清政府怵於義和團的巨大壓力，擔心楊慕時全軍覆沒，隻得發布命令：“武衛前軍左路步兵營，現駐高碑店等處防禦，地麵諸多不便……該統領即便遵照，迅將所部各營撤赴聶軍門駐紮處所。”說明白了，這無疑是清政府宣告了自己“剿滅”計劃的破產。
廊坊大捷義和團在蘆保鐵路沿線反“剿辦”戰鬥的赫赫戰果，不僅使清政府驚駭異常，對於列強各國，也不啻是個晴天霹靂。它們真正感到事態的嚴重了。
各國駐華公使深感局勢嚴重，便紛紛急電報告本國政府，請求火速調派軍隊到中國，鎮壓義和團。帝國主義列強各國政府也正想利用這個機會，進步擴大對中國的侵略。
英國和美國在這次對義和團運動的武裝鎮壓當中，沆瀣氣，朋比為奸。美國國務卿海約翰拍電報給英國政府，表示願意對中國共同行動。海約翰在電報中說：“如需兵力以平亂，兼保護教堂旅客，亦惟我兩國同舟共濟。……英美合力以相助，比較他國協助為優，……即洞辟華門，大通商利之舉，亦可因此而成”。
於是，在美國和英國的主謀下，帝國主義對中國的聯合武裝侵略就初步勾結成功，組成國聯軍，先開始了軍事行動。至於正式成立聯軍司令部，則是幾個月後，1900年8月間的事。
1900年5月末，英、美、日國軍隊首先在塘沽登陸，等候俄、德、法、意、奧等國軍隊，以便會同增駐天津。
5月30日，英、美、俄、法國公使便前往清總理衙門，公然提出：“不論中國政府的態度如何，各外國公使已決定調兵來北京，我們勸告中國政府讓步，以免引起意外的後果。如果聽從我們的話，外國軍隊在北京隻停留到我們認為解除危險的時候為止；如果竟然堅持反對我們的意見，則結局如何就很難預料了。”
這已不是般的外交照會了。這是最後通牒，甚至是命令。態度蠻橫，語氣強硬。
這不是般國家的公使在對另個主權國家政府講話，完全是主子在嗬斥奴才。
清朝總理衙門對此當然不敢違抗，隻能唯唯諾諾，俯首聽命。
但直隸總督裕祿自從淶水戰役以後，已深知義和團的威力，唯恐再次激怒義和團，釀成更大事端，因此傳令不準用火車載運外國軍隊進京。
第天，5月31日，法、俄兩國公使再度前往清總理衙門，聲稱：“此禁不除，即當再增大兵力，自乘火車入都。”結果，經慈禧親自批準，當天下午時半，從天津方麵開出專車列，載運英、美、日、俄、法、意等國官兵337名，攜帶大炮5門以及大批槍支彈藥，開往北京。6月1日，又有德國官兵50名由塘沽乘火車直接開赴北京。另外還有美、英、俄、意等國官兵310名，開進天津租界駐紮。
6月2日，8000名外國軍隊抵達大沽登陸待命。6月5日，又有海軍陸戰隊600人在大沽登陸，並隨即開往天津租界。各國接連不斷地增調軍隊，使得整個局勢越發緊張起來了。
也就在這時，義和團在京津地區的戰鬥，開始進入個新的高潮。
6月10日，西摩爾勒令直隸總督裕祿為他準備好列火車，親自帶領第批聯軍800名由天津出發，隨帶大炮數門。第天和第天，又有幾列火車裝載著另批聯軍和武器糧秣等物，陸續從天津開出。
為了阻止侵略軍大批開入北京，義和團把京津鐵路部分拆毀，把電線杆鋸掉，京津間鐵路和電訊完全斷絕了。因此，乘坐第列火車出發的侵略軍，沿途隻能邊搶修鐵路，邊前進。這時，由於清朝政府已經命令聶士成部官兵全部撤回天津，義和團在京津鐵路沿線上已無掣肘之憂，得以埋伏在鐵路兩側，準備隨時給侵略軍以迎頭痛擊。
從天津乘火車到北京，本來隻需幾個小時。可是，由於沿途接連遭到義和團的頑強阻擊，西摩爾窮於應戰，雖然已經花費了5天時間，卻依然滯留在廊坊車站，不能再往前挪動步。
西摩爾事先根本沒有料到會出現這種情況，所以隨軍攜帶的給養並不太充裕，從15日起，糧食已經吃光了，隻好乍著膽子竄到附近的村莊去搶老百姓的牲口和糧食。
西摩爾坐困廊坊，彈藥也行將用光。僅僅靠搶劫度日，畢竟不是久遠之計。於是他又派列火車，想返回天津搬運糧食和彈藥。可是，楊村東南方的鐵路已被義和團徹底破壞。這列火車開回到楊村，就不能再開行了。
6月18日，董福祥所部武衛後軍部2000人，奉命進駐京津鐵路沿線。義和團當即和他們聯合，向廊坊車站再次發動進攻。
董福祥的部隊之所以能夠參加這次戰鬥，是因為這支軍隊原來駐防保定時，曾經遭受洋人的欺侮。而義和團首領之李來中又積極做了許多爭取董福祥的工作，因此，董軍官兵有不少是同情義和團而痛恨侵略者的。
義和團由於得到董軍的幫助，進攻更為得力。董軍開槍射擊，吸引住敵人的火力，拳民就趁勢向前又次猛衝，有時甚至衝到車站站台，跟敵人白刃交鋒。這場廝殺從下午2點到4點，方才罷戰收兵。在這次戰役裏，盡管拳民和董軍士兵也付出了定的傷亡代價，但同時也收到了赫赫戰果——打死敵兵50餘名，狠狠地打擊了侵略軍的囂張氣焰。
至此，聯軍沿京津鐵路進京的企圖已經完全落空。西摩爾又設想改由楊村乘船，取道運河自通州入京。他決定放棄廊坊，把侵略軍重新撤回楊村；同時，差人趕赴天津送信，要求增援些船隻和補給。可是，義和團直沒有放鬆對他們的攻擊。
6月18日，義和團組織精壯拳民對駐紮在楊村車站的侵略者展開夜間襲擊，拳民擁而上，撲進車廂。敵兵從夢中驚醒，還沒有摸到武器，義和團的大刀便斜肩帶背地砍將下來了。站房裏的敵軍驚醒後，時鬧不清是怎麼回事，隻好從窗口向外麵胡亂放槍。車站片混亂。
侵略軍被義和團殺死6名，打傷30餘名。
經過這次夜襲的打擊，惶惶然如喪家之犬的西摩爾，隻好暫停取道運河進北京的行動，寄希望於天津派兵來救援。
但天津租界裏的聯軍，這時也正遭受到義和團的猛烈進攻，自顧不暇，時也很難分兵去救助西摩爾。
6月19日，西摩爾召集所部各國領兵將官商議對策。會上，他們個個都垂頭喪氣，情緒沮喪，承認進軍北京，不論是走水路還是陸路，都已經無法通達。而且，法國軍隊早已斷炊，其他國家的軍隊也都感覺給養吃緊，彈藥不足。因此，大家主張趕快撤回天津；否則，坐困楊村，即便不被義和團全殲，也會變成餓俘。西摩爾同樣束手無策，隻有同意大家的意見，決定沿北運河退回天津。
20日清晨，天還沒有大亮，侵略軍就開始撤退。他們利用搶奪來的4隻大型民船和2隻小舢板，載運傷兵和剩餘彈藥，其餘的輜重幾乎全部丟棄了。這夥侵略軍白天不敢行走，天黑以後才敢偷偷摸摸地趕路。就這樣，他們炸毀了、座村莊，屠殺了許多無辜平民，才勉強越過北倉，於22日到達天津西沽地方，占領了西沽軍械局。這時，距他們從天津出發的時候，12天已經過去了。
糧食、軍械雖然已經得到了補充，天津租界也近在咫尺，可是西摩爾還是不敢向租界前進。因為天津城區已經有很多義和團駐紮，直到26日援軍到達，才沿鐵路朝租界行進。沿途守護鐵路的清軍“任西軍經過，亦未攻擊。”可是，當他們快要接近租界的時候，卻遭到義和團大隊的迎頭痛擊。義和團首領曹福田親自臨陣指揮，拳民人人奮勇殺敵。聯軍勢不能支，被打死打傷的不少，多數拋槍棄炮，奪路而逃。西摩爾夥狼狽逃回租界，從軍械局中劫奪來的武器彈藥，有相當部分被義和團繳獲，從而在定程度上改善了義和團的裝備，有助於後來保衛天津的戰鬥。
這次義和團抗擊西摩爾所率國聯軍，曆時16天，共打死侵略軍63人，打傷320人。就連敵酋西摩爾也不得不承認義和團的勇敢。他說：“假如義和團使用的是西式槍炮，那麼，我所統率的聯軍則必將全軍覆沒。”
義和團廊坊戰鬥的輝煌勝利，阻止了侵略軍更多地進入北京，同時也極大地鼓舞和堅定了天津人民的抗敵決心和必勝信心，對京、津保衛戰，起了極為重要的配合作用。
北京地區義和團運動的高漲由於義和團反“剿滅”戰鬥取得勝利，直隸中部遍設拳廠，勢力迅速發展，形勢逐漸改觀。清軍隻能困守有限的幾個據點，連裕祿也迫於形勢，再指示他的軍隊：隻要義和團不打上門來，就定避免交戰。清軍既無力鎮壓，成千上萬的義和團戰士便沿著鐵路線，以“雙拳閃山搖震”的雄偉氣勢，絡繹不絕地進入北京城。
義和團進北京的人數逐日增多。前門外打磨廠帶鐵鋪，為他們趕製大刀；丁丁當當的打鐵聲，晝夜不停。拳民們頭紮紅巾，手持武器，成群地行走在街市上，北京城沉悶的氣氛大為改觀。有些官吏被義和團從車裏拉下來，恭恭敬敬立在道旁，威風掃地。清朝統治頭子慈禧當時正住在西郊頤和園，得到這些消息，惶恐萬分，特地調兵營專門保衛自己的安全。所有這些，都說明義和團的勢力和聲威，已在北京急劇擴大，清朝統治者不但無力鎮壓，甚至連自身安全也都成了問題。
義和團進入北京城後，直保持著高昂的戰鬥精神和嚴明的紀律。他們借用廟宇和些空閑客房，設壇居住。拳民們每日餐不過是小米飯、玉米麵窩頭及鹹菜之類，過著艱苦樸素的生活，而操練演習卻認真嚴格，絲不苟。北京城內，“義和神團”的大旗高懸空中，迎風招展，到處飄揚。
居住在北京城的漢、滿、蒙、回等各族勞動人民，在將近半個世紀的時間裏，飽受侵略者的欺壓蹂躪。在清朝政府的統治下，他們敢怒而不敢言。如今，反帝的義和團神兵天降，人民群眾真是歡欣若狂。他們紛紛參加義和團。截至6月中旬，北京城郊內外設壇已不下800餘所，參加的群眾多達10餘萬人。連同外縣進京的，北京城郊帶拳民總數可達20萬之多。人民反帝鬥爭的烈焰熊熊地燃燒起來了。
部分封建貴族，企圖利用義和團的聲威，達到廢光緒帝立新君的政治目的，其中以端王載漪主張最力。自戊戌變法失敗以來，慈禧重掌政權，囚禁光緒皇帝，屢謀廢立，未能得逞。這時，端王的兒子溥亻雋已立為“大阿哥”（皇位繼承人），正在窺伺機會，以期速登皇位。端王看到義和團的勢力強大，想利用來搞次武裝政變，方麵既可殺掉光緒皇帝，另方麵又可頂住外國幹預。隻要自己的兒子能夠登上皇位，事後即便是割地賠款去孝敬洋人，也在所不惜。正是由於這種緣故，以端王為代表的部分官僚，心懷鬼胎，口頭上對義和團表示讚同和支持；這種態度，對慈禧還有著定的影響。
這個狡詐多端的老狐狸，開始耍起她渾身解數，於混亂中周旋了。首先，她不再大聲叫喊對義和團“剿辦”了。6月3日，她曾叮囑榮祿：“不得輕率從事，率行派隊‘剿辦’，激成變端，是為至要。”6日，她又派出吏部尚書剛毅和刑部尚書趙舒翹，往保定等地對義和團做“宣撫”工作。方麵是“諭以拳民、教民皆朝廷赤子，務宜仰體皇仁，即日解散”；另方麵，則主要是去實地察看義和團的實力，以便籌劃對策。實際上“宣撫”不過是故弄姿態的權術伎倆，“剿滅”的主意卻是始終如的，隻是隨人民反帝鬥爭的進展，其手段和策略有所變化罷了。
6月8日，義和團在北京外城舉行大示威，很多老百姓也參加了。崇文門、正陽門和宣武門外喊聲衝天，揭開了義和團在北京抗擊帝國主義侵略者的序幕。
6月9日上午，從4月以來直住在頤和園的慈禧，回到城內皇宮。當天下午，她將董福祥的武衛後軍調進城來，駐紮在天壇和先農壇附近。慈禧調董軍進城，是心懷叵測的。她曾密諭董福祥，令董軍盡屠北京城中的義和團。但董福祥的軍隊對義和團的正義鬥爭寄以很大的同情，有很多士兵甚至參加了義和團。慈禧讓他們屠殺義和團，董福祥以不能殺老百姓為辭，竟拒絕執行命令。與慈禧的意願相反，董軍不少士兵卻立意要“剿除洋人”。
就在董福祥軍入城後的第天，6月11日，日本使館書記生杉山彬（Sugiyama），因天津援兵遲遲未到，想出永定門探看情況，走到天壇門外地方，被董軍殺死。這舉動完全出乎慈禧的意料。
北京局勢的急劇變化，杉山彬的被殺，侵略者更加有所借口。他們在東交民巷使館附近構築工事，分兵駐守。有的教堂，如西什庫的天主教北堂和崇文門內孝順胡同的基督教亞斯利堂，也都有外國兵駐紮，儼若敵國外域。孝順胡同帶甚至還貼出大張“告示”，禁止中國人通過。如果有人膽敢接近這裏的教堂，則告示上赫然大字寫得明白：
“如有不遵，槍斃爾命”。侵略者蓄意武裝挑釁，其凶橫跋扈的氣焰完全溢於言表了。
13日清晨，義和團列隊自崇文門進入內城，駐亞斯利堂的美國兵竟突然開槍截擊，傷亡拳民多人。義和團憤怒萬分，決定火燒教堂，以示警告和回報。半天時間，共燒了11所教堂。
第次鴉片戰爭以後，各國傳教士在中國加緊建造教堂，擴大侵略活動。中國人民早已無比憎恨這些帝國主義強盜，以及小撮認賊作父的漢奸教民“毛子”了。如今十處大火衝天而起，給了他們應得的懲罰，真是大快人心。焚燒教堂的大火映紅了北京上空，義和團已完全控製了北京城。
慈禧望著衝天烈焰和滾滾濃煙，聽著震耳欲聾的呐喊聲，雖然深居在皇宮儀鸞殿裏，也覺得寶座不穩而大驚失色了。
6月15日，慈禧連下幾道諭旨，其中說到：“昨日夜間，城內各處焚燒如舊，竟敢明目張膽，沿途喊殺。官兵任其猖獗，城門由其出入。”因此，慈禧命令賣國賊李鴻章即刻迅速來京；又命令袁世凱帶領軍隊迅速來京；還命令剛毅迅速來京。
但這時李鴻章遠在廣東，袁世凱也遠在山東。遠水不解近渴，北京的局勢卻又使她萬分不安。於是，第天，她又命令駐防津榆鐵路沿線的馬玉，帶領馬步軍星夜入京。
17日，慈禧更急調張春發、陳澤霖統帶所部武衛先鋒左右翼20營來京；同時還諭令各省選派將兵聽候調用。
然而正當慈禧幫反動統治者正磨刀霍霍，爭於向義和團大開殺戒時，結束了大沽陷落和列強要求慈禧“歸政”的謠言。麵對著義和團和列強的雙重壓力，場以“宣戰”為幌子、借洋人之手屠殺義和團的陰謀開始了。
大沽陷落與對外“宣戰”大沽陷落是17日上午。因京津間鐵路和電訊已被截斷，公文投遞隻能沿運河由通州入京，所以清廷沒有及時得知這消息。在北京東交民巷帶，榮祿的武衛中軍還忠實地執行著“將各使館實力保護，不得稍有疏虞”的命令。
突然，有種謠傳說，列強將要以武力脅迫慈禧歸政光緒皇帝。這對於頑固派簡直是晴天霹靂，無異於宣布他們的死期來臨。
謠傳的來源是這樣的：16日深夜，外國兵艦開始襲擊大沽口的時候，江蘇糧道羅嘉傑派兒子叩榮祿家門，呈密信封，內稱傳聞英國將以大兵進京，要求有條，第條即勒令皇太後“歸政”。本來，頑固派在廢立問題上屢屢受到外國主子的打擊，早已成驚弓之鳥。如今這密信帶來的消息，正中頑固派心病。榮祿讀信後，急得繞屋行走，彳旁徨終夜，第天，17日清晨，趕忙跑進皇宮報告慈禧去了。
17日下午4時，慈禧傳急詔，宣王大臣部卿入見，召開禦前會議。慈禧受驚嚇後，心緒不寧。由於會議前，慈禧的死黨已經得知“歸政”的“消息”，這時他們竟然嚎口兆痛哭，異口同聲地要求非跟洋人決死戰不可。
奸詐狡猾的慈禧審時度勢，看到自己麵臨的危機中還有微妙處存在。如果全力鎮壓而無效，就是她的死期到了。但是義和團本身的弱點卻不是不可以利用的。籠絡和欺騙的辦法可以使她能苟延時，然後等緩過手來，再出賣和屠殺義和團。
於是，慈禧想出了條借刀殺人的辦法。她命令總理衙門緊急照會各國公使說：因各國水師占據大沽炮台，因此不能再保護使館，希望各公使在24小時之內下旗歸國。
慈禧所以要各公使離開北京，因為她知道京津鐵路線已在義和團控製之下，公使們去天津途中可能被殺。同時，她也知道大隊侵略軍已陸續開到中國，她可以把公使被殺事歸罪於義和團，以便借侵略軍代她完成屠殺義和團的計劃。
這時，天津方麵也有戰報繼續送到，國聯軍在攻占大沽之後，又向天津城郊進犯。
為了保衛天津，義和團已迫使裕祿傳令清軍協同拳民攻打租界。天津已經進入戰爭狀態了。
緊接著，北京也發生了新的緊急情況。20日上午，德國公使克林德乘轎前往總理衙門，行至東單，巡邏的清軍虎神營士兵攔轎盤查。克林德非但不肯停轎，而且首先從轎內開槍。清軍士兵開槍還擊，克林德被擊斃。
使館裏的洋兵們，聽到克林德的死訊，結隊外出尋釁，並向外開槍亂射，打死打傷無辜百姓多人。義和團再也按捺不住滿腔義憤，20日下午，出動了千人，張旗出東華門夾道，進攻東交民巷禦河橋。
中國人民和侵略者之間的場激烈搏鬥，就在慈禧居住的皇宮近旁展開了。
義和團從6月20日攻打東交民巷的時候開始，就使用了火攻的戰術。他們從東交民巷東西兩端分頭攻入。部分拳民手執火把，直衝向前，撲向使館的樓房。但是樓窗距離地麵較高，百葉窗緊閉，火把難以投入。拳民們就找來些長竹竿，將火把綁在竿頭，捅破玻璃窗，連竿帶火把起擲入室內。火把裏麵裹著硫磺，很容易就將木質地板引燃。不到兩個小時的功夫，東交民巷東口內的比利時、奧地利、意大利使館和西口內的荷蘭使館的樓房全部燒毀。侵略者不得不退守到台基廠大街以西的第道防線。
座使館，轉瞬之間，化為灰燼。這事態使慈禧感到局勢更加嚴重了。肘腋之間，義和團的壓力比遠在天津的國聯軍大得多。如果使館旦被全部攻下，義和團就可能轉而攻入皇宮，把慈禧這個封建獨裁統治者兼洋奴也趕下台去。慈禧立即施展她老奸巨猾的狡詐手段，要把自己從危機中拯救出來。現在，她的辦法找到了，就是對義和團“隻可因而用之，徐圖挽救”；也就是竭盡全力去煽動義和團的排外情緒，把這運動引入歧途。
局勢在瞬息萬變，清朝統治者的態度也在瞬息萬變。慈禧鋌而走險，居然對外“宣戰”了。
第天，激昂慷慨的“宣戰”諭旨公布了。遭了夜炮擊的使館區竟毫毛未動，依然如故。原來榮祿得了慈禧的交底，下令部隊槍要衝天開，炮要放空炮。這就是“宣戰”，宣而不戰；這就是“大張撻伐”，張而不伐。連幾天，天天如此。人民血汗錢換得的槍炮彈藥就由著清王朝夥洋奴們耗費，向侵略者獻媚去了。
當義和團要求向前攻打時，“撻伐”倒真的來了；武衛軍竟掉轉槍口，實彈射擊，屠戮義和團。
義和團終於發覺了：慈禧命榮祿“圍攻”使館是假；“圍護”駐在那裏的武裝侵略者才是她真正的意圖。這就是“宣戰”醜劇的真象。
因此，“宣戰”後個時期內，義和團要想懲處盤踞在使館內的侵略者，隻能在禦河橋（今正義路北口）找到個可以同他們搏鬥的場所。原來，派駐在這裏的是董福祥部武衛後軍。盡管有榮祿的密令不許真打，但他們還是默許義和團從這裏發動進攻。6月下旬，禦河橋帶就成為義和團反帝鬥爭的個最激烈的戰場。
由日軍占據的禦河橋南岸的肅王府，是義和團攻擊的目標。據守的日本兵，憑借高牆，架設機關槍，向外掃射，致使許多義和團戰士的鮮血，染紅了禦河橋下的流水。但拳民們仍勇猛地向前衝，屢屢進攻。槍彈如雨，磚石如潑。
在義和團英勇作戰的感召下，董福祥部下的士兵，很多人不顧慈禧的禁令，也表現了他們的勇敢。有次董軍數人與侵略者肉搏，被洋槍擊中，倒在地上，口中仍然大呼殺殺不已。在另次戰鬥中，個士兵中彈倒地，仍奮力把手中的大刀向敵人猛擲，砍在敵人的大腿上。
義和團在條件非常不利的情況下，仍然發揮群眾的智慧，想出各種辦法，向敵人進攻。6月23日，居於翰林院及其他使館中心的英使館，突然起火。這裏，由於被許多高大建築物庇護著，不容易受到直接攻擊，成為許多公使的避居地。義和團卻出其不意，派出個身體輕健、武功高超的拳民，用他靈巧的武術技藝，越過翰林院的高大建築物，潛入英國公使館。正巧11國公使都躲在那裏密謀策劃。這個拳民把帶去的引火硝磺放在窗外點燃，霎時烈焰飛騰，嚇得眾公使跪倒在地，連呼“天主保祐”。
在義和團和董軍部分官兵的猛攻下，使館內的侵略軍死傷100多人。
東南互保光緒十年（1900年），義和團運動在北方蓬勃發展，進而波及全國。在這種形勢下，清政府不得不向西方列強宣戰。這時，直把長江流域看作自己勢力範圍的英國，為了保住其在這個地區的利益，決定聯合長江流域軍閥官僚共同采取行動，以遏止該地區爆發反對英國的運動。為此，當英海軍提督西摩爾率領聯軍向北京進發時，英國在長江流域開始進行使東南各省中立化的活動。
6月14日，英駐上海代理總領事華倫建議英國政府立即與湖廣、兩江總督取得諒解，幫助他們在轄區內盡力維持秩序。兩天後，英國外交大臣索爾茲伯裏複電，授權華倫通知兩江總督劉坤、湖廣總督張之洞，英國海軍將支持他們維持秩序。17日，英駐漢口領事與張之洞商議長江流域治安事，張之洞表示他和劉坤都非常願意與英聯絡。
張之洞在“致江寧劉製台”的電文中表達了他的思想動機：“英領事來見，雲英政府電令他們來告，欲派水師入長江，幫助鎮壓土匪。鄙人力阻之，謂題已添重兵，出告示飭州縣禁謠拿匪，敢有生事，立即正法，所有洋商教士，力任保護。並雲已與台端商妥，意見與我同，長江以內上下遊，有我與劉峴帥兩人，當力任保護之責，必可無事。若英水師入江，內恐民間驚擾生事，外恐各國援例效尤，轉為不妙。”清政府於6月21日正式發布《向各國宣戰諭旨》。對此，東南各省督撫認為清政府對列強的宣戰是出於“萬不得已”、“出於逼脅”。於是，不但決心置身局外，並且還擬進步同列強相勾結，共同鎮壓他們管轄境內的人民愛國運動。劉坤、張之洞和李鴻章互約，凡6月20日以後的上諭概不奉行。6月24日，盛宣懷致電李鴻章、劉坤、張之洞，建議他們“如欲圖補救，須趁未奉旨之先，峴帥（劉坤）、香帥（張之洞）會同電飭地方官上海道與中領事訂約，上海租界歸各國保護，長江內地均歸督撫保護，兩不相擾。”李鴻章、劉坤、張之洞對此亟表讚同，並且挽請盛宣懷出麵幫助。劉坤、張之洞堅決主張鎮壓義和團運動。他們害怕北方的義和團會影響到長江流域，引起大規模暴動，所以他們於6月26日會銜電奏中說：“……但就目前計，北事已決裂至此，東南各省若再遭蹂躪，無片幹淨土，餉源立絕，全局瓦解，不可收拾矣。惟有穩住各國，或可保全疆土”。在這種情況下，以英國為首的諸列強與清政府地方官僚軍閥勢力兩者結合起來，共謀“東南互保”。同日，劉坤約請張之洞參加“東南互保”，派上海道餘聯沅與列強駐滬領事會議，盛宣懷等人出席。
當日議定《東南保護約款》（也叫《中外互相保護章程》）條、《保護上海城廂內外章程》十條。內容歸結為以下幾點：第，上海租界歸各國公司保護，長江及蘇杭內地均歸各督撫保護，兩不相擾，以保全中外商民生命財產。第，希望各國不要派太多的兵船進入長江，兵船不要駛近炮台，水手等人不可上岸，傳教士不可進入偏僻內地，“以致百姓懷疑，借端啟釁”。互保章程還規定，由劉坤、張之洞負責在長江中下遊的自己轄區之內，“禁止謠言，嚴拿匪徒”。隨之各國借口保護，紛紛把軍艦駛向長江各口岸，並增兵上海。劉坤、張之洞則在長江中下遊到處張貼“互保”告示，並派遣大量兵勇日夜巡邏，嚴防義和團民入境。
為擴大“互保”地區，劉坤、張之洞、盛宣懷分別致電東南各省督撫，請其讚助並參加。李鴻章表示全力支持，袁世凱決心依照東南各省的辦法進行互保；閩浙總督許應馬癸則於7月14日與英、美、俄、日等國訂立《福建互保協定》。規定福建地方當局要“在其權限內采取切措施，保護外國駐福建官員、商人及教士之生命財產不受分割”；“如有不良分子散布侵害外人謠言”，“須認真予以逮捕及懲罰。互保範圍由蘇、贛、皖、顎、湘擴大到浙、閩、粵、川、陝、豫、魯等十多省”。“東南互保”約款後來並未取得中外任何方的正式批準，但雙方都已有了諒解、默契，其條款已付諸實現。英國政府由於國聯軍在北京的勝利，便決定放置原有的製造各地“獨立”的做法。“東南互保”的實施，使長江會黨的起義活動遭到鎮壓，未能聲援北方，使義和團的鬥爭陷於孤立。
北京防禦戰通州陷落，北京危急，大清王朝麵臨生死存亡的緊急關頭。此時慈禧太後從根本上動搖了抗戰的決心，著總理衙門向聯軍乞求停戰議和，聯軍置之不理。慈禧太後和光緒皇帝倉惶出逃，北京這座曆史名城，又次被列強的鐵蹄踐踏，遭到驚人的浩劫。
8月13日午夜，俄軍先頭部隊直抵東便門。他們以為清軍已成驚弓之鳥，不敢抗戰，可以像輕取通州樣攻占北京，便貿然攻城。不料遭張懷芝部頑強抵抗，“在此血戰，華兵守護極嚴，急切未能得手”。進攻齊化門的日軍也受阻，被迫停止攻城。
14日上午，日軍再攻朝陽門、東直門，武衛軍堅決還擊。榮祿派孫萬林、李金成兩統領，率部出安定門，抄襲日軍側翼，日軍攻勢受挫。北京城牆高大堅固（寬40英尺，高60英尺）日、俄軍雖然炮火猛烈，仍不奏效，改用工兵爆破，俄、日軍死傷100餘人。在東直門、朝陽門激戰的2天期間，廣渠門方向異常平靜，榮祿誤認為無聯軍來攻，遂將廣渠門守軍董福祥部調往朝陽門、東直門，正巧此時英軍趕到廣渠門，展開12門野炮，轟擊城門，破門而入，直指前門。英軍中有許多纏頭的印度兵，清軍和義和團誤認為是清軍馬安良的回民部隊，未加阻截，英軍得以順利占領天壇，迅速抵達使館區外圍，從個水洞進入東交民巷，美、法軍跟蹤而入。日、俄軍爆破東直門、朝陽門成功，法軍也於14日午夜入城，在城內進行了激烈的巷戰，清軍逐步收縮，聯軍向紫禁城逼近。
8月14日，慈禧太後緊急召見大學士、部、卿議事，急籌補救之策，但無人應召。入值大臣載瀾借口無可調之兵，應立即投降，慈禧拒絕。15日晨，聯軍攻打紫禁城，守衛紫禁城的神機營、虎神營與聯軍進行了激烈的戰鬥。天安門遭到聯軍炮火的猛烈轟擊，神機營退守午門。守衛皇宮後門景山的神機營，居高臨下，對聯軍威脅很大。
聯軍為爭奪這製高點，進行了數小時的強攻，神機營誓死鏖戰，官兵大部傷亡，景山失守。安定門被聯軍大炮擊毀，守將延茂見大勢已去，將自己的住宅焚毀，舉家自焚而死。
守衛皇宮的清軍浴血奮戰，打退了聯軍的多次進攻。可是就在清軍同聯軍在東華門苦戰之時，慈禧挾光緒帝著青衣素服出逃。他們出西華門、西直門，經頤和園、昌平縣、居庸關，轉道山西，直奔陝西。榮祿和董福祥也率部分別從西直門、彰儀門撤走。16日晨，日軍首先攻進紫禁城，北京陷落。在片出逃聲中，唯有義和團在城內堅持了最後的抵抗。北京之戰，聯軍傷亡450人，清軍傷亡4000餘人。
北京陷落後，聯軍縱兵掠城3天。皇宮、官邸、商店和民宅，均遭搶掠，無幸免。
這些外國強盜大發橫財，出京時“每人皆數大袋，大抵皆珍異之物，垂橐而來，捆載而往。”他們是夥屠殺中國人民，掠奪中國財富，破壞中國文化的罪魁禍首。聯軍為統治北京，經過內部的鬥爭，由德國瓦德西元帥擔任聯軍司令，成立了所謂北京管理委員會，將北京劃成十個區，由各國侵略軍分別占領，便於搜刮和彈壓。瓦德西於10月27日抵北京，將司令部設在紫禁城的金鑾殿。
在北京即將陷落時，清廷於8月7日派李鴻章與聯軍和談。清廷在西撤途中，於8月27日派慶親王奕匡力回京議和，令李鴻章會辦。9月7日，清廷頒發上諭說：“義和團實為肇禍之由”，“非痛加剿除不可”，要求議和。聯軍認為“直隸帶，尚有華兵固守之要區，拳匪聚合之黨人，設剿滅之未盡，自平安之無期”，拒絕議和，不肯歇手，仍出攻掠，擴大軍事占領。9月8日占獨流和良鄉，11日從天津占北塘，20日占蘆台，22日占領山海關。
保定是直隸的首府，是義和團的活躍地區，蘆漢鐵路始於此，當時鐵路正在修築中，與英、法、日、德有直接利害，故聯軍打下北京，便急於奪取保定。法軍於13日疾足先抵。守軍準備迎戰，李鴻章不許，令守軍撤向山西。直隸布政使廷雍開門迎法軍入城，其它國家的軍隊於20日前後相繼進入保定。聯軍入城後，大肆搜捕義和團，殘殺支持義和團的官員。廷藩司、城守尉奎恒被殺死，王占魁被敲死，連開門揖盜的廷雍也未得幸免，被聯軍處決。聯軍除蔑視我主權，濫殺朝廷官員外，還勒索保定交給白銀10萬兩。新授山西按察使升允憤聯軍暴行，在直隸紫荊關同聯軍鏖戰，幫帶副左營官黃明遠、哨官李士彬中炮陣亡，哨官陳心勝、黃印負傷。升允在關上督率左翼分統周玉堂、管帶蕭世禧，據險回擊，斃敵數十人。守軍陣亡60餘人，受傷28人，因彈竭兵單，先退浮圖峪，再轉至平型關。
11月12日，德意軍2500餘人，越南口、居庸關，占宣化，27日占張家口。12月上旬，法軍100人貿然進犯直隸要隘井陘。井陘山巒起伏，地勢險要，為兵家必爭之地。
大同鎮總兵劉光才率部20個營約1萬人，在此遍築石壕，密布地雷。法軍悍然強攻井陘南的虎頭山，被清軍打死打傷10餘名。李鴻章於1901年1月25日嚴令停火，要劉光才“退兵晉境，不準人騎東出”。劉光才以“井陘外圍東天門乃入晉第關隘”，“數月綢繆，精力畢萃”，所有設妨，“均藉民力，有不能去之勢”，沒有遵令。4月中旬聯軍又以此為口實，集結德、法軍約7000人，強行挺進，大戰在即，李鴻章又急電令劉光才撤退。劉光才無奈，率15營撤至固關，另5營退守娘子關。
《辛醜條約》
1900年12月24日，除了參加武裝侵略中國的俄、英、美、日、德、法、意、奧個國家以外，又加上比利時、西班牙和荷蘭，向清政府共同提出“議和大綱十條”，聲稱這些條件“無可更改”。這個“大綱”基本上包括了後來正式和約的主要內容。李鴻章等把它電告逃到西安的慈禧太後，慈禧太後見條款上沒有將她作為禍首加以懲辦，如獲大赦，“詔報奕劻、鴻章盡如約”。
此後，列強又在“懲凶”和“賠款”問題上進行了激烈的爭吵。1901年9月7日，俄、英、美、日、德、法、意、奧、西、比、荷11個帝國主義國家脅迫清朝政府簽訂了喪權辱國的《辛醜條約》。除正約外，還有19個附件。主要內容是：
（）清政府向各國賠款白銀4億5千兩。以關稅、鹽稅和常關稅作為擔保，分39年還清，加上年息4厘，本息共計9.82多億兩。各省地方賠款還有2000萬兩。這是自鴉片戰爭以來最大的次賠款。從此，中國的關稅和鹽稅受帝國主義控製。
（）在北京設立“使館區”。中國人民不準在這個區域內居住，帝國主義各國可以在這裏駐兵。從此，“使館區”成了“國中之國”，成了帝國主義策劃侵略中國的大本營，各國公使成為清政府的太上皇。
（）大沽炮台以及從北京到大沽沿路的炮台“律削平”。從北京到山海關鐵路12個戰略要地（黃村、廊坊、楊村、軍糧城、塘沽、蘆台、唐山、灤州、昌黎、山海關、秦皇島、天津），準許各國派兵駐守。這樣，侵略者可以隨時對清政府進行軍事控製，直接鎮壓中國人民的反帝鬥爭。
（）懲辦在義和團運動中和帝國主義作對的官吏。永遠禁止中國人成立或加入反帝性質的各種組織，“違者皆斬”。地方管轄區內如發生此類事件，“必須立時彈壓懲辦”，否則“即行革職，永不敘用”。這是帝國主義要清政府更加唯命是從，進步鎮壓中國人民的反帝鬥爭。
（）改總理衙門為外務部，“班列部之前”，以辦理今後對帝國主義的交涉。
《辛醜條約》是帝國主義強加給中國的個嚴重的不平等條約。列強除了窮凶極惡地對中國人民敲詐勒索外，還重新確立了以慈禧太後為首的清政府繼續充當它們的在華代理人。清政府也徹底投降帝國主義，表示要“量中華之物力，結與國之歡心”，並公開保證永遠禁止中國官民成立任何反帝組織和堅決鎮壓中國人民的反帝鬥爭。從此，清政府完全成為“洋人的朝廷”。
義和團反帝愛國運動雖然被中外反動派聯合絞殺，但中國人民敢於同帝國主義血戰到底的英雄氣概，使帝國主義分子認識到要瓜分“地土廣闊、民氣堅勁”、“尚含有無限蓬勃生氣”的中國是不易實現的，而不得不采以“以華治華”的政策。正是義和團運動所顯示的力量打亂了列強共同瓜分中國的侵略計劃。
中國人民通過這次血的教訓，進步認清了清政府已經變成帝國主義的忠實走狗，不打倒它，中華民族不可能有振興之日。全國人民反清鬥爭日益高漲，清政府則愈來愈孤立，終於在10年之後，為辛亥革命的浪潮所吞沒。
清末新政和新北洋軍閥的崛起清王朝在義和團戰爭中幾乎垮台。為了繼續取得帝國主義的扶植，安撫統治階級內部各派係和資產階級上層人物並欺騙人民，還在慈禧太後挾光緒皇帝逃亡西安期間，便發布“罪己詔”和“改革”諭旨，要求官員們“各就現在情弊，參酌中西政治，舉凡朝章國故，吏治民生，學校科舉，軍政財政”等情，考慮“當因當革，當省當並”，限期奏報。1901年4月，清政府成立督辦政務外，作為規劃“新政”的機構，命奕劻、李鴻章、榮祿等6人為督辦政務大臣，劉坤、張之洞遙為參與。從此，逐步推出各項“新政”，主要包括如下幾個方麵：
、改革官製。1901年7月，清政府應帝國主義要求，撤銷總理各國事務衙門，改設外務部，“班列部之前”。為適應“新政”的需要，1903年設商部（後來與工部合並，改為農工商部）、練兵處（後來與兵部合並，改為陸軍部），1905年又增設巡警部（後改為民政部）、學部。在此期間，先後裁撤了河東道總督，雲南、湖北、廣東省巡撫及詹事府（並入翰林院）、通政司等“冗衙”，並宣布裁汰胥吏差役、停止捐納實官（“虛銜、封典、翎枝、貢監”等除外）、廢除勒索性“陋規”、“供應”等。自隋唐沿襲下來的傳統的部建置至此瓦解。但這種裁舊衙門、添新衙門的“官製改革”，絲毫沒有觸動封建專製的政治體製，也沒能革除清政府腐敗、無能的種種弊端。“整頓吏治”等則流於紙空文。1906年清廷宣布“預備立憲”後，官製改革成為首要“預備”項目，並引發了統治集團內部的權力紛爭。
、改革兵製。1901年，清廷下諭停止武舉，命各省籌建武備學堂，並決定裁汰20%至30%的綠營和防勇，建立按西方國家的營製、采用洋操訓練、使用洋槍洋炮的常備軍。1902年，繼李鴻章任直隸總督的袁世凱練成“北洋常備軍”鎮，約12500人，湖廣總督張之洞也練成“湖北常備軍”兩翼，約7000人，成為全國練兵的“樣板”。1904年，練兵處和兵部奏準在全國編練“常備軍”十鎮（師），每鎮官兵12500人，總共為45萬人，後來還擬定了按省分配、限年編成的辦法。但除袁世凱在1905年編成“北洋陸軍”鎮外，各省限於財力、人力，大都沒有完成計劃，直到清朝覆亡，總共隻編成十鎮和十個混成協（旅）、又標（團）及禁衛軍鎮，約17萬人左右。這些新編的“常備軍”，泛稱“新軍”。為爭奪“新軍”的指揮權，激化了滿、漢統治集團之間的矛盾。由於“新軍”軍官多選用國內外軍事學校畢業生，對士兵也要求具有某些文化知識，從而為革命知識分子的活動提供了條件，最終使“新軍”成為支反清力量，這是清朝統治者始料所不及的。
、改革學製。主要包括“停科舉”、“設學堂”和“獎遊學”項內容。為了造就有用的人才，傳統的科學製度必然改革，這是有識者的共識。應詔陳言的劉坤、張之洞在《江楚會奏變法摺》中便強調了這個問題。1901年，清廷諭令從1902年起各省科舉要考試能夠解說書經和論述中國曆史、政治及西學政治、藝學的“策論”，廢除股文章；將各省、府、州縣的書院改設大、中、小學堂，學生畢業後可以取得功名；選派學生出國留學，畢業後“分別賞給進士舉人出身”，自費留學學生也“體考驗獎勵”。1902年，派張百熙為管學大臣，頒布《欽定學堂章程》。1904年，重訂學堂章程，製定了套以日本教育為模式的學堂行政管理規章，規定學堂分為初等和高等小學堂、中學堂、高等學堂級，高等學堂畢業後還可以升入分科大學或通儒院深造，通儒院或分科大學畢業生授予進士功名，高等學堂畢業生授予舉人功名，中學堂和高等小學堂畢業生授予生員（秀才）功名，並宣布科舉錄取名額將自丙午（1906年）科起遞減。1905年9月，清廷下令從1906年起停止切科舉考試，隨後命令各省學政專管學堂事務，並在12月設立學部。延續1000多年的科學製度終於被廢除了。這是具有深遠意義的重大舉措。科舉的廢除大大加速了學堂建立的步伐。據學部統計，1904年全國學堂總數為4222所，學生92169人；1909年學堂總數猛增為52346所，學生達156.027萬人。留學生人數也大幅度增長。個不同於舊式文人和封建士大夫的新知識分子群體活躍於曆史舞台，在政治和社會生活中發揮著越來越大的作用。清朝統治者改革學製的本意在於因應時勢、培養既忠於朝廷又懂得西學的候補官員，指導思想並沒有超出“中學為體，西學為用”的範圍。清政府曾令申，各級學堂“當以書經、綱常大義為主，以曆史史鑒及中外政治藝學為輔”，“均以忠孝為本，以經史之學為基，俾學生心術壹歸於純正，而後以西學瀹其智識，練其藝府”。但學生們在或多或少地接受了西學之後，感受著民族危難的刺激，便逐漸走向朝廷的對立麵，成為清朝統治者所無法控製的社會力量。