太子劉據這個時候已經知道皇帝派出的鎮壓大軍即將到來，他最先做的一件事是安撫百官，他說，皇帝在甘泉宮，而江充造反，我現在已經將其處理掉，大家盡管放心。第二件事就是調集軍隊，先是把長安城中的囚犯都放了出來臨時組成軍隊。然後又持符節調動駐紮在長安城附近的少數民族的胡人組成的騎兵團。但是由於武帝的使者先到了這個騎兵團，太子這一舉措沒有成功。緊接著，太子又去調集北軍。北軍的最高指揮官立即拒絕了他。
太子沒有辦法，隻好用最後一招，就是把長安城中的百姓組織起來。這些百姓平時對江充恨之入骨，遇到這樣的機會自然會欣喜加入。就是這樣一支軍隊開始與丞相劉屈氂的正規軍作戰，結果可想而知，三日後，太子一方戰敗，太子逃出了長安城。
武帝沒有捉到太子，就把怒氣灑在了跟太子有關的所有人身上。先是將衛皇後貶為平民，衛子夫上吊自殺。太子的東宮屬官隨同太子起兵的，一律誅族，當時私放太子出城的官員全部腰斬。緊接著就是執行秋後算帳，他派出大批官員認定太子同黨，一旦有人證實，絕不審問，立即殺掉。整個長安城中進入了血腥時代。
這個血腥時代需要有人站出來終結他，而這個終結的人不是政府高官，僅僅是並州壺關（今山西屯留東）掌教化的鄉官“三老”，他的名字叫令狐茂。他給武帝上了一道奏折：“臣聞父者如天，母者猶地，而兒子好比是天地之間的萬物。所以天平地安，萬物才茂盛。父慈母愛，兒子才會孝順。而今皇太子為漢家社稷的正式繼承人，將承受萬世的基業，擔負祖宗們的重托，而且他又是皇上的嫡長子。江充，隻不過是一介布衣，窮鄉僻壤出來的無賴，陛下使他顯貴，給他高官大權，而他竟迫害太子，栽贓陷害。而且這些邪佞之人把事情搞得一團糟，太子進則不能見到皇上，退則被那些亂臣賊子所圍攻，他蒙受了冤屈卻無法奏告，所以鬱積憤怒之情到了無法控製的地步，這才殺了江充。他心懷恐懼，所以子盜父兵，用以救難自保罷了。臣竊以為太子並無謀反之心。《詩經》上有一首《小雅*青蠅》是這樣寫的：綠頭蒼蠅真正討厭，把它趕出籬笆外麵。和善明理的正派人，決不聽信挑撥離間。從前江充陷害趙國太子劉丹，天下人有目共睹。現在江充又讒言挑撥皇上和太子的關係，激怒皇上。皇上偶爾疏忽，過度責備太子劉據以致派大兵圍攻，由三公親自指揮作戰。智者不敢言，辯者不敢說，臣感到無限痛惜。願陛下放寬心懷，慰平怒氣。對親人不要過於苛求，不必擔心太子的錯誤，應迅速解除這麼多守兵，別讓太子在外麵長時間的流亡，以致再誤入奸人的詭計。臣一片忠心，謹在建章宮闕外待罪，昧死上聞。”
武帝看完信後，雖然知道這其中的道理，但“追捕太子，無論死活，捕獲者封侯”的命令依舊不改。
幾個月後，逃跑的太子被地方官圍捕，太子自殺而死。屍體運回長安城，武帝突然感覺到了蒼涼。他在大哭特哭後，就令人調查東宮中挖出木頭人的事情。各方麵的調查結果呈送給他後，他發現這是一場冤案。接著又是調查，他再次發現，太子實在是被江充逼得沒有辦法，才采用軍事行動的。
和他迷信神仙一樣，他開始了懺悔過程，他在太子劉據殉難處建立了一座思子宮，又在其中建有歸來望思台。年邁的他經常到泉鳩裏思子宮裏住上幾天，以告慰太子在天之靈。
武帝有一個很不好的習慣，跟我們這個帝國的習慣如出一轍。他給人的感覺是在做一件事之前不加思考，而魯莽的甚至是不計後果地去進行。而當惡果出來後，他又以最委屈最真誠的麵貌出現在世人麵前，做最赤裸裸的懺悔。佛家說，放下屠刀，立地成佛。武帝就是佛家這句話最好的印證。帝國所有的人在他做懺悔的時候，都原諒了是他舉起的屠刀，都忘記了他是殺人凶手。
做錯事一定會受到懲罰這一箴言在我們這個帝國裏是不存在的，作為帝國的最高領導人，他可以毫無愧疚以及毫無責任地將帝國折騰到筋疲力盡，然後反過頭來，簡單地把自己的所為進行一番我們至今都看不出來到底有多少誠意的懺悔。無論是對還是錯，懺悔顯然已經成為武帝的一個統治方法。與匈奴的開戰原本是人間最正義的事業，他也要做一次懺悔；大搞神仙工程而勞民傷財在當時的條件下實在也看不出什麼錯來，他仍舊要做一次懺悔；巫蠱之禍全拜他所賜，他的懺悔已經與事無補，然而，他還是做了懺悔。