有避諱，並且還在記載南明活動時，使用了南明的年號。於是，清朝統治者就把這個浙江人斬首，並把與這本書有關聯的人全部治罪，被牽連的人達幾百個。
後來，又有人檢舉說戴名世所著的《南山集》中記載了南明抗清的曆史，並且帶著同情的口氣。康熙帝立即下令將戴名世關進大牢，後又處死。這一案件受牽連的有300多人。
到了雍正皇帝時，文字獄除了鎮壓有反清複明思想的知識分子外，還成了統治階級內部鬥爭的工具。案件數目增多，吹毛求疵，花樣翻新。許多案件並不是單純由揚州八怪·汪士慎·鏡影水月圖軸於文字內容而獲罪，而是雍正皇帝以文字為借口，打擊政治異己。
公元1726年，禮部侍郎查嗣庭到湖南考試，出了一道作文題是“維民所止”。這句話本來是從古書《大學》上摘下來的，但有人卻告密說，“維”和“止”兩個字正好是“雍正”去了頭，是要砍雍正帝的腦袋。查嗣庭馬上被捕，被判了死罪。
雍正時期最重大的文字獄就是呂留良案。呂留良是明朝的官員，明朝滅亡後，參加過反清複明的鬥爭。他死後，他生前的著作被一個叫曾靜的文人見到了。曾靜對呂留良的主張非常信服，就想把呂留良的主張付諸實行。曾靜聽說陝甘總督嶽鍾琪是漢族，還是嶽飛的後代，就派自己的學生張熙去找嶽鍾琪，勸他起兵反清。哪知嶽鍾琪根本不想反清，就把這件事奏給了雍正帝。
雍正帝非常生氣，把已經死了40多年的呂留良開棺鞭屍，把他的親朋好友一律處死，犯人的家人也被流放。由於這次案件牽連的人太多，雍正帝害怕激起人們的反抗情緒，就赦免了曾靜和張熙。但到了乾隆帝即位時，又把他們兩人抓了回來，淩遲處死。
清朝統治者大興文字獄，給當時的社會造成了一種恐怖氣氛。知識分子們為了明哲保身，紛紛逃避現實，埋頭於整理和考證古籍。